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2yfc

STRUCTURAL AND FUNCTIONAL INSIGHTS OF DR2231 PROTEIN, THE MAZG-LIKE NUCLEOSIDE TRIPHOSPHATE PYROPHOSPHOHYDROLASE FROM DEINOCOCCUS RADIODURANS, COMPLEXED WITH Mn and dUMP

Method: X-RAY DIFFRACTION
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

MAZG-LIKE NUCLEOSIDE TRIPHOSPHATE PYROPHOSPHOHYDROLASE

DEINOCOCCUS RADIODURANS

UniProt Q9RS96

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 2 ;2'-DEOXYURIDINE 5'-MONOPHOSPHATE ; × 1 MANGANESE (II) ION × 3 GLYCEROL × 2 water × 2 与蛋白数一致
2 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 2 ;2'-DEOXYURIDINE 5'-MONOPHOSPHATE ; × 1 MANGANESE (II) ION × 3 GLYCEROL × 2 water × 2 与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

单体

暂无

同源二聚体
2yeu 2yeu 2yeu 2yf3 2yf3 2yf3 2yf4 2yf4 2yf4 2yf9 2yfc 2yfc

共 27 个 assembly，这里只显示前 12 个

同源四聚体

暂无

其他同源多聚体

暂无

异源或核酸复合物

暂无

查看构建体与数据证据
UniProt名称 Q9RS96_DEIRA
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 7–154； UniProt 1–148 作者链 B； PDB构建体 7–154； UniProt 1–148 作者链 C； PDB构建体 7–154； UniProt 1–148 作者链 D； PDB构建体 7–154； UniProt 1–148

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id2yfc
沉积日期 deposition_date2011-04-05
结构标题 titleSTRUCTURAL AND FUNCTIONAL INSIGHTS OF DR2231 PROTEIN, THE MAZG-LIKE NUCLEOSIDE TRIPHOSPHATE PYROPHOSPHOHYDROLASE FROM DEINOCOCCUS RADIODURANS, COMPLEXED WITH Mn and dUMP
关键词 keywordsHYDROLASE, DIMERIC DUTPASE; HYDROLASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

2yfc__assembly_2__model_1

Assembly 2 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

2yfc__assembly_2__model_1 | I(q)

10-2 10-1 105 106 107 q (1/Angstrom) I(q)
100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

2yfc__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

新版 assembly/model P(r) 尚未计算 此处仅保留位置，不展示旧数据 r (Angstrom) P(r)
P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。
Rg（Guinier）19.57 Å
Rg（电子密度）18.33 Å
总 Rg19.22 Å
原子数4120
残基数267
排除体积36493 ų
最大 q0.500 Å⁻¹
Assembly Model 结构单元 聚集说明 状态 CRYSOL 操作
1 1 2yfc__assembly_1__model_1 dimeric （2） 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
2 1 2yfc__assembly_2__model_1 dimeric （2） 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id2yfcA00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology3420 — putative ntp pyrophosphohydrolase like fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — putative ntp pyrophosphohydrolase like domain
结构域编号 domain_id2yfcB00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology3420 — putative ntp pyrophosphohydrolase like fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — putative ntp pyrophosphohydrolase like domain
结构域编号 domain_id2yfcC00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology3420 — putative ntp pyrophosphohydrolase like fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — putative ntp pyrophosphohydrolase like domain
结构域编号 domain_id2yfcD00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology3420 — putative ntp pyrophosphohydrolase like fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — putative ntp pyrophosphohydrolase like domain
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7. 引用文献 (1)