2yhf

1.9 Angstrom Crystal Structure of CLEC5A

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

C-TYPE LECTIN DOMAIN FAMILY 5 MEMBER A

HOMO SAPIENS

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白单体	单体	蛋白 1	water × 1	与蛋白数一致
2	蛋白单体	单体	蛋白 1	water × 1	与蛋白数一致
3	蛋白单体	单体	蛋白 1	water × 1	与蛋白数一致
4	蛋白单体	单体	蛋白 1	water × 1	与蛋白数一致
5	蛋白单体	单体	蛋白 1	water × 1	与蛋白数一致
6	蛋白单体	单体	蛋白 1	water × 1	与蛋白数一致
7	蛋白单体	单体	蛋白 1	water × 1	与蛋白数一致
8	蛋白单体	单体	蛋白 1	water × 1	与蛋白数一致
9	蛋白单体	单体	蛋白 1	water × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	CLC5A_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–118； UniProt 70–187 作者链 B； PDB构建体 1–118； UniProt 70–187 作者链 C； PDB构建体 1–118； UniProt 70–187 作者链 D； PDB构建体 1–118； UniProt 70–187 作者链 E； PDB构建体 1–118； UniProt 70–187 作者链 F； PDB构建体 1–118； UniProt 70–187 作者链 G； PDB构建体 1–118； UniProt 70–187 作者链 H； PDB构建体 1–118； UniProt 70–187 作者链 I； PDB构建体 1–118； UniProt 70–187

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	2yhf
沉积日期 deposition_date	2011-04-30
结构标题 title	1.9 Angstrom Crystal Structure of CLEC5A
关键词 keywords	IMMUNE SYSTEM; IMMUNE SYSTEM
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

2yhf__assembly_5__model_1

Assembly 5 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

2yhf__assembly_5__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

2yhf__assembly_5__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	14.99 Å
Rg（电子密度）	13.67 Å
总 Rg	15.01 Å
原子数	972
残基数	118
排除体积	17103 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`2yhf__assembly_1__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`2yhf__assembly_2__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
3	1	`2yhf__assembly_3__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
4	1	`2yhf__assembly_4__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
5	1	`2yhf__assembly_5__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
6	1	`2yhf__assembly_6__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
7	1	`2yhf__assembly_7__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
8	1	`2yhf__assembly_8__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
9	1	`2yhf__assembly_9__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 18 domains

SCOP 2.08 (9 domains)

结构域编号 domain_id	d2yhfa_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.169 — C-type lectin-like
超家族 Superfamily superfamily	d.169.1 — C-type lectin-like
家族 Family family	d.169.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d2yhfb_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.169 — C-type lectin-like
超家族 Superfamily superfamily	d.169.1 — C-type lectin-like
家族 Family family	d.169.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d2yhfc_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.169 — C-type lectin-like
超家族 Superfamily superfamily	d.169.1 — C-type lectin-like
家族 Family family	d.169.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d2yhfd_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.169 — C-type lectin-like
超家族 Superfamily superfamily	d.169.1 — C-type lectin-like
家族 Family family	d.169.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d2yhfe_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.169 — C-type lectin-like
超家族 Superfamily superfamily	d.169.1 — C-type lectin-like
家族 Family family	d.169.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d2yhff_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.169 — C-type lectin-like
超家族 Superfamily superfamily	d.169.1 — C-type lectin-like
家族 Family family	d.169.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d2yhfg_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.169 — C-type lectin-like
超家族 Superfamily superfamily	d.169.1 — C-type lectin-like
家族 Family family	d.169.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d2yhfh_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.169 — C-type lectin-like
超家族 Superfamily superfamily	d.169.1 — C-type lectin-like
家族 Family family	d.169.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d2yhfi_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.169 — C-type lectin-like
超家族 Superfamily superfamily	d.169.1 — C-type lectin-like
家族 Family family	d.169.1.0 — automated matches

CATH v4.4 (9 domains)

结构域编号 domain_id	2yhfA00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	100 — Mannose-Binding Protein A; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Mannose-Binding Protein A, subunit A

结构域编号 domain_id	2yhfB00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	100 — Mannose-Binding Protein A; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Mannose-Binding Protein A, subunit A

结构域编号 domain_id	2yhfC00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	100 — Mannose-Binding Protein A; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Mannose-Binding Protein A, subunit A

结构域编号 domain_id	2yhfD00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	100 — Mannose-Binding Protein A; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Mannose-Binding Protein A, subunit A

结构域编号 domain_id	2yhfE00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	100 — Mannose-Binding Protein A; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Mannose-Binding Protein A, subunit A

结构域编号 domain_id	2yhfF00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	100 — Mannose-Binding Protein A; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Mannose-Binding Protein A, subunit A

结构域编号 domain_id	2yhfG00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	100 — Mannose-Binding Protein A; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Mannose-Binding Protein A, subunit A

结构域编号 domain_id	2yhfH00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	100 — Mannose-Binding Protein A; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Mannose-Binding Protein A, subunit A

结构域编号 domain_id	2yhfI00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	100 — Mannose-Binding Protein A; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Mannose-Binding Protein A, subunit A

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晶胞边长 a length_a	109.109 Å
晶胞边长 b length_b	109.109 Å
晶胞边长 c length_c	84.879 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	27

空间群 space_group	P 31
空间群编号 int_tables_number	144
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.900 Å
最低分辨率 resolution_low	94.490 Å
R 因子 r_factor	0.2190
R_work r_work	0.2164
R_free r_free	0.2673

描述 description	C-TYPE LECTIN DOMAIN FAMILY 5 MEMBER A
分子量 formula_weight	13833.5 kDa
突变 mutation	YES
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	9

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D,E,F,G,H,I
原子数 atom_count	9688

1.9 Angstrom Crystal Structure of CLEC5A

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

C-TYPE LECTIN DOMAIN FAMILY 5 MEMBER A

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

2yhf__assembly_5__model_1

2yhf__assembly_5__model_1 | I(q)

2yhf__assembly_5__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 18 domains

SCOP 2.08 (9 domains)

CATH v4.4 (9 domains)

7. 引用文献 (1)

来源生物 organism	HOMO SAPIENS
通用名 common_name	HUMAN
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	ESCHERICHIA COLI

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	940

1.9 Angstrom Crystal Structure of CLEC5A

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

C-TYPE LECTIN DOMAIN FAMILY 5 MEMBER A

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

2yhf__assembly_5__model_1

2yhf__assembly_5__model_1 | I(q)

2yhf__assembly_5__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 18 domains

SCOP 2.08 (9 domains)

CATH v4.4 (9 domains)

7. 引用文献 (1)