2yia

Structure of the RNA polymerase VP1 from Infectious Pancreatic Necrosis Virus

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

RNA-DIRECTED RNA POLYMERASE

INFECTIOUS PANCREATIC NECROSIS VIRUS

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白单体	单体	蛋白 1	POTASSIUM ION × 1	与蛋白数一致
2	蛋白单体	单体	蛋白 1	POTASSIUM ION × 1	与蛋白数一致
3	蛋白单体	单体	蛋白 1	POTASSIUM ION × 1	与蛋白数一致
4	蛋白单体	单体	蛋白 1	POTASSIUM ION × 1	与蛋白数一致
5	蛋白单体	单体	蛋白 1	POTASSIUM ION × 1	与蛋白数一致
6	蛋白单体	单体	蛋白 1	POTASSIUM ION × 1	与蛋白数一致
7	蛋白单体	单体	蛋白 1	POTASSIUM ION × 1	与蛋白数一致
8	蛋白单体	单体	蛋白 1	POTASSIUM ION × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	RDRP_IPNVJ
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–790； UniProt 1–790 作者链 B； PDB构建体 1–790； UniProt 1–790 作者链 C； PDB构建体 1–790； UniProt 1–790 作者链 D； PDB构建体 1–790； UniProt 1–790 作者链 E； PDB构建体 1–790； UniProt 1–790 作者链 F； PDB构建体 1–790； UniProt 1–790 作者链 G； PDB构建体 1–790； UniProt 1–790 作者链 H； PDB构建体 1–790； UniProt 1–790

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	2yia
沉积日期 deposition_date	2011-05-11
结构标题 title	Structure of the RNA polymerase VP1 from Infectious Pancreatic Necrosis Virus
关键词 keywords	TRANSFERASE, REVERSE TRANSCRIPTASE, IPNV; TRANSFERASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

2yia__assembly_6__model_1

Assembly 6 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

2yia__assembly_6__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

2yia__assembly_6__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	29.00 Å
Rg（电子密度）	28.04 Å
总 Rg	28.89 Å
原子数	6109
残基数	782
排除体积	108940 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`2yia__assembly_1__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`2yia__assembly_2__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
3	1	`2yia__assembly_3__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
4	1	`2yia__assembly_4__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
5	1	`2yia__assembly_5__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
6	1	`2yia__assembly_6__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
7	1	`2yia__assembly_7__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
8	1	`2yia__assembly_8__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	RNA-DIRECTED RNA POLYMERASE
分子量 formula_weight	89576.6 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.7.48, 2.7.7.49
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	8

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D,E,F,G,H
原子数 atom_count	49237

MSDIFNSPQNKASILTALMKSTTGDVEDVLIPKRFRPAKDPLDSPQAAAQFLKDNKYRILRPRAIPTMVELETDAALPRLRQMVEDGKLKDTVSVPEGTTAFYPKYYPFHKPDHDEVGTFGAPDITLLKQLTFFLLENDFPTGPETLRQVREAIATLQYGSGSYSGQLNRLLAMKGVATGRNPNKTPKTVGYTNEQLAKLLEQTLPINTPKHEDPDLRWAPSWLINYTGDLSTDKSYLPHVTIKSSAGLPYIGKTKGDTTAEALVLADSFIRDLGRAATSADPEAGVKKTITDFWYLSCGLLFPKGERYTQVDWDKKTRNIWSAPYPTHLLLSMVSTPVMNESKLNITNTQTPSLYGFSPFHGGMDRIMTIIRDSLDNDEDLVMIYADNIYILQDNTWYSIDLEKGEANCTPQHMQAMMYYLLTRGWTNEDGSPRYNPTWATFAMNVAPSMVVDSSCLLMNLQLKTYGQGSGNAFTFLNNHLMSTIVVAEWVKAGKPNPMTKEFMDLEEKTGINFKIERELKNLRETIVEAVETAPQDGYLADGSDLPPIRPGKAVELDLLGWSAIYSRQMEMFVPVLENERLIASAAYPKGLENKALARKPGAEIAYQIVRYEAIRLVGGWNNPLLETAAKHMSLDKRKRLEVKGIDVTGFLDDWNNMSEFGGDLEGITLSEPLTNQTLVDINTPLDSFDPKARPQTPRSPKKTLDEVTTAITSGTYKDPKSAVWRLLDQRTKLRVSTLRDQALALKPASSSVDNWAEATEELAQQQQLLMKANNLLKSSLTETREALEKTGHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	INFECTIOUS PANCREATIC NECROSIS VIRUS
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	11002
宿主生物 host_organism	ESCHERICHIA COLI

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	POTASSIUM ION
分子量 formula_weight	39.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	8

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 48 domains

SCOP 2.08 (16 domains)

结构域编号 domain_id	d2yiaa1
类 Class class	e — Multi-domain proteins (alpha and beta)
折叠类型 Fold fold	e.8 — DNA/RNA polymerases
超家族 Superfamily superfamily	e.8.1 — DNA/RNA polymerases
家族 Family family	e.8.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d2yiaa2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d2yiab1
类 Class class	e — Multi-domain proteins (alpha and beta)
折叠类型 Fold fold	e.8 — DNA/RNA polymerases
超家族 Superfamily superfamily	e.8.1 — DNA/RNA polymerases
家族 Family family	e.8.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d2yiab2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d2yiac1
类 Class class	e — Multi-domain proteins (alpha and beta)
折叠类型 Fold fold	e.8 — DNA/RNA polymerases
超家族 Superfamily superfamily	e.8.1 — DNA/RNA polymerases
家族 Family family	e.8.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d2yiac2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d2yiad1
类 Class class	e — Multi-domain proteins (alpha and beta)
折叠类型 Fold fold	e.8 — DNA/RNA polymerases
超家族 Superfamily superfamily	e.8.1 — DNA/RNA polymerases
家族 Family family	e.8.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d2yiad2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d2yiae1
类 Class class	e — Multi-domain proteins (alpha and beta)
折叠类型 Fold fold	e.8 — DNA/RNA polymerases
超家族 Superfamily superfamily	e.8.1 — DNA/RNA polymerases
家族 Family family	e.8.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d2yiae2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d2yiaf1
类 Class class	e — Multi-domain proteins (alpha and beta)
折叠类型 Fold fold	e.8 — DNA/RNA polymerases
超家族 Superfamily superfamily	e.8.1 — DNA/RNA polymerases
家族 Family family	e.8.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d2yiaf2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d2yiag1
类 Class class	e — Multi-domain proteins (alpha and beta)
折叠类型 Fold fold	e.8 — DNA/RNA polymerases
超家族 Superfamily superfamily	e.8.1 — DNA/RNA polymerases
家族 Family family	e.8.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d2yiag2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d2yiah1
类 Class class	e — Multi-domain proteins (alpha and beta)
折叠类型 Fold fold	e.8 — DNA/RNA polymerases
超家族 Superfamily superfamily	e.8.1 — DNA/RNA polymerases
家族 Family family	e.8.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d2yiah2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

CATH v4.4 (32 domains)

结构域编号 domain_id	2yiaA01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	1730 — Infectious bursal virus vp1 polymerase fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Infectious bursal virus vp1 polymerase domain

结构域编号 domain_id	2yiaA02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	287 — Helix Hairpins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	540 — Helix hairpin bin

结构域编号 domain_id	2yiaA04
类 Class class	6 — Special
架构 Architecture architecture	10 — Helix non-globular
拓扑 Topology topology	140 — Helix Hairpins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 —

结构域编号 domain_id	2yiaA05
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	1270 — Substrate Binding Domain Of Dnak; Chain:A; Domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	270 — VP1, C-terminal extension domain

结构域编号 domain_id	2yiaB01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	1730 — Infectious bursal virus vp1 polymerase fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Infectious bursal virus vp1 polymerase domain

结构域编号 domain_id	2yiaB02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	287 — Helix Hairpins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	540 — Helix hairpin bin

结构域编号 domain_id	2yiaB04
类 Class class	6 — Special
架构 Architecture architecture	10 — Helix non-globular
拓扑 Topology topology	140 — Helix Hairpins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 —

结构域编号 domain_id	2yiaB05
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	1270 — Substrate Binding Domain Of Dnak; Chain:A; Domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	270 — VP1, C-terminal extension domain

结构域编号 domain_id	2yiaC01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	1730 — Infectious bursal virus vp1 polymerase fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Infectious bursal virus vp1 polymerase domain

结构域编号 domain_id	2yiaC02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	287 — Helix Hairpins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	540 — Helix hairpin bin

结构域编号 domain_id	2yiaC04
类 Class class	6 — Special
架构 Architecture architecture	10 — Helix non-globular
拓扑 Topology topology	140 — Helix Hairpins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 —

结构域编号 domain_id	2yiaC05
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	1270 — Substrate Binding Domain Of Dnak; Chain:A; Domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	270 — VP1, C-terminal extension domain

结构域编号 domain_id	2yiaD01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	1730 — Infectious bursal virus vp1 polymerase fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Infectious bursal virus vp1 polymerase domain

结构域编号 domain_id	2yiaD02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	287 — Helix Hairpins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	540 — Helix hairpin bin

结构域编号 domain_id	2yiaD04
类 Class class	6 — Special
架构 Architecture architecture	10 — Helix non-globular
拓扑 Topology topology	140 — Helix Hairpins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 —

结构域编号 domain_id	2yiaD05
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	1270 — Substrate Binding Domain Of Dnak; Chain:A; Domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	270 — VP1, C-terminal extension domain

结构域编号 domain_id	2yiaE01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	1730 — Infectious bursal virus vp1 polymerase fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Infectious bursal virus vp1 polymerase domain

结构域编号 domain_id	2yiaE02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	287 — Helix Hairpins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	540 — Helix hairpin bin

结构域编号 domain_id	2yiaE04
类 Class class	6 — Special
架构 Architecture architecture	10 — Helix non-globular
拓扑 Topology topology	140 — Helix Hairpins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 —

结构域编号 domain_id	2yiaE05
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	1270 — Substrate Binding Domain Of Dnak; Chain:A; Domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	270 — VP1, C-terminal extension domain

结构域编号 domain_id	2yiaF01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	1730 — Infectious bursal virus vp1 polymerase fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Infectious bursal virus vp1 polymerase domain

结构域编号 domain_id	2yiaF02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	287 — Helix Hairpins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	540 — Helix hairpin bin

结构域编号 domain_id	2yiaF04
类 Class class	6 — Special
架构 Architecture architecture	10 — Helix non-globular
拓扑 Topology topology	140 — Helix Hairpins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 —

结构域编号 domain_id	2yiaF05
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	1270 — Substrate Binding Domain Of Dnak; Chain:A; Domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	270 — VP1, C-terminal extension domain

结构域编号 domain_id	2yiaG01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	1730 — Infectious bursal virus vp1 polymerase fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Infectious bursal virus vp1 polymerase domain

结构域编号 domain_id	2yiaG02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	287 — Helix Hairpins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	540 — Helix hairpin bin

结构域编号 domain_id	2yiaG04
类 Class class	6 — Special
架构 Architecture architecture	10 — Helix non-globular
拓扑 Topology topology	140 — Helix Hairpins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 —

结构域编号 domain_id	2yiaG05
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	1270 — Substrate Binding Domain Of Dnak; Chain:A; Domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	270 — VP1, C-terminal extension domain

结构域编号 domain_id	2yiaH01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	1730 — Infectious bursal virus vp1 polymerase fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Infectious bursal virus vp1 polymerase domain

结构域编号 domain_id	2yiaH02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	287 — Helix Hairpins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	540 — Helix hairpin bin

结构域编号 domain_id	2yiaH04
类 Class class	6 — Special
架构 Architecture architecture	10 — Helix non-globular
拓扑 Topology topology	140 — Helix Hairpins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 —

结构域编号 domain_id	2yiaH05
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	1270 — Substrate Binding Domain Of Dnak; Chain:A; Domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	270 — VP1, C-terminal extension domain

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晶胞边长 a length_a	200.938 Å
晶胞边长 b length_b	209.467 Å
晶胞边长 c length_c	243.393 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	32

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.020 Å
最低分辨率 resolution_low	145.010 Å
R 因子 r_factor	0.1877
R_work r_work	0.1874
R_free r_free	0.2164

Structure of the RNA polymerase VP1 from Infectious Pancreatic Necrosis Virus

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

RNA-DIRECTED RNA POLYMERASE

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

2yia__assembly_6__model_1

2yia__assembly_6__model_1 | I(q)

2yia__assembly_6__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 48 domains

SCOP 2.08 (16 domains)

CATH v4.4 (32 domains)

7. 引用文献 (1)

Structure of the RNA polymerase VP1 from Infectious Pancreatic Necrosis Virus

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

RNA-DIRECTED RNA POLYMERASE

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

2yia__assembly_6__model_1

2yia__assembly_6__model_1 | I(q)

2yia__assembly_6__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 48 domains

SCOP 2.08 (16 domains)

CATH v4.4 (32 domains)

7. 引用文献 (1)