2yim

The enolisation chemistry of a thioester-dependent racemase: the 1.4 A crystal structure of a complex with a planar reaction intermediate analogue

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

PROBABLE ALPHA-METHYLACYL-COA RACEMASE MCR (2-METHYLACYL-COA RACEMASE) (2-ARYLPROPIONYL-COA EPIMERASE )

MYCOBACTERIUM TUBERCULOSIS

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 2	GLYCEROL × 2 2-METHYLACETOACETYL COA × 2 PHOSPHATE ION × 1 water × 2	与蛋白数一致
2	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 2	GLYCEROL × 3 2-METHYLACETOACETYL COA × 2 PHOSPHATE ION × 1 water × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	O06543_MYCTU
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–360； UniProt 1–360 作者链 B； PDB构建体 1–360； UniProt 1–360 作者链 C； PDB构建体 1–360； UniProt 1–360 作者链 D； PDB构建体 1–360； UniProt 1–360

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	2yim
沉积日期 deposition_date	2011-05-16
结构标题 title	The enolisation chemistry of a thioester-dependent racemase: the 1.4 A crystal structure of a complex with a planar reaction intermediate analogue
关键词 keywords	ISOMERASE, METHYL-COA RACEMASE, TRANSITION STATE, MOLECULAR DYNAMICS, QM/MM, OXYANION HOLE; ISOMERASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

2yim__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

2yim__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

2yim__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	26.03 Å
Rg（电子密度）	24.84 Å
总 Rg	25.63 Å
原子数	5494
残基数	710
排除体积	96737 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`2yim__assembly_1__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`2yim__assembly_2__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	PROBABLE ALPHA-METHYLACYL-COA RACEMASE MCR (2-METHYLACYL-COA RACEMASE) (2-ARYLPROPIONYL-COA EPIMERASE )
分子量 formula_weight	38722.8 kDa
EC 编号 ec_number	5.1.99.4
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D
原子数 atom_count	13495

MAGPLSGLRVVELAGIGPGPHAAMILGDLGADVVRIDRPSSVDGISRDAMLRNRRIVTADLKSDQGLELALKLIAKADVLIEGYRPGVTERLGLGPEECAKVNDRLIYARMTGWGQTGPRSQQAGHDINYISLNGILHAIGRGDERPVPPLNLVGDFGGGSMFLLVGILAALWERQSSGKGQVVDAAMVDGSSVLIQMMWAMRATGMWTDTRGANMLDGGAPYYDTYECADGRYVAVGAIEPQFYAAMLAGLGLDAAELPPQNDRARWPELRALLTEAFASHDRDHWGAVFANSDACVTPVLAFGEVHNEPHIIERNTFYEANGGWQPMPAPRFSRTASSQPRPPAATIDIEAVLTDWDG

来源 Source

来源生物 organism	MYCOBACTERIUM TUBERCULOSIS
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	83332
宿主生物 host_organism	ESCHERICHIA COLI

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	5

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	2-METHYLACETOACETYL COA
分子量 formula_weight	864.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	PHOSPHATE ION
分子量 formula_weight	95.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 5 Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1818

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 12 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

结构域编号 domain_id	d2yima_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.123 — CoA-transferase family III (CaiB/BaiF)
超家族 Superfamily superfamily	c.123.1 — CoA-transferase family III (CaiB/BaiF)
家族 Family family	c.123.1.1 — CoA-transferase family III (CaiB/BaiF)

结构域编号 domain_id	d2yimb_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.123 — CoA-transferase family III (CaiB/BaiF)
超家族 Superfamily superfamily	c.123.1 — CoA-transferase family III (CaiB/BaiF)
家族 Family family	c.123.1.1 — CoA-transferase family III (CaiB/BaiF)

结构域编号 domain_id	d2yimc_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.123 — CoA-transferase family III (CaiB/BaiF)
超家族 Superfamily superfamily	c.123.1 — CoA-transferase family III (CaiB/BaiF)
家族 Family family	c.123.1.1 — CoA-transferase family III (CaiB/BaiF)

结构域编号 domain_id	d2yimd_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.123 — CoA-transferase family III (CaiB/BaiF)
超家族 Superfamily superfamily	c.123.1 — CoA-transferase family III (CaiB/BaiF)
家族 Family family	c.123.1.1 — CoA-transferase family III (CaiB/BaiF)

CATH v4.4 (8 domains)

结构域编号 domain_id	2yimA01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10540 — Crotonobetainyl-coa:carnitine coa-transferase; domain 1

结构域编号 domain_id	2yimA02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	1540 — formyl-coa transferase, domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — formyl-coa transferase, domain 3

结构域编号 domain_id	2yimB01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10540 — Crotonobetainyl-coa:carnitine coa-transferase; domain 1

结构域编号 domain_id	2yimB02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	1540 — formyl-coa transferase, domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — formyl-coa transferase, domain 3

结构域编号 domain_id	2yimC01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10540 — Crotonobetainyl-coa:carnitine coa-transferase; domain 1

结构域编号 domain_id	2yimC02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	1540 — formyl-coa transferase, domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — formyl-coa transferase, domain 3

结构域编号 domain_id	2yimD01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10540 — Crotonobetainyl-coa:carnitine coa-transferase; domain 1

结构域编号 domain_id	2yimD02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	1540 — formyl-coa transferase, domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — formyl-coa transferase, domain 3

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晶胞边长 a length_a	181.590 Å
晶胞边长 b length_b	80.170 Å
晶胞边长 c length_c	118.880 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	91.41 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	16

空间群 space_group	C 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.410 Å
最低分辨率 resolution_low	118.840 Å
R 因子 r_factor	0.1871
R_work r_work	0.1862
R_free r_free	0.2046

The enolisation chemistry of a thioester-dependent racemase: the 1.4 A crystal structure of a complex with a planar reaction intermediate analogue

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

PROBABLE ALPHA-METHYLACYL-COA RACEMASE MCR (2-METHYLACYL-COA RACEMASE) (2-ARYLPROPIONYL-COA EPIMERASE )

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

2yim__assembly_1__model_1

2yim__assembly_1__model_1 | I(q)

2yim__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 12 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

CATH v4.4 (8 domains)

7. 引用文献 (2)

The enolisation chemistry of a thioester-dependent racemase: the 1.4 A crystal structure of a complex with a planar reaction intermediate analogue

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

PROBABLE ALPHA-METHYLACYL-COA RACEMASE MCR (2-METHYLACYL-COA RACEMASE) (2-ARYLPROPIONYL-COA EPIMERASE )

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

2yim__assembly_1__model_1

2yim__assembly_1__model_1 | I(q)

2yim__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 12 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

CATH v4.4 (8 domains)

7. 引用文献 (2)