2yks

PENTAMERIC LIGAND GATED ION CHANNEL ELIC MUTANT F246A

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 149.8 Å Quality: GOOD

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

CYS-LOOP LIGAND-GATED ION CHANNEL

ERWINIA CHRYSANTHEMI

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric（5）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1–321 链 B； UniProt 1–321 链 C； UniProt 1–321 链 D； UniProt 1–321 链 E； UniProt 1–321	突变：YES	无其他共同聚合物	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 6.5；50MM ADA PH6.5, 200MM NALISO4, 10% (W/V) PEG4000	分辨率 3.30 Å R-free 0.265
2	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric（5）与蛋白拷贝数一致	链 F； UniProt 1–321 链 G； UniProt 1–321 链 H； UniProt 1–321 链 I； UniProt 1–321 链 J； UniProt 1–321	突变：YES	无其他共同聚合物	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 6.5；50MM ADA PH6.5, 200MM NALISO4, 10% (W/V) PEG4000	分辨率 3.30 Å R-free 0.265

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 2YKS	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
2VL0 X-ray structure of a pentameric ligand gated ion channel from Erwinia chrysanthemi (ELIC) 提交 2008-01-07	突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 A 1–321（321 aa）链 B 1–321（321 aa）链 C 1–321（321 aa）链 D 1–321（321 aa）链 E 1–321（321 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.5；15 % PEG 4000, 200MM AMMONIUM SULFATE, 50 MM ADA PH 6.5	分辨率 3.30 Å R-free 0.274
2VL0 X-ray structure of a pentameric ligand gated ion channel from Erwinia chrysanthemi (ELIC) 提交 2008-01-07	突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 F 1–321（321 aa）链 G 1–321（321 aa）链 H 1–321（321 aa）链 I 1–321（321 aa）链 J 1–321（321 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.5；15 % PEG 4000, 200MM AMMONIUM SULFATE, 50 MM ADA PH 6.5	分辨率 3.30 Å R-free 0.274
2YOE X-ray structure of a pentameric ligand gated ion channel from Erwinia chrysanthemi (ELIC) in complex with GABA and flurazepam 提交 2012-10-23	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 F 11–316（306 aa）链 G 11–316（306 aa）链 H 11–316（306 aa）链 I 11–316（306 aa）链 J 11–316（306 aa）	未记录	ABU GAMMA-AMINO-BUTANOIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 3.90 Å R-free 0.230
2YOE X-ray structure of a pentameric ligand gated ion channel from Erwinia chrysanthemi (ELIC) in complex with GABA and flurazepam 提交 2012-10-23	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 A 11–316（306 aa）链 B 11–316（306 aa）链 C 11–316（306 aa）链 D 11–316（306 aa）链 E 11–316（306 aa）	未记录	ABU GAMMA-AMINO-BUTANOIC ACID × 1 FL7 Flurazepam × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 3.90 Å R-free 0.230
3ZKR X-ray structure of a pentameric ligand gated ion channel from Erwinia chrysanthemi (ELIC) in complex with bromoform 提交 2013-01-24	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 F 11–316（306 aa）链 G 11–316（306 aa）链 H 11–316（306 aa）链 I 11–316（306 aa）链 J 11–316（306 aa）	未记录	MBR TRIBROMOMETHANE × 11	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 3.65 Å R-free 0.264
3ZKR X-ray structure of a pentameric ligand gated ion channel from Erwinia chrysanthemi (ELIC) in complex with bromoform 提交 2013-01-24	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 A 11–316（306 aa）链 B 11–316（306 aa）链 C 11–316（306 aa）链 D 11–316（306 aa）链 E 11–316（306 aa）	未记录	MBR TRIBROMOMETHANE × 11	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 3.65 Å R-free 0.264
4A97 X-ray structure of a pentameric ligand gated ion channel from Erwinia chrysanthemi (ELIC) in complex with zopiclone 提交 2011-11-24	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 A 11–316（306 aa）片段：RESIDUES 11-316 链 B 11–316（306 aa）片段：RESIDUES 11-316 链 C 11–316（306 aa）片段：RESIDUES 11-316 链 D 11–316（306 aa）片段：RESIDUES 11-316 链 E 11–316（306 aa）片段：RESIDUES 11-316	未记录	ZPC (5R)-6-(5-chloropyridin-2-yl)-7-oxo-6,7-dihydro-5H-pyrrolo[3,4-b]pyrazin-5-yl 4-methylpiperazine-1-carboxylate × 5	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 3.34 Å R-free 0.259
4A97 X-ray structure of a pentameric ligand gated ion channel from Erwinia chrysanthemi (ELIC) in complex with zopiclone 提交 2011-11-24	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 F 11–316（306 aa）片段：RESIDUES 11-316 链 G 11–316（306 aa）片段：RESIDUES 11-316 链 H 11–316（306 aa）片段：RESIDUES 11-316 链 I 11–316（306 aa）片段：RESIDUES 11-316 链 J 11–316（306 aa）片段：RESIDUES 11-316	未记录	ZPC (5R)-6-(5-chloropyridin-2-yl)-7-oxo-6,7-dihydro-5H-pyrrolo[3,4-b]pyrazin-5-yl 4-methylpiperazine-1-carboxylate × 5	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 3.34 Å R-free 0.259
4A98 X-ray structure of a pentameric ligand gated ion channel from Erwinia chrysanthemi (ELIC) in complex with bromoflurazepam 提交 2011-11-24	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 A 11–316（306 aa）片段：RESIDUES 11-316 链 B 11–316（306 aa）片段：RESIDUES 11-316 链 C 11–316（306 aa）片段：RESIDUES 11-316 链 D 11–316（306 aa）片段：RESIDUES 11-316 链 E 11–316（306 aa）片段：RESIDUES 11-316	未记录	BFZ 7-BROMO-1-[2-(DIETHYLAMINO)ETHYL]-5-(2-FLUOROPHENYL)-1,3-DIHYDRO-2H-1,4-BENZODIAZEPIN-2-ONE × 5	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 3.61 Å R-free 0.245
4A98 X-ray structure of a pentameric ligand gated ion channel from Erwinia chrysanthemi (ELIC) in complex with bromoflurazepam 提交 2011-11-24	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 F 11–316（306 aa）片段：RESIDUES 11-316 链 G 11–316（306 aa）片段：RESIDUES 11-316 链 H 11–316（306 aa）片段：RESIDUES 11-316 链 I 11–316（306 aa）片段：RESIDUES 11-316 链 J 11–316（306 aa）片段：RESIDUES 11-316	未记录	BFZ 7-BROMO-1-[2-(DIETHYLAMINO)ETHYL]-5-(2-FLUOROPHENYL)-1,3-DIHYDRO-2H-1,4-BENZODIAZEPIN-2-ONE × 5	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 3.61 Å R-free 0.245
4TWD X-ray structure of a pentameric ligand gated ion channel from Erwinia chrysanthemi (ELIC) in complex with memantine 提交 2014-06-30	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 5 PDB 声明：Pentameric	链 A 11–316（306 aa）链 B 11–316（306 aa）链 C 11–316（306 aa）链 D 11–316（306 aa）链 E 11–316（306 aa）	突变：F16S 突变：F16S 突变：F16S 突变：F16S 突变：F16S	377 Memantine × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；294 K；200 mM ammonium sulphate, 50 mM ADA, pH 5.5, 20 % PEG 4000	分辨率 3.20 Å R-free 0.252
4TWD X-ray structure of a pentameric ligand gated ion channel from Erwinia chrysanthemi (ELIC) in complex with memantine 提交 2014-06-30	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 5 PDB 声明：Pentameric	链 F 11–316（306 aa）链 G 11–316（306 aa）链 H 11–316（306 aa）链 I 11–316（306 aa）链 J 11–316（306 aa）	突变：F16S 突变：F16S 突变：F16S 突变：F16S 突变：F16S	377 Memantine × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；294 K；200 mM ammonium sulphate, 50 mM ADA, pH 5.5, 20 % PEG 4000	分辨率 3.20 Å R-free 0.252
4TWF X-ray structure of a pentameric ligand gated ion channel from Erwinia chrysanthemi (ELIC) in complex with bromomemantine 提交 2014-06-30	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 5 PDB 声明：Pentameric	链 A 11–316（306 aa）片段：UNP residues 11-316 链 B 11–316（306 aa）片段：UNP residues 11-316 链 C 11–316（306 aa）片段：UNP residues 11-316 链 D 11–316（306 aa）片段：UNP residues 11-316 链 E 11–316（306 aa）片段：UNP residues 11-316	突变：F246S 突变：F246S 突变：F246S 突变：F246S 突变：F246S	BR7 Bromomemantine × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；294 K；200 mM ammonium sulphate, 50 mM ADA pH 5.5, 20 % PEG 4000	分辨率 3.90 Å R-free 0.250
4TWF X-ray structure of a pentameric ligand gated ion channel from Erwinia chrysanthemi (ELIC) in complex with bromomemantine 提交 2014-06-30	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 5 PDB 声明：Pentameric	链 F 11–316（306 aa）片段：UNP residues 11-316 链 G 11–316（306 aa）片段：UNP residues 11-316 链 H 11–316（306 aa）片段：UNP residues 11-316 链 I 11–316（306 aa）片段：UNP residues 11-316 链 J 11–316（306 aa）片段：UNP residues 11-316	突变：F246S 突变：F246S 突变：F246S 突变：F246S 突变：F246S	BR7 Bromomemantine × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；294 K；200 mM ammonium sulphate, 50 mM ADA pH 5.5, 20 % PEG 4000	分辨率 3.90 Å R-free 0.250
4TWH X-ray structure of a pentameric ligand gated ion channel from Erwinia chrysanthemi (ELIC) mutant F16'S 提交 2014-06-30	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 5 PDB 声明：Pentameric	链 A 11–316（306 aa）片段：UNP residues 11-316 链 B 11–316（306 aa）片段：UNP residues 11-316 链 C 11–316（306 aa）片段：UNP residues 11-316 链 D 11–316（306 aa）片段：UNP residues 11-316 链 E 11–316（306 aa）片段：UNP residues 11-316	突变：F246S 突变：F246S 突变：F246S 突变：F246S 突变：F246S	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；294 K；200 mM ammonium sulphate 50 mM ADA, pH 5.5 20 % PEG 4000	分辨率 3.60 Å R-free 0.263
4TWH X-ray structure of a pentameric ligand gated ion channel from Erwinia chrysanthemi (ELIC) mutant F16'S 提交 2014-06-30	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 5 PDB 声明：Pentameric	链 F 11–316（306 aa）片段：UNP residues 11-316 链 G 11–316（306 aa）片段：UNP residues 11-316 链 H 11–316（306 aa）片段：UNP residues 11-316 链 I 11–316（306 aa）片段：UNP residues 11-316 链 J 11–316（306 aa）片段：UNP residues 11-316	突变：F246S 突变：F246S 突变：F246S 突变：F246S 突变：F246S	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；294 K；200 mM ammonium sulphate 50 mM ADA, pH 5.5 20 % PEG 4000	分辨率 3.60 Å R-free 0.263
4YEU ELIC-GLIC chimera in the resting conformation 提交 2015-02-24	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足同源多聚体；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 A 11–199（189 aa）链 B 11–199（189 aa）链 C 11–199（189 aa）链 D 11–199（189 aa）链 E 11–199（189 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；PEG 4000, Ammonium Sulfate, Sodium ADA	分辨率 4.60 Å R-free 0.248
5LID X-ray structure of a pentameric ligand gated ion channel from Erwinia chrysanthemi (ELIC) in complex with bromopromazine 提交 2016-07-14	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 A 11–316（306 aa）链 B 11–316（306 aa）链 C 11–316（306 aa）链 D 11–316（306 aa）链 E 11–316（306 aa）	未记录	6XY bromopromazine × 10	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；200 mM ammonium sulfate, 50 mM ADA pH 6.5, 9-12 % PEG4000	分辨率 4.50 Å R-free 0.257
5LID X-ray structure of a pentameric ligand gated ion channel from Erwinia chrysanthemi (ELIC) in complex with bromopromazine 提交 2016-07-14	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 F 11–316（306 aa）链 G 11–316（306 aa）链 H 11–316（306 aa）链 I 11–316（306 aa）链 J 11–316（306 aa）	未记录	6XY bromopromazine × 10	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；200 mM ammonium sulfate, 50 mM ADA pH 6.5, 9-12 % PEG4000	分辨率 4.50 Å R-free 0.257
5SXV X-ray structure of 2-bromoethanol bound to a pentameric ligand gated ion channel (ELIC) in a resting state 提交 2016-08-10	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 A 1–321（321 aa）链 B 1–321（321 aa）链 C 1–321（321 aa）链 D 1–321（321 aa）链 E 1–321（321 aa）	未记录	BRJ 2-BROMOETHANOL × 16 MES 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 5	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.1；277 K；PEG 4000, ammonium sulfate	分辨率 3.40 Å R-free 0.259
5SXV X-ray structure of 2-bromoethanol bound to a pentameric ligand gated ion channel (ELIC) in a resting state 提交 2016-08-10	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 F 1–321（321 aa）链 G 1–321（321 aa）链 H 1–321（321 aa）链 I 1–321（321 aa）链 J 1–321（321 aa）	未记录	BRJ 2-BROMOETHANOL × 16 MES 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 5	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.1；277 K；PEG 4000, ammonium sulfate	分辨率 3.40 Å R-free 0.259
6HJX X-ray structure of a pentameric ligand gated ion channel from Erwinia chrysanthemi (ELIC) 7'C pore mutant (L238C) in complex with nanobody 72 提交 2018-09-04	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：decameric	链 A 9–313（305 aa）链 B 8–313（306 aa）链 C 8–316（309 aa）链 D 9–317（309 aa）链 E 8–313（306 aa）	突变：C300S, C313S, L238C	P6G HEXAETHYLENE GLYCOL × 4 PTY PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE × 1 LMT DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE × 5 MES 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 1 NA SODIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；100 mM MES (pH 6.5) and 30% PEG400	分辨率 2.50 Å R-free 0.245
6HJY X-ray structure of a pentameric ligand gated ion channel from Erwinia chrysanthemi (ELIC) Delta8 truncation mutant in complex with nanobody 72 提交 2018-09-04	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：decameric	链 A 9–284（276 aa）链 B 8–284（277 aa）链 C 8–284（277 aa）链 D 10–284（275 aa）链 E 8–284（277 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；300 mM ammonium formate, 50 mM TRIS pH 9.0 and 33% PEG monomethylether 550	分辨率 2.78 Å R-free 0.233
6HK0 X-ray structure of a pentameric ligand gated ion channel from Erwinia chrysanthemi (ELIC) F16'S pore mutant (F247S) with alternate M4 conformation. 提交 2018-09-04	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 A 11–316（306 aa）链 B 11–316（306 aa）链 C 11–316（306 aa）链 D 11–316（306 aa）链 E 11–316（306 aa）	未记录	LMT DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE × 5	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；200 mM ammonium sulfate, 50 mM ADA pH 6.5, 12% PEG4000	分辨率 3.45 Å R-free 0.266
6HK0 X-ray structure of a pentameric ligand gated ion channel from Erwinia chrysanthemi (ELIC) F16'S pore mutant (F247S) with alternate M4 conformation. 提交 2018-09-04	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 F 11–316（306 aa）链 G 11–316（306 aa）链 H 11–316（306 aa）链 I 11–316（306 aa）链 J 11–316（306 aa）	未记录	LMT DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE × 5	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；200 mM ammonium sulfate, 50 mM ADA pH 6.5, 12% PEG4000	分辨率 3.45 Å R-free 0.266
6SSI Structure of the pentameric ligand-gated ion channel ELIC in complex with a PAM nanobody 提交 2019-09-07	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：decameric	链 A 8–320（313 aa）链 B 8–320（313 aa）链 C 8–320（313 aa）链 D 8–320（313 aa）链 E 8–320（313 aa）	未记录	ABU GAMMA-AMINO-BUTANOIC ACID × 5 MES 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 5 GOL GLYCEROL × 6 CA CALCIUM ION × 5 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 4 UMQ UNDECYL-MALTOSIDE × 5 ACT ACETATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293 K；0.1 M GABA, 0.2 M Ca(OAc)2, 0.1 M MES buffer, 10% PEG8000	分辨率 2.59 Å R-free 0.246
6SSP Structure of the pentameric ligand-gated ion channel ELIC in complex with a NAM nanobody 提交 2019-09-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 8–320（313 aa）链 B 8–320（313 aa）链 C 8–320（313 aa）链 D 8–320（313 aa）链 E 8–320（313 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 4 UMQ UNDECYL-MALTOSIDE × 5	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293 K；0.1 M Na2SO4, 0.1 M bis-trispropane, 10% PEG3350	分辨率 3.25 Å R-free 0.264
6SSP Structure of the pentameric ligand-gated ion channel ELIC in complex with a NAM nanobody 提交 2019-09-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 F 8–320（313 aa）链 G 8–320（313 aa）链 H 8–320（313 aa）链 I 8–320（313 aa）链 J 8–320（313 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 4 UMQ UNDECYL-MALTOSIDE × 5	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293 K；0.1 M Na2SO4, 0.1 M bis-trispropane, 10% PEG3350	分辨率 3.25 Å R-free 0.264
8VUW ELIC5 with cysteamine in 2:1:1 POPC:POPE:POPG nanodisc in open conformation 提交 2024-01-29	突变/修饰不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 A 1–321（321 aa）链 B 1–321（321 aa）链 C 1–321（321 aa）链 D 1–321（321 aa）链 E 1–321（321 aa）	突变：P254G, V261Y, C300S, G319F, I320F 突变：P254G, V261Y, C300S, G319F, I320F 突变：P254G, V261Y, C300S, G319F, I320F 突变：P254G, V261Y, C300S, G319F, I320F 突变：P254G, V261Y, C300S, G319F, I320F	PGW (1R)-2-{[(S)-{[(2S)-2,3-dihydroxypropyl]oxy}(hydroxy)phosphoryl]oxy}-1-[(hexadecanoyloxy)methyl]ethyl (9Z)-octadec-9-enoate × 5 DHL 2-AMINO-ETHANETHIOL × 5	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；Blot for 2 seconds before plunging	分辨率 3.19 Å

共 17 个其他 PDB 条目、29 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	ELIC_ERWCH
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–321； UniProt 1–321 作者链 B； PDB构建体 1–321； UniProt 1–321 作者链 C； PDB构建体 1–321； UniProt 1–321 作者链 D； PDB构建体 1–321； UniProt 1–321 作者链 E； PDB构建体 1–321； UniProt 1–321 作者链 F； PDB构建体 1–321； UniProt 1–321 作者链 G； PDB构建体 1–321； UniProt 1–321 作者链 H； PDB构建体 1–321； UniProt 1–321 作者链 I； PDB构建体 1–321； UniProt 1–321 作者链 J； PDB构建体 1–321； UniProt 1–321

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	2yks
沉积日期 deposition_date	2011-05-30
结构标题 title	PENTAMERIC LIGAND GATED ION CHANNEL ELIC MUTANT F246A
关键词 keywords	TRANSPORT PROTEIN, MEMBRANE PROTEIN, PROKARYOTIC CYS-LOOP RECEPTOR, CATION SELECTIVE CHANNEL; TRANSPORT PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	51.89 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	51.43 Å
零角强度 I(0) i0	1588980000.00
分子量 molecular_weight	351980.0 kDa
排除体积 excluded_volume	447490 Å³
包络体积 envelope_volume	634310 Å³
水化壳体积 shell_volume	99866 Å³
包络直径 envelope_diameter	160.7 Å
壳层 Rg shell_rg	57.17 Å
包络 Rg envelope_rg	50.21 Å
形状 Rg shape_rg	51.42 Å
总 Rg total_rg	51.69 Å
总原子数 total_atoms	24950
残基数 n_residues	3060
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	149.8 Å
Rg (实空间) rg_real	51.77 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.90 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.5890e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.8680e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	51.96 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	1589000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8460
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	54.9 Å
偏度 Skewness skewness	0.175
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.688
角度范围 angular_range	— – 0.1500 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	330100000.0000
实空间数据点数 n_real_points	31
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.997; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 1.000; Smooth: 0.003

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (1)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 20 domains

CATH v4.4 (20 domains)

结构域编号 domain_id	2yksA01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	70 — Distorted Sandwich
拓扑 Topology topology	170 — Acetylcholine Binding Protein; Chain: A,
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Neurotransmitter-gated ion-channel ligand-binding domain

结构域编号 domain_id	2yksA02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	58 — Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	390 — Neurotransmitter-gated ion-channel transmembrane domain

结构域编号 domain_id	2yksB01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	70 — Distorted Sandwich
拓扑 Topology topology	170 — Acetylcholine Binding Protein; Chain: A,
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Neurotransmitter-gated ion-channel ligand-binding domain

结构域编号 domain_id	2yksB02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	58 — Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	390 — Neurotransmitter-gated ion-channel transmembrane domain

结构域编号 domain_id	2yksC01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	70 — Distorted Sandwich
拓扑 Topology topology	170 — Acetylcholine Binding Protein; Chain: A,
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Neurotransmitter-gated ion-channel ligand-binding domain

结构域编号 domain_id	2yksC02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	58 — Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	390 — Neurotransmitter-gated ion-channel transmembrane domain

结构域编号 domain_id	2yksD01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	70 — Distorted Sandwich
拓扑 Topology topology	170 — Acetylcholine Binding Protein; Chain: A,
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Neurotransmitter-gated ion-channel ligand-binding domain

结构域编号 domain_id	2yksD02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	58 — Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	390 — Neurotransmitter-gated ion-channel transmembrane domain

结构域编号 domain_id	2yksE01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	70 — Distorted Sandwich
拓扑 Topology topology	170 — Acetylcholine Binding Protein; Chain: A,
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Neurotransmitter-gated ion-channel ligand-binding domain

结构域编号 domain_id	2yksE02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	58 — Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	390 — Neurotransmitter-gated ion-channel transmembrane domain

结构域编号 domain_id	2yksF01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	70 — Distorted Sandwich
拓扑 Topology topology	170 — Acetylcholine Binding Protein; Chain: A,
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Neurotransmitter-gated ion-channel ligand-binding domain

结构域编号 domain_id	2yksF02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	58 — Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	390 — Neurotransmitter-gated ion-channel transmembrane domain

结构域编号 domain_id	2yksG01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	70 — Distorted Sandwich
拓扑 Topology topology	170 — Acetylcholine Binding Protein; Chain: A,
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Neurotransmitter-gated ion-channel ligand-binding domain

结构域编号 domain_id	2yksG02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	58 — Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	390 — Neurotransmitter-gated ion-channel transmembrane domain

结构域编号 domain_id	2yksH01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	70 — Distorted Sandwich
拓扑 Topology topology	170 — Acetylcholine Binding Protein; Chain: A,
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Neurotransmitter-gated ion-channel ligand-binding domain

结构域编号 domain_id	2yksH02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	58 — Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	390 — Neurotransmitter-gated ion-channel transmembrane domain

结构域编号 domain_id	2yksI01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	70 — Distorted Sandwich
拓扑 Topology topology	170 — Acetylcholine Binding Protein; Chain: A,
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Neurotransmitter-gated ion-channel ligand-binding domain

结构域编号 domain_id	2yksI02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	58 — Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	390 — Neurotransmitter-gated ion-channel transmembrane domain

结构域编号 domain_id	2yksJ01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	70 — Distorted Sandwich
拓扑 Topology topology	170 — Acetylcholine Binding Protein; Chain: A,
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Neurotransmitter-gated ion-channel ligand-binding domain

结构域编号 domain_id	2yksJ02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	58 — Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	390 — Neurotransmitter-gated ion-channel transmembrane domain

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8. 引用文献 (1)

▶

晶胞边长 a length_a	105.502 Å
晶胞边长 b length_b	266.147 Å
晶胞边长 c length_c	110.851 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	109.52 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	20

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.300 Å
最低分辨率 resolution_low	19.970 Å
R 因子 r_factor	0.2430
R_work r_work	0.2420
R_free r_free	0.2650

描述 description	CYS-LOOP LIGAND-GATED ION CHANNEL
分子量 formula_weight	36745.9 kDa
突变 mutation	YES
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	10

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D,E,F,G,H,I,J
原子数 atom_count	24950

PENTAMERIC LIGAND GATED ION CHANNEL ELIC MUTANT F246A

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

CYS-LOOP LIGAND-GATED ION CHANNEL

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (1)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 20 domains

CATH v4.4 (20 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)

来源生物 organism	ERWINIA CHRYSANTHEMI
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	556
宿主生物 host_organism	ESCHERICHIA COLI

fit	/app/data/saxs_computation/yk/2yks/2yks.fit
pddf	/app/data/pr_computation/yk/2yks/2yks.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/yk/2yks/2yks.dat