SAXSdb — 2ymt

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

AP-1 COMPLEX SUBUNIT GAMMA-LIKE 2

HOMO SAPIENS

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 665–785	片段：EAR DOMAIN, RESIDUES 665-785	PHAGE DISPLAY DERIVED GAMMA 2 ADAPTIN EAR DOMAIN BINDING PEPTIDE × 1 PDO 1,3-PROPANDIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 6.5；100 MM MES/IMIDAZOLE PH 6.5, 0.02 M 1,6-HEXANEDIOL, 0.02 M 1-BUTANOL, 0.02 M (RS)-1,2- PROPANEDIOL, 0.02 M 2-PROPANOL, 0.02 M 1,4-BUTANEDIOL, 0.02 M 1,3-PROPANEDIOL, 10% (W/V) PEG 20000 AND 24% (V/V) PEG400 (USING A 2:1 RATIO OF PROTEIN TO MOTHER LIQUOR)	分辨率 1.80 Å R-free 0.242

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 2YMT	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
2E9G Solution structure of the alpha adaptinC2 domain from human Adapter-related protein complex 1 gamma 2 subunit 提交 2007-01-25	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 662–785（124 aa）片段：Alpha adaptinC2 domain, GAE	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 7；296 K；离子强度（mmCIF原始值）120mM；压力 ambient NMR样品组成 0.54mM alpha adaptinC2 domain U-15N,13C; 20mM d-Tris-HCl(pH 7.0); 100mM NaCl; 1mM d-DTT; 0.02% NaN3; 10% D2O, 90% H2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
3ZHF gamma 2 adaptin EAR domain crystal structure with preS1 site1 peptide NPDWDFN 提交 2012-12-21	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 665–785（121 aa）片段：EAR DOMAIN, RESIDUES 665-785	未记录	PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.5；100 MM MES/IMIDAZOLE PH 6.5, 0.02 M 1,6-HEXANEDIOL, 0.02 M 1-BUTANOL, 0.02 M (RS)-1, 2-PROPANEDIOL, 0.02 M 2-PROPANOL, 0.02 M 1,4-BUTANEDIOL, 0.02 M 1,3-PROPANEDIOL, 10% (W/V) PEG 20000 AND 24% (V/V) PEG400 (USING A 2:1 RATIO OF PROTEIN TO MOTHER LIQUOR), PEPTIDE WAS AT ABOUT 50 FOLD MOLAR EXCESS	分辨率 1.70 Å R-free 0.226
4BCX gamma 2 adaptin EAR domain crystal structure 提交 2012-10-03	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 665–785（121 aa）片段：EAR DOMAIN, RESIDUES 665-785	未记录	IMD IMIDAZOLE × 1 PDO 1,3-PROPANDIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.5；100 MM MES/IMIDAZOLE BUFFER PH 6.5, 0.03 M EACH OF DI-, TRI-, TETRA- AND PENTA-ETHYLENEGLYCOL, 10% (W/V) PEG 20000 AND 24% (V/V) PEG400 (USING A 2:1 RATIO OF PROTEIN TO MOTHER LIQUOR)	分辨率 2.00 Å R-free 0.268

共 3 个其他 PDB 条目、3 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	AP1G2_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 4–124； UniProt 665–785

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	2ymt
沉积日期 deposition_date	2012-10-10
结构标题 title	gamma 2 adaptin EAR domain crystal structure with phage peptide GEEWGPWV
关键词 keywords	PROTEIN TRANSPORT; PROTEIN TRANSPORT
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	16.52 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	15.06 Å
零角强度 I(0) i0	3829450.00
分子量 molecular_weight	14483.0 kDa
排除体积 excluded_volume	18419 Å³
包络体积 envelope_volume	21027 Å³
水化壳体积 shell_volume	12280 Å³
包络直径 envelope_diameter	53.9 Å
壳层 Rg shell_rg	20.33 Å
包络 Rg envelope_rg	15.36 Å
形状 Rg shape_rg	15.07 Å
总 Rg total_rg	16.13 Å
总原子数 total_atoms	1026
残基数 n_residues	128
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	55.4 Å
Rg (实空间) rg_real	16.51 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.36 Å
I(0) (实空间) i0_real	3.8290e+06
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	4.2430e+04
Rg (倒空间) rg_reciprocal	16.51 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	3829000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8802
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	18.7 Å
偏度 Skewness skewness	0.328
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.307
角度范围 angular_range	— – 0.4800 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	738900.0000
实空间数据点数 n_real_points	78
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.817; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.991; Smooth: 0.995

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	AP-1 COMPLEX SUBUNIT GAMMA-LIKE 2
分子量 formula_weight	13762.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	1172

GGSAPIPDLKVFEREGVQLNLSFIRPPENPALLLITITATNFSEGDVTHFICQAAVPKSLQLQLQAPSGNTVPARGGLPITQLFRILNPNKAPLRLKLRLTYDHFHQSVQEIFEVNNLPVESWQ

来源 Source

来源生物 organism	HOMO SAPIENS
通用名 common_name	HUMAN
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	ESCHERICHIA COLI

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	PHAGE DISPLAY DERIVED GAMMA 2 ADAPTIN EAR DOMAIN BINDING PEPTIDE
分子量 formula_weight	957.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

GEEWGPWVX

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	1,3-PROPANDIOL
分子量 formula_weight	76.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	125

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 1 domains

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id	2ymtA00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1230 — Gamma-adaptin ear (GAE) domain

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	34.803 Å
晶胞边长 b length_b	37.772 Å
晶胞边长 c length_c	105.471 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.802 Å
最低分辨率 resolution_low	30.708 Å
R 因子 r_factor	0.1876
R_work r_work	0.1850
R_free r_free	0.2420

fit	/app/data/saxs_computation/ym/2ymt/2ymt.fit
pddf	/app/data/pr_computation/ym/2ymt/2ymt.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/ym/2ymt/2ymt.dat

gamma 2 adaptin EAR domain crystal structure with phage peptide GEEWGPWV

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

AP-1 COMPLEX SUBUNIT GAMMA-LIKE 2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 1 domains

CATH v4.4 (1 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)