2yq1

MHV-68 LANA (ORF73) C-terminal domain: triclinic crystal form

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 83.3 Å Quality: EXCELLENT

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

ORF73

MURID HERPESVIRUS 4

UniProt O41974

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 C; UniProt 124–260 链 D; UniProt 124–260 片段:C-TERMINAL DOMAIN, RESIDUES 124-260 无其他共同聚合物 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 9;293 K;1.5 UL OF 0.3 MM PROTEIN IN 5 MM BISTRIS, PH 6.5, 5 MM DTT WERE ADDED TO 1.5 UL OF 2.0 M SODIUM FORMATE, 15% (W/V) PEG 6000. THE MIXTURE WAS INCUBATED AT 20 DEGREE CENTIGRADE IN A HANGING DROP SETUP. CRYSTALS GREW IN A FEW DAYS AND WERE CRYO-PROTECTED BY SHORT SOAKING IN 2.0 M SODIUM FORMATE, 15% (W/V) PEG 6000, 25% (V/V) GLYCEROL. 分辨率 2.30 Å R-free 0.246
2 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 124–260 链 B; UniProt 124–260 片段:C-TERMINAL DOMAIN, RESIDUES 124-260 无其他共同聚合物 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 9;293 K;1.5 UL OF 0.3 MM PROTEIN IN 5 MM BISTRIS, PH 6.5, 5 MM DTT WERE ADDED TO 1.5 UL OF 2.0 M SODIUM FORMATE, 15% (W/V) PEG 6000. THE MIXTURE WAS INCUBATED AT 20 DEGREE CENTIGRADE IN A HANGING DROP SETUP. CRYSTALS GREW IN A FEW DAYS AND WERE CRYO-PROTECTED BY SHORT SOAKING IN 2.0 M SODIUM FORMATE, 15% (W/V) PEG 6000, 25% (V/V) GLYCEROL. 分辨率 2.30 Å R-free 0.246

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 1 个其他 PDB 条目、1 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 O41974_MHV68
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 3–139; UniProt 124–260 作者链 B; PDB构建体 3–139; UniProt 124–260 作者链 C; PDB构建体 3–139; UniProt 124–260 作者链 D; PDB构建体 3–139; UniProt 124–260

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 2yq1

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 2yq1
下载 Download

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id2yq1
沉积日期 deposition_date2012-11-02
结构标题 titleMHV-68 LANA (ORF73) C-terminal domain: triclinic crystal form
关键词 keywords;VIRAL PROTEIN, MUHV-4, MURID HERPESVIRUS 68, LATENCY- ASSOCIATED NUCLEAR ANTIGEN, LANA-1, MLANA, DNA-BINDING DOMAIN, ORIGIN-BINDING DOMAIN, OLIGOMERIZATION DOMAIN, KAPOSI'S SARCOMA-ASSOCIATED HERPESVIRUS, KSHV, GAMMAHERPESVIRUS, RHADINOVIRUS, PRIMARY EFFUSION LYMPHOMA, MULTICENTRIC CASTLEMAN'S DISEASE ;; VIRAL PROTEIN
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier26.06
回转半径 Rg (电子) rg_electron25.03
零角强度 I(0) i052439700.00
分子量 molecular_weight58845.0 kDa
排除体积 excluded_volume74910 ų
包络体积 envelope_volume90937 ų
水化壳体积 shell_volume29589 ų
包络直径 envelope_diameter85.1
壳层 Rg shell_rg32.92
包络 Rg envelope_rg25.12
形状 Rg shape_rg25.02
总 Rg total_rg26.00
总原子数 total_atoms4145
残基数 n_residues516
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax83.3
Rg (实空间) rg_real25.97
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.56
I(0) (实空间) i0_real5.2440e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error6.8630e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal26.00
I(0) (倒空间) i0_reciprocal52440000.0000
解质量估计 total_estimate0.9032
解质量评级 solution_quality EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary81.9
偏度 Skewness skewness0.202
峰度 Kurtosis kurtosis-0.557
角度范围 angular_range— – 0.3050 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha24080000.0000
实空间数据点数 n_real_points62
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.921; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.999; Smooth: 0.974

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id2yq1A00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily390 — Epstein Barr virus nuclear antigen-1, DNA-binding domain
结构域编号 domain_id2yq1B00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily390 — Epstein Barr virus nuclear antigen-1, DNA-binding domain
结构域编号 domain_id2yq1C00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily390 — Epstein Barr virus nuclear antigen-1, DNA-binding domain
结构域编号 domain_id2yq1D00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily390 — Epstein Barr virus nuclear antigen-1, DNA-binding domain

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)