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2yu2

Crystal structure of hJHDM1A without a-ketoglutarate

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 74.3 Å Quality: GOOD
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

JmjC domain-containing histone demethylation protein 1A

Homo sapiens

UniProt Q9Y2K7

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 1–383 链 A； UniProt 450–517 片段：residues 1-383, residues 450-517 突变：K252S FE2 FE (II) ION × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；298 K；25% PEG 3350, 0.1M NaCl, 0.1M Tris, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K 分辨率 2.70 Å R-free 0.287

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 2YU2 Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
2YU1 Crystal structure of hJHDM1A complexed with a-ketoglutarate 提交 2007-04-05 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–383（383 aa） 片段：residues 1-383, residues 450-517
链 A 450–517（68 aa） 片段：residues 1-383, residues 450-517
突变：K252S 突变：K252S FE2 FE (II) ION × 1 AKG 2-OXOGLUTARIC ACID × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；298 K；25% PEG 3350, 0.1M NaCl, 0.1M Tris, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 2.70 Å R-free 0.273
4BBQ Crystal structure of the CXXC and PHD domain of Human Lysine-specific Demethylase 2A (KDM2A)(FBXL11) 提交 2012-09-27 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 567–681（115 aa） 片段：CXXC AND PHD DOMAIN, RESIDUES 567-681
未记录 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 ZN ZINC ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7.5；0.1M BIS-TRIS, PH 6.5, 20%(W/V) PEG METHYL ETHER 5000
分辨率 2.24 Å R-free 0.221
4BBQ Crystal structure of the CXXC and PHD domain of Human Lysine-specific Demethylase 2A (KDM2A)(FBXL11) 提交 2012-09-27 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 567–681（115 aa） 片段：CXXC AND PHD DOMAIN, RESIDUES 567-681
未记录 ZN ZINC ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7.5；0.1M BIS-TRIS, PH 6.5, 20%(W/V) PEG METHYL ETHER 5000
分辨率 2.24 Å R-free 0.221
6BYH Ubiquitin Variant (UbV.Fl11.1) bound to a human Skp1-Fbl11 fragment complex. 提交 2017-12-20 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 E 888–932（45 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；293 K；0.1 M PCTP buffer pH6, 25% (w/v) PEG 1500
分辨率 2.61 Å R-free 0.294
6BYH Ubiquitin Variant (UbV.Fl11.1) bound to a human Skp1-Fbl11 fragment complex. 提交 2017-12-20 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 F 888–932（45 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；293 K；0.1 M PCTP buffer pH6, 25% (w/v) PEG 1500
分辨率 2.61 Å R-free 0.294
6BYH Ubiquitin Variant (UbV.Fl11.1) bound to a human Skp1-Fbl11 fragment complex. 提交 2017-12-20 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 I 888–932（45 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；293 K；0.1 M PCTP buffer pH6, 25% (w/v) PEG 1500
分辨率 2.61 Å R-free 0.294
6C16 Ubiquitin variant (UbV.Fbl10.1) bound to a human Skp1-Fbl11 fragment complex. 提交 2018-01-04 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 C 888–932（45 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.5；293 K；0.1 M malic acid pH 4.5, 0.15 M sodium chloride, 27% (w/v) PEG3350
分辨率 3.27 Å R-free 0.317
6C16 Ubiquitin variant (UbV.Fbl10.1) bound to a human Skp1-Fbl11 fragment complex. 提交 2018-01-04 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 F 888–932（45 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.5；293 K；0.1 M malic acid pH 4.5, 0.15 M sodium chloride, 27% (w/v) PEG3350
分辨率 3.27 Å R-free 0.317
7UV9 KDM2A-nucleosome structure stabilized by H3K36C-UNC8015 covalent conjugate 提交 2022-04-29 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric
链 K 2–685（684 aa）
未记录 OH0 N-heptanoyl-N-hydroxy-beta-alanine × 1 FE FE (III) ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 3.20 Å

共 5 个其他 PDB 条目、9 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 JHD1A_HUMAN
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–383； UniProt 1–383 作者链 A； PDB构建体 384–451； UniProt 450–517

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 2yu2

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 2yu2
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id2yu2
沉积日期 deposition_date2007-04-05
结构标题 titleCrystal structure of hJHDM1A without a-ketoglutarate
关键词 keywordsJmjC-domain-containing histone demethylases, OXIDOREDUCTASE; OXIDOREDUCTASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier22.80 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron21.57 Å
零角强度 I(0) i033406000.00
分子量 molecular_weight45158.0 kDa
排除体积 excluded_volume56677 ų
包络体积 envelope_volume66301 ų
水化壳体积 shell_volume25316 ų
包络直径 envelope_diameter76.3 Å
壳层 Rg shell_rg28.59 Å
包络 Rg envelope_rg21.75 Å
形状 Rg shape_rg21.55 Å
总 Rg total_rg22.50 Å
总原子数 total_atoms3179
残基数 n_residues387
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax74.3 Å
Rg (实空间) rg_real22.71 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.46 Å
I(0) (实空间) i0_real3.3410e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error5.1800e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal22.73 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal33410000.0000
解质量估计 total_estimate0.8892
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary28.1 Å
偏度 Skewness skewness0.224
峰度 Kurtosis kurtosis-0.384
角度范围 angular_range— – 0.3500 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha10590000.0000
实空间数据点数 n_real_points67
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.859; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.998; Smooth: 0.980
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_idd2yu2a_
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.82 — Double-stranded beta-helix
超家族 Superfamily superfamilyb.82.2 — Clavaminate synthase-like
家族 Family familyb.82.2.14 — Jumonji domain / Histone demethylase core

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id2yu2A01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily650 — Cupin
结构域编号 domain_id2yu2A02
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology58 — Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily1360 —
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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)