2yvc

Crystal structure of the Radixin FERM domain complexed with the NEP cytoplasmic tail

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 114.7 Å Quality: GOOD

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Radixin

Mus musculus

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1–310	片段：FERM domain	Neprilysin × 1 （Q61391）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；277 K；20% PEG3350, 0.2M DL-maleic acid, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 3.20 Å R-free 0.267
2	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 1–310	片段：FERM domain	Neprilysin × 1 （Q61391）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；277 K；20% PEG3350, 0.2M DL-maleic acid, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 3.20 Å R-free 0.267
3	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 C； UniProt 1–310	片段：FERM domain	Neprilysin × 1 （Q61391）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；277 K；20% PEG3350, 0.2M DL-maleic acid, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 3.20 Å R-free 0.267

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 2YVC	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1GC6 CRYSTAL STRUCTURE OF THE RADIXIN FERM DOMAIN COMPLEXED WITH INOSITOL-(1,4,5)-TRIPHOSPHATE 提交 2000-07-21	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–297（297 aa）片段：FERM DOMAIN	未记录	I3P D-MYO-INOSITOL-1,4,5-TRIPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；277 K；PEG 6000, MES, INOSITOL-(1,4,5)-TRIPHOSPHATE, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.90 Å R-free 0.283
1GC7 CRYSTAL STRUCTURE OF THE RADIXIN FERM DOMAIN 提交 2000-07-21	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–297（297 aa）片段：FERM DOMAIN	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；277 K；PEG 6000, MES, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.80 Å R-free 0.255
1J19 Crystal structure of the radxin FERM domain complexed with the ICAM-2 cytoplasmic peptide 提交 2002-12-02	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–310（310 aa）片段：N-terminal domain, FERM domain	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；277 K；PEG6000, MES, NaCl, DTT, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.40 Å R-free 0.239
2D10 Crystal structure of the Radixin FERM domain complexed with the NHERF-1 C-terminal tail peptide 提交 2005-08-11	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–310（310 aa）片段：FERM domain (residues 3-312)	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；10% PEG4000, 5% Isopropanol, 0.1M HEPES, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.50 Å R-free 0.268
2D10 Crystal structure of the Radixin FERM domain complexed with the NHERF-1 C-terminal tail peptide 提交 2005-08-11	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1–310（310 aa）片段：FERM domain (residues 3-312)	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；10% PEG4000, 5% Isopropanol, 0.1M HEPES, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.50 Å R-free 0.268
2D10 Crystal structure of the Radixin FERM domain complexed with the NHERF-1 C-terminal tail peptide 提交 2005-08-11	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 1–310（310 aa）片段：FERM domain (residues 3-312)	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；10% PEG4000, 5% Isopropanol, 0.1M HEPES, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.50 Å R-free 0.268
2D10 Crystal structure of the Radixin FERM domain complexed with the NHERF-1 C-terminal tail peptide 提交 2005-08-11	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 1–310（310 aa）片段：FERM domain (residues 3-312)	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；10% PEG4000, 5% Isopropanol, 0.1M HEPES, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.50 Å R-free 0.268
2D11 Crystal structure of the Radixin FERM domain complexed with the NHERF-2 C-terminal tail peptide 提交 2005-08-11	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–310（310 aa）片段：FERM domain (residues 1-310)	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；10% PEG4000, 5% Isopropanol, 0.1M HEPES, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.81 Å R-free 0.278
2D11 Crystal structure of the Radixin FERM domain complexed with the NHERF-2 C-terminal tail peptide 提交 2005-08-11	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1–310（310 aa）片段：FERM domain (residues 1-310)	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；10% PEG4000, 5% Isopropanol, 0.1M HEPES, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.81 Å R-free 0.278
2D11 Crystal structure of the Radixin FERM domain complexed with the NHERF-2 C-terminal tail peptide 提交 2005-08-11	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 1–310（310 aa）片段：FERM domain (residues 1-310)	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；10% PEG4000, 5% Isopropanol, 0.1M HEPES, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.81 Å R-free 0.278
2D11 Crystal structure of the Radixin FERM domain complexed with the NHERF-2 C-terminal tail peptide 提交 2005-08-11	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 1–310（310 aa）片段：FERM domain (residues 1-310)	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；10% PEG4000, 5% Isopropanol, 0.1M HEPES, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.81 Å R-free 0.278
2D2Q Crystal structure of the dimerized radixin FERM domain 提交 2005-09-15	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–310（310 aa）片段：FERM domain (residues 1-310)	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7.5；293 K；PEG 3350, HEPES-Na, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 293K	分辨率 2.80 Å R-free 0.269
2D2Q Crystal structure of the dimerized radixin FERM domain 提交 2005-09-15	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1–310（310 aa）片段：FERM domain (residues 1-310)	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7.5；293 K；PEG 3350, HEPES-Na, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 293K	分辨率 2.80 Å R-free 0.269
2EMS Crystal Structure Analysis of the radixin FERM domain complexed with adhesion molecule CD43 提交 2007-03-28	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–310（310 aa）片段：N-terminal FERM domain (residues 1-310)	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；277 K；10% PEG 4000, 10% iso-propanol, 0.1M Sodium Citrate, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.90 Å R-free 0.250
2EMT Crystal Structure Analysis of the radixin FERM domain complexed with adhesion molecule PSGL-1 提交 2007-03-28	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 1–310（310 aa）片段：N-terminal FERM domain (residues 1-310)	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.2；277 K；8% PEG 8000, 0.1M Tris-HCl, pH 8.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.80 Å R-free 0.294
2EMT Crystal Structure Analysis of the radixin FERM domain complexed with adhesion molecule PSGL-1 提交 2007-03-28	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1–310（310 aa）片段：N-terminal FERM domain (residues 1-310)	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.2；277 K；8% PEG 8000, 0.1M Tris-HCl, pH 8.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.80 Å R-free 0.294
2ZPY Crystal structure of the mouse radxin FERM domain complexed with the mouse CD44 cytoplasmic peptide 提交 2008-07-31	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–310（310 aa）片段：FERM domain (residues 1-310)	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 8.6；277 K；0.1M Tris, 0.2M Potassium thiocyanate, 15% PEG 3350 , pH 8.6, VAPOR DIFFUSION, temperature 277K	分辨率 2.10 Å R-free 0.256
3X23 Radixin complex 提交 2014-12-09	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–310（310 aa）片段：FERM domain, UNP reisudes 1-310	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；297 K；12% polyethylene glycol 4000, 100mM MOPS (pH 7.0), 100mM NaCl, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 297K	分辨率 2.40 Å R-free 0.237

共 10 个其他 PDB 条目、18 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	RADI_MOUSE
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 3–312； UniProt 1–310 作者链 B； PDB构建体 3–312； UniProt 1–310 作者链 C； PDB构建体 3–312； UniProt 1–310

Neprilysin

物种未注明

UniProt Q61391

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 D； UniProt 2–23	片段：cytoplasmic tail	Radixin × 1 （P26043）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；277 K；20% PEG3350, 0.2M DL-maleic acid, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 3.20 Å R-free 0.267
2	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 E； UniProt 2–23	片段：cytoplasmic tail	Radixin × 1 （P26043）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；277 K；20% PEG3350, 0.2M DL-maleic acid, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 3.20 Å R-free 0.267
3	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 F； UniProt 2–23	片段：cytoplasmic tail	Radixin × 1 （P26043）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；277 K；20% PEG3350, 0.2M DL-maleic acid, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 3.20 Å R-free 0.267

数据库中的同蛋白其他状态

数据库中没有找到同一 UniProt 蛋白的其他 PDB 条目。

查看构建体与数据证据

UniProt名称	NEP_MOUSE
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 D； PDB构建体 1–22； UniProt 2–23 作者链 E； PDB构建体 1–22； UniProt 2–23 作者链 F； PDB构建体 1–22； UniProt 2–23

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

▼

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	2yvc
沉积日期 deposition_date	2007-04-11
结构标题 title	Crystal structure of the Radixin FERM domain complexed with the NEP cytoplasmic tail
关键词 keywords	Protein-peptide complex, CELL ADHESION; CELL ADHESION
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

▼

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	34.52 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	33.82 Å
零角强度 I(0) i0	169589000.00
分子量 molecular_weight	107700.0 kDa
排除体积 excluded_volume	136490 Å³
包络体积 envelope_volume	180970 Å³
水化壳体积 shell_volume	45186 Å³
包络直径 envelope_diameter	119.6 Å
壳层 Rg shell_rg	39.85 Å
包络 Rg envelope_rg	33.48 Å
形状 Rg shape_rg	33.82 Å
总 Rg total_rg	34.32 Å
总原子数 total_atoms	7607
残基数 n_residues	913
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

▼

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	114.7 Å
Rg (实空间) rg_real	34.48 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.31 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.6960e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.9430e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	34.51 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	169600000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8917
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	39.9 Å
偏度 Skewness skewness	0.291
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.390
角度范围 angular_range	— – 0.2300 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	21340000.0000
实空间数据点数 n_real_points	47
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.881; Stabil: 0.999; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 1.000; Smooth: 0.947

▶

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

▶

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Radixin
分子量 formula_weight	36924.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C
原子数 atom_count	7607

GSMPKPINVRVTTMDAELEFAIQPNTTGKQLFDQVVKTVGLREVWFFGLQYVDSKGYSTWLKLNKKVTQQDVKKENPLQFKFRAKFFPEDVSEELIQEITQRLFFLQVKEAILNDEIYCPPETAVLLASYAVQAKYGDYNKEIHKPGYLANDRLLPQRVLEQHKLTKEQWEERIQNWHEEHRGMLREDSMMEYLKIAQDLEMYGVNYFEIKNKKGTELWLGVDALGLNIYEHDDKLTPKIGFPWSEIRNISFNDKKFVIKPIDKKAPDFVFYAPRLRINKRILALCMGNHELYMRRRKPDTIEVQQMKAQAR

来源 Source

来源生物 organism	Mus musculus
通用名 common_name	mouse
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Neprilysin
分子量 formula_weight	2533.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D,E,F

GRSESQMDITDINAPKPKKKQR

▼

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 19 domains

SCOP 2.08 (10 domains)

结构域编号 domain_id	d2yvca1
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.11 — Acyl-CoA binding protein-like
超家族 Superfamily superfamily	a.11.2 — Second domain of FERM
家族 Family family	a.11.2.1 — Second domain of FERM

结构域编号 domain_id	d2yvca2
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.55 — PH domain-like barrel
超家族 Superfamily superfamily	b.55.1 — PH domain-like
家族 Family family	b.55.1.5 — Third domain of FERM

结构域编号 domain_id	d2yvca3
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.15 — beta-Grasp (ubiquitin-like)
超家族 Superfamily superfamily	d.15.1 — Ubiquitin-like
家族 Family family	d.15.1.4 — First domain of FERM

结构域编号 domain_id	d2yvcb1
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.11 — Acyl-CoA binding protein-like
超家族 Superfamily superfamily	a.11.2 — Second domain of FERM
家族 Family family	a.11.2.1 — Second domain of FERM

结构域编号 domain_id	d2yvcb2
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.55 — PH domain-like barrel
超家族 Superfamily superfamily	b.55.1 — PH domain-like
家族 Family family	b.55.1.5 — Third domain of FERM

结构域编号 domain_id	d2yvcb3
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.15 — beta-Grasp (ubiquitin-like)
超家族 Superfamily superfamily	d.15.1 — Ubiquitin-like
家族 Family family	d.15.1.4 — First domain of FERM

结构域编号 domain_id	d2yvcb4
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d2yvcc1
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.11 — Acyl-CoA binding protein-like
超家族 Superfamily superfamily	a.11.2 — Second domain of FERM
家族 Family family	a.11.2.1 — Second domain of FERM

结构域编号 domain_id	d2yvcc2
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.55 — PH domain-like barrel
超家族 Superfamily superfamily	b.55.1 — PH domain-like
家族 Family family	b.55.1.5 — Third domain of FERM

结构域编号 domain_id	d2yvcc3
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.15 — beta-Grasp (ubiquitin-like)
超家族 Superfamily superfamily	d.15.1 — Ubiquitin-like
家族 Family family	d.15.1.4 — First domain of FERM

CATH v4.4 (9 domains)

结构域编号 domain_id	2yvcA01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	20 — Ubiquitin-like (UB roll)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	90 — Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 1

结构域编号 domain_id	2yvcA02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	80 — Acyl-CoA Binding Protein
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 —

结构域编号 domain_id	2yvcA03
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	30 — Roll
拓扑 Topology topology	29 — PH-domain like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 — Pleckstrin-homology domain (PH domain)/Phosphotyrosine-binding domain (PTB)

结构域编号 domain_id	2yvcB01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	20 — Ubiquitin-like (UB roll)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	90 — Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 1

结构域编号 domain_id	2yvcB02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	80 — Acyl-CoA Binding Protein
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 —

结构域编号 domain_id	2yvcB03
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	30 — Roll
拓扑 Topology topology	29 — PH-domain like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 — Pleckstrin-homology domain (PH domain)/Phosphotyrosine-binding domain (PTB)

结构域编号 domain_id	2yvcC01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	20 — Ubiquitin-like (UB roll)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	90 — Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 1

结构域编号 domain_id	2yvcC02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	80 — Acyl-CoA Binding Protein
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 —

结构域编号 domain_id	2yvcC03
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	30 — Roll
拓扑 Topology topology	29 — PH-domain like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 — Pleckstrin-homology domain (PH domain)/Phosphotyrosine-binding domain (PTB)

▶

8. 引用文献 (4)

▶

晶胞边长 a length_a	108.790 Å
晶胞边长 b length_b	116.838 Å
晶胞边长 c length_c	141.884 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	12

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.200 Å
最低分辨率 resolution_low	29.710 Å
R 因子 r_factor	0.2344
R_work r_work	0.2326
R_free r_free	0.2671

fit	/app/data/saxs_computation/yv/2yvc/2yvc.fit
pddf	/app/data/pr_computation/yv/2yvc/2yvc.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/yv/2yvc/2yvc.dat

Crystal structure of the Radixin FERM domain complexed with the NEP cytoplasmic tail

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Radixin

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Neprilysin

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 19 domains

SCOP 2.08 (10 domains)

CATH v4.4 (9 domains)

8. 引用文献 (4)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)