2z6a

S-Adenosyl-L-methionine-Dependent Methyl Transfer: Observable Precatalytic Intermediates during DNA Cytosine Methylation

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 73.4 Å Quality: REASONABLE

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Modification methylase HhaI

Haemophilus parahaemolyticus

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白–DNA 单体蛋白 × 1 DNA 2 PDB 声明：trimeric（3）与全部聚合物数一致	链 A； UniProt 1–327	突变：C81A	;DNA (5'-D(DGPDAPDTPDAPDGPDCPDGPDCPDTPDAPDTPDC)-3') ; × 1 ;DNA (5'-D(DTPDGPDAPDTPDAPDGPDCPDGPDCPDTPDAPDTPDC)-3') ; × 1 SAH* S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；290 K；2.0M Ammonium Sulfate, 50mM Sodium Citrate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K	分辨率 2.88 Å R-free 0.280

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 2Z6A	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
10MH TERNARY STRUCTURE OF HHAI METHYLTRANSFERASE WITH ADOHCY AND HEMIMETHYLATED DNA CONTAINING 5,6-DIHYDRO-5-AZACYTOSINE AT THE TARGET 提交 1998-08-10	突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 A 1–327（327 aa）	未记录	SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.5；10% (W/V) PEG 8000 50 MM CALCIUM ACETATE 50 MM SODIUM CACODYLATE PH 6.5	分辨率 2.55 Å
1FJX STRUCTURE OF TERNARY COMPLEX OF HHAI METHYLTRANSFERASE MUTANT (T250G) IN COMPLEX WITH DNA AND ADOHCY 提交 2000-08-08	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 A 1–327（327 aa）	突变：T250G	SO4 SULFATE ION × 2 SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；289 K；2.7 M ammonium sulfate 20% (w/v) glucose 50 mM sodium citrate, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 16K	分辨率 2.26 Å R-free 0.283
1HMY CRYSTAL STRUCTURE OF THE HHAI DNA METHYLTRANSFERASE COMPLEXED WITH S-ADENOSYL-L-METHIONINE 提交 1993-08-05	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–327（327 aa）	未记录	SAM S-ADENOSYLMETHIONINE × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.50 Å
1M0E ZEBULARINE: A NOVEL DNA METHYLATION INHIBITOR THAT FORMS A COVALENT COMPLEX WITH DNA METHYLTRANSFERASE 提交 2002-06-12	突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 A 1–327（327 aa）	未记录	SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；289 K；PEG 8000, Ca acetate, sodium cacodylate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K	分辨率 2.50 Å R-free 0.243
1MHT COVALENT TERNARY STRUCTURE OF HHAI METHYLTRANSFERASE, DNA AND S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE 提交 1994-12-08	突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 A 1–327（327 aa）	未记录	SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.25；289 K；BIS-TRIS-PROPANE_HCL, NACL, EDTA, pH 7.25, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289.00K	分辨率 2.60 Å
1SKM HhaI methyltransferase in complex with DNA containing an abasic south carbocyclic sugar at its target site 提交 2004-03-05	突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 A 1–327（327 aa）	未记录	SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；289 K；PEG 6000, sodium cacodylate, magnesium acetate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K	分辨率 2.20 Å R-free 0.221
1SVU Structure of the Q237W mutant of HhaI DNA methyltransferase: an insight into protein-protein interactions 提交 2004-03-30	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–327（327 aa）	突变：Q237W	SO4 SULFATE ION × 2 SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 1 UNX UNKNOWN LIGAND × 8	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.8；289 K；ammonium sulfate, pH 5.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K	分辨率 2.66 Å R-free 0.266
1SVU Structure of the Q237W mutant of HhaI DNA methyltransferase: an insight into protein-protein interactions 提交 2004-03-30	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1–327（327 aa）	突变：Q237W	SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 1 UNX UNKNOWN LIGAND × 9	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.8；289 K；ammonium sulfate, pH 5.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K	分辨率 2.66 Å R-free 0.266
2C7O HhaI DNA methyltransferase complex with 13mer oligonucleotide containing 2-aminopurine adjacent to the target base (PCGC:GMGC) and SAH 提交 2005-11-25	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 A 1–327（327 aa）	未记录	SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 1 SO4 SULFATE ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 5.6；50 MM NA CITRATE PH 5.6, 1.6 M AMMONIUM SULFATE, 5 % GLUCOSE.	分辨率 1.90 Å R-free 0.215
2C7P HhaI DNA methyltransferase complex with oligonucleotide containing 2- aminopurine opposite to the target base (GCGC:GMPC) and SAH 提交 2005-11-25	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 A 1–327（327 aa）	未记录	SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 1 SO4 SULFATE ION × 5 EPE 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID × 1 CIT CITRIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 5.6；50 MM NA CITRATE PH 5.6, 1.4 M AMMONIUM SULFATE	分辨率 1.70 Å R-free 0.220
2C7Q HhaI DNA methyltransferase complex with oligonucleotide containing 2- aminopurine outside the recognition sequence (paired with G) and SAH 提交 2005-11-27	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 A 1–327（327 aa）	未记录	SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 1 SO4 SULFATE ION × 3 CIT CITRIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 5.6；50 MM NA CITRATE PH 5.6, 1.6 M AMMONIUM SULFATE	分辨率 1.85 Å R-free 0.210
2C7R HhaI DNA methyltransferase (T250G mutant) complex with oligonucleotide containing 2-aminopurine as a target base (GPGC:GMGC) and SAH 提交 2005-11-27	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 A 1–327（327 aa）	突变：YES	SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 1 SO4 SULFATE ION × 7 GOL GLYCEROL × 5	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 5.6；50 MM NA CITRATE PH 5.6, 1.7 M AMMONIUM SULFATE, 5 % GLUCOSE	分辨率 1.90 Å R-free 0.217
2HMY BINARY COMPLEX OF HHAI METHYLTRANSFERASE WITH ADOMET FORMED IN THE PRESENCE OF A SHORT NONPSECIFIC DNA OLIGONUCLEOTIDE 提交 1999-02-08	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1–327（327 aa）	未记录	SAM S-ADENOSYLMETHIONINE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6；2.2M AMMONIUM SULFATE 50 MMSODIUM CITRATE PH 6.0	分辨率 2.61 Å
2HR1 Ternary structure of WT M.HhaI C5-Cytosine DNA methyltransferase with unmodified DNA and AdoHcy 提交 2006-07-19	突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 A 1–327（327 aa）	未记录	SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；290 K；Ammonium Sulfate 15%, Sodium Citrate 100 mM, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K	分辨率 1.96 Å R-free 0.269
2I9K Engineered Extrahelical Base Destabilization Enhances Sequence Discrimination of DNA Methyltransferase M.HhaI 提交 2006-09-05	突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 A 1–327（327 aa）	突变：F124A	SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6；290 K；20% Ammonium Sulfate, 100mM Sodium Citrate buffer, pH 6.0, hanging drop, temperature 290K	分辨率 2.65 Å R-free 0.262
2UYC HhaI DNA methyltransferase R163N mutant complex with 13mer GCGC-GMGC oligonucleotide and SAH 提交 2007-04-03	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 A 1–327（327 aa）	突变：YES	SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 1 SO4 SULFATE ION × 6 GOL GLYCEROL × 5	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 5.6；50 MM NA CITRATE PH 5.6, 1.8 M AMMONIUM SULFATE, 5% GLUCOSE	分辨率 2.00 Å R-free 0.227
2UYH HhaI DNA methyltransferase S87Q-Q237S mutant complex with 13mer GCGC- GMGC oligonucleotide and SAH 提交 2007-04-06	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 A 1–327（327 aa）	突变：YES	SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 1 SO4 SULFATE ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 5.6；50 MM NA CITRATE PH 5.6, 1.6 M AMMONIUM SULFATE, 5% GLUCOSE	分辨率 2.63 Å R-free 0.258
2UZ4 HhaI DNA methyltransferase R165N mutant complex with 13mer GCGC-GMGC oligonucleotide and SAH 提交 2007-04-25	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 A 1–327（327 aa）	突变：YES	SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 1 SO4 SULFATE ION × 4 GOL GLYCEROL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 5.6；50 MM NA CITRATE PH 5.6, 1.8 M AMMONIUM SULFATE	分辨率 2.10 Å R-free 0.235
2Z6Q Ternary structure of Arg165Ala M.HhaI C5-Cytosine DNA methyltransferase with unmodified DNA and AdoHcy 提交 2007-08-08	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–327（327 aa）	突变：R165A	DCZ 2'-DEOXYCYTIDINE × 1 SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；290 K；100 mM sodium citrate (pH 6.0), ammonium sulfate 1.2M, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K	分辨率 2.79 Å R-free 0.269
2Z6U Ternary structure of the Glu119Ala M.HhaI, C5-Cytosine DNA methyltransferase, with unmodified DNA and AdoHcy 提交 2007-08-09	突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 A 1–327（327 aa）	突变：E119A	SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；290 K；100mM sodium citrate buffer, 45%-55% 3.5M ammonium sulfate, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K	分辨率 2.72 Å R-free 0.267
2ZCJ Ternary structure of the Glu119Gln M.HhaI, C5-Cytosine DNA methyltransferase, with unmodified DNA and AdoHcy 提交 2007-11-09	突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 A 1–327（327 aa）	突变：E119Q	SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；290 K；100 mM Sodium Citrate, 1.6-2.1 Ammonium Sulfate, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K	分辨率 2.75 Å R-free 0.266
3EEO M. HhaI co-crystallized with synthetic dsDNA containing a propane diol in place of the deoxycytidine residue targeted for methylation. 提交 2008-09-05	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 A 1–327（327 aa）	未记录	SAM S-ADENOSYLMETHIONINE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 1.94 Å R-free 0.275
3MHT TERNARY STRUCTURE OF HHAI METHYLTRANSFERASE WITH UNMODIFIED DNA AND ADOHCY 提交 1996-07-24	突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 A 1–327（327 aa）	未记录	SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.70 Å
4MHT TERNARY STRUCTURE OF HHAI METHYLTRANSFERASE WITH NATIVE DNA AND ADOHCY 提交 1996-07-24	突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 A 1–327（327 aa）	未记录	SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.70 Å
5CIY Structural basis of the recognition of H3K36me3 by DNMT3B PWWP domain 提交 2015-07-13	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 A 1–327（327 aa）	未记录	SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 1 SO4 SULFATE ION × 8	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；298 K；AMMONIUM SULFATE 1.8 M, CITRATE 50mM	分辨率 1.59 Å R-free 0.188
5LOD Crystal structure of HhaI DNA methyltransferase in APO form 提交 2016-08-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–327（327 aa）链 B 1–327（327 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 5	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；298 K；AMMONIUM SULFATE 50 mM, CITRATE 100mM, 32% (w/v) PEG-4000	分辨率 1.90 Å R-free 0.219
5MHT TERNARY STRUCTURE OF HHAI METHYLTRANSFERASE WITH HEMIMETHYLATED DNA AND ADOHCY 提交 1996-10-22	突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 A 1–327（327 aa）	未记录	SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.5；10% PEG 8000, 50 MM CA-ACETATE, 50 MM SODIUM CACODYLATE PH 6.5	分辨率 2.70 Å
6MHT TERNARY STRUCTURE OF HHAI METHYLTRANSFERASE WITH ADOHCY AND DNA CONTAINING 4'-THIO-2'DEOXYCYTIDINE AT THE TARGET 提交 1998-08-05	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 A 1–327（327 aa）	未记录	SAM S-ADENOSYLMETHIONINE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 5.6；293 K；1.4-1.8 M AMMONIUM SULFATE 50 MM CITRATE PH 5.6, temperature 293.0K	分辨率 2.05 Å R-free 0.231
7MHT CYTOSINE-SPECIFIC METHYLTRANSFERASE HHAI/DNA COMPLEX 提交 1998-08-05	突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 A 1–327（327 aa）	未记录	SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 5.6；1.4-1.8 M AMMONIUM SULFATE 50 MM CITRATE PH 5.6	分辨率 2.87 Å
8MHT CYTOSINE-SPECIFIC METHYLTRANSFERASE HHAI/DNA COMPLEX 提交 1998-08-06	突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 A 1–327（327 aa）	未记录	SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 5.6；1.4-1.8 M AMMONIUM SULFATE 50 MM CITRATE PH 5.6	分辨率 2.76 Å
9MHT CYTOSINE-SPECIFIC METHYLTRANSFERASE HHAI/DNA COMPLEX 提交 1998-08-07	突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 A 1–327（327 aa）	未记录	SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 5.6；10% (W/V) POLYETHYLENE GLYCOL 8000 50 MM CA-ACETATE 50 MM SODIUM CACODYLATE PH 5.6	分辨率 2.39 Å

共 30 个其他 PDB 条目、31 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	MTH1_HAEPH
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–327； UniProt 1–327

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	2z6a
沉积日期 deposition_date	2007-07-25
结构标题 title	S-Adenosyl-L-methionine-Dependent Methyl Transfer: Observable Precatalytic Intermediates during DNA Cytosine Methylation
关键词 keywords	Protein-DNA complex, Methyltransferase, Restriction system, S-adenosyl-L-methionine, Transferase, TRANSFERASE-DNA COMPLEX; TRANSFERASE/DNA
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	21.76 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	20.74 Å
零角强度 I(0) i0	40670000.00
分子量 molecular_weight	44966.0 kDa
排除体积 excluded_volume	54300 Å³
包络体积 envelope_volume	62782 Å³
水化壳体积 shell_volume	24677 Å³
包络直径 envelope_diameter	79.0 Å
壳层 Rg shell_rg	28.15 Å
包络 Rg envelope_rg	21.18 Å
形状 Rg shape_rg	20.71 Å
总 Rg total_rg	21.63 Å
总原子数 total_atoms	3137
残基数 n_residues	352
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	73.4 Å
Rg (实空间) rg_real	22.25 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.18 Å
I(0) (实空间) i0_real	4.0270e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	4.8310e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	21.68 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	40670000.0000
解质量估计 total_estimate	0.6723
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	26.3 Å
偏度 Skewness skewness	0.405
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.002
角度范围 angular_range	— – 0.3650 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	5.6590
最高正则化参数 α highest_alpha	7504000.0000
实空间数据点数 n_real_points	68
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.819; Stabil: 0.922; Sysdev: 0.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.996; Smooth: 0.554

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	;DNA (5'-D(DGPDAPDTPDAPDGPDCPDGPDCPDTPDAPDTPDC)-3') ;
分子量 formula_weight	3662.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	C
原子数 atom_count	3192

GATAGCGCTATC

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	;DNA (5'-D(DTPDGPDAPDTPDAPDGPDCPDGPDCPDTPDAPDTP*DC)-3') ;
分子量 formula_weight	3966.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	D

TGATAGCGCTATC

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Modification methylase HhaI
分子量 formula_weight	37010.1 kDa
EC 编号 ec_number	2.1.1.37
突变 mutation	C81A
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A

MIEIKDKQLTGLRFIDLFAGLGGFRLALESCGAECVYSNEWDKYAQEVYEMNFGEKPEGDITQVNEKTIPDHDILCAGFPAQAFSISGKQKGFEDSRGTLFFDIARIVREKKPKVVFMENVKNFASHDNGNTLEVVKNTMNELDYSFHAKVLNALDYGIPQKRERIYMICFRNDLNIQNFQFPKPFELNTFVKDLLLPDSEVEHLVIDRKDLVMTNQEIEQTTPKTVRLGIVGKGGQGERIYSTRGIAITLSAYGGGIFAKTGGYLVNGKTRKLHPRECARVMGYPDSYKVHPSTSQAYKQFGNSVVINVLQYIAYNIGSSLNFKPY

来源 Source

来源生物 organism	Haemophilus parahaemolyticus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	735
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE
分子量 formula_weight	384.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 5 Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	55

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_id	d2z6aa_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.66 — S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferases
超家族 Superfamily superfamily	c.66.1 — S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferases
家族 Family family	c.66.1.26 — C5 cytosine-specific DNA methylase, DCM

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	2z6aA01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	150 — Vaccinia Virus protein VP39

结构域编号 domain_id	2z6aA02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	120 — DNA Methylase; Chain A, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — DNA Methylase, subunit A, domain 2

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	98.490 Å
晶胞边长 b length_b	98.490 Å
晶胞边长 c length_c	323.610 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	18

空间群 space_group	H 3 2
空间群编号 int_tables_number	155
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.880 Å
最低分辨率 resolution_low	8.850 Å
R 因子 r_factor	0.2390
R_work r_work	0.2200
R_free r_free	0.2800

fit	/app/data/saxs_computation/z6/2z6a/2z6a.fit
pddf	/app/data/pr_computation/z6/2z6a/2z6a.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/z6/2z6a/2z6a.dat

S-Adenosyl-L-methionine-Dependent Methyl Transfer: Observable Precatalytic Intermediates during DNA Cytosine Methylation

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Modification methylase HhaI

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

CATH v4.4 (2 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)