SAXSdb — 2z6q

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Modification methylase HhaI

Haemophilus parahaemolyticus

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	单体	蛋白 1 DNA 3	;DNA (5'-D(DGPDAPDTPDAPDGPDCPDGPDCPDTPDAPDTPDC)-3') ; × 1 ;DNA (5'-D(DTPDGPDAPDTPDAPDG)-3') ; × 1 ;DNA (5'-D(DGPDCPDTPDAPDTPDC)-3') ; × 1 2'-DEOXYCYTIDINE × 1 S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 1 water × 3	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	MTH1_HAEPH
Isoform	—
PDB实体	4
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–327； UniProt 1–327

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	2z6q
沉积日期 deposition_date	2007-08-08
结构标题 title	Ternary structure of Arg165Ala M.HhaI C5-Cytosine DNA methyltransferase with unmodified DNA and AdoHcy
关键词 keywords	beta-alpha-complex, Methyltransferase, Restriction system, S-adenosyl-L-methionine, Transferase, TRANSFERASE-DNA COMPLEX; TRANSFERASE/DNA
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

2z6q__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

2z6q__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

2z6q__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	21.91 Å
Rg（电子密度）	20.84 Å
总 Rg	21.72 Å
原子数	3122
残基数	351
排除体积	54107 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`2z6q__assembly_1__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	;DNA (5'-D(DGPDAPDTPDAPDGPDCPDGPDCPDTPDAPDTPDC)-3') ;
分子量 formula_weight	3662.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	C
原子数 atom_count	3202

GATAGCGCTATC

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	;DNA (5'-D(DTPDGPDAPDTPDAPDG)-3') ;
分子量 formula_weight	1848.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	D

TGATAG

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	;DNA (5'-D(DGPDCPDTPDAPDTPDC)-3') ;
分子量 formula_weight	1784.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	E

GCTATC

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	Modification methylase HhaI
分子量 formula_weight	36956.1 kDa
EC 编号 ec_number	2.1.1.37
突变 mutation	R165A
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A

MIEIKDKQLTGLRFIDLFAGLGGFRLALESCGAECVYSNEWDKYAQEVYEMNFGEKPEGDITQVNEKTIPDHDILCAGFPCQAFSISGKQKGFEDSRGTLFFDIARIVREKKPKVVFMENVKNFASHDNGNTLEVVKNTMNELDYSFHAKVLNALDYGIPQKREAIYMICFRNDLNIQNFQFPKPFELNTFVKDLLLPDSEVEHLVIDRKDLVMTNQEIEQTTPKTVRLGIVGKGGQGERIYSTRGIAITLSAYGGGIFAKTGGYLVNGKTRKLHPRECARVMGYPDSYKVHPSTSQAYKQFGNSVVINVLQYIAYNIGSSLNFKPY

来源 Source

来源生物 organism	Haemophilus parahaemolyticus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	735
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	2'-DEOXYCYTIDINE
分子量 formula_weight	227.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE
分子量 formula_weight	384.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 7 Entity 7 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	80

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_id	d2z6qa_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.66 — S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferases
超家族 Superfamily superfamily	c.66.1 — S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferases
家族 Family family	c.66.1.26 — C5 cytosine-specific DNA methylase, DCM

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	2z6qA01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	150 — Vaccinia Virus protein VP39

结构域编号 domain_id	2z6qA02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	120 — DNA Methylase; Chain A, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — DNA Methylase, subunit A, domain 2

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晶胞边长 a length_a	92.924 Å
晶胞边长 b length_b	92.924 Å
晶胞边长 c length_c	315.781 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	18

空间群 space_group	H 3 2
空间群编号 int_tables_number	155
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.790 Å
最低分辨率 resolution_low	10.000 Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	0.2090
R_free r_free	0.2690

Ternary structure of Arg165Ala M.HhaI C5-Cytosine DNA methyltransferase with unmodified DNA and AdoHcy

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Modification methylase HhaI

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

2z6q__assembly_1__model_1

2z6q__assembly_1__model_1 | I(q)

2z6q__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

CATH v4.4 (2 domains)

7. 引用文献 (1)

Ternary structure of Arg165Ala M.HhaI C5-Cytosine DNA methyltransferase with unmodified DNA and AdoHcy

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Modification methylase HhaI

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

2z6q__assembly_1__model_1

2z6q__assembly_1__model_1 | I(q)

2z6q__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

CATH v4.4 (2 domains)

7. 引用文献 (1)