SAXSdb — 2z78

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Geranylgeranyl pyrophosphate synthetase

Saccharomyces cerevisiae

UniProt Q12051

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 2	3-(decyloxy)-5-(3,5-difluorophenyl)-1-(2,2-diphosphonoethyl)pyridinium × 2 water × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	GGPPS_YEAST
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 6–340； UniProt 1–335 作者链 B； PDB构建体 6–340； UniProt 1–335

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	2z78
沉积日期 deposition_date	2007-08-16
结构标题 title	S. cerevisiae geranylgeranyl pyrophosphate synthase in complex with BPH-806
关键词 keywords	;prenyltransferase, geranylgeranyl pyrophosphate, bisphosphonate, Carotenoid biosynthesis, Isoprene biosynthesis, Multifunctional enzyme, Protein transport, Transport, TRANSFERASE, TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR complex ;; TRANSFERASE/TRANSFERASE INHIBITOR
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

2z78__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

2z78__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

2z78__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	27.75 Å
Rg（电子密度）	26.88 Å
总 Rg	27.73 Å
原子数	5279
残基数	638
排除体积	95127 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`2z78__assembly_1__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Geranylgeranyl pyrophosphate synthetase
分子量 formula_weight	39299.1 kDa
EC 编号 ec_number	2.5.1.30, 2.5.1.1, 2.5.1.10, 2.5.1.29
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	5988

MTKNKMEAKIDELINNDPVWSSQNESLISKPYNHILLKPGKNFRLNLIVQINRVMNLPKDQLAIVSQIVELLHNSSLLIDDIEDNAPLRRGQTTSHLIFGVPSTINTANYMYFRAMQLVSQLTTKEPLYHNLITIFNEELINLHRGQGLDIYWRDFLPEIIPTQEMYLNMVMNKTGGLFRLTLRLMEALSPSSHHGHSLVPFINLLGIIYQIRDDYLNLKDFQMSSEKGFAEDITEGKLSFPIVHALNFTKTKGQTEQHNEILRILLLRTSDKDIKLKLIQILEFDTNSLAYTKNFINQLVNMIKNDNENKYLPDLASHSDTATNLHDELLYIIDHLSEL

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae
通用名 common_name	;Baker's yeast ;
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	4932
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	3-(decyloxy)-5-(3,5-difluorophenyl)-1-(2,2-diphosphonoethyl)pyridinium
分子量 formula_weight	536.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 3 Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	709

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	2z78A00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	600 — Farnesyl Diphosphate Synthase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Farnesyl Diphosphate Synthase

结构域编号 domain_id	2z78B00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	600 — Farnesyl Diphosphate Synthase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Farnesyl Diphosphate Synthase

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晶胞边长 a length_a	48.330 Å
晶胞边长 b length_b	116.639 Å
晶胞边长 c length_c	129.780 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.100 Å
最低分辨率 resolution_low	24.800 Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	0.1810
R_free r_free	0.2370

S. cerevisiae geranylgeranyl pyrophosphate synthase in complex with BPH-806

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Geranylgeranyl pyrophosphate synthetase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

2z78__assembly_1__model_1

2z78__assembly_1__model_1 | I(q)

2z78__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

7. 引用文献 (1)

S. cerevisiae geranylgeranyl pyrophosphate synthase in complex with BPH-806

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Geranylgeranyl pyrophosphate synthetase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

2z78__assembly_1__model_1

2z78__assembly_1__model_1 | I(q)

2z78__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

7. 引用文献 (1)