2zal

Crystal structure of E. coli isoaspartyl aminopeptidase/L-asparaginase in complex with L-aspartate

Method: X-RAY DIFFRACTION

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

L-asparaginase

Escherichia coli

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 4	SODIUM ION × 2 CALCIUM ION × 5 ASPARTIC ACID × 5 CHLORIDE ION × 1 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL × 2 water × 4	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	ASGX_ECOLI
Isoform	—
PDB实体	1, 2
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–160； UniProt 2–161 作者链 C； PDB构建体 1–160； UniProt 2–161 作者链 B； PDB构建体 1–137； UniProt 179–315 作者链 D； PDB构建体 1–137； UniProt 179–315

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

▼

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	2zal
沉积日期 deposition_date	2007-10-07
结构标题 title	Crystal structure of E. coli isoaspartyl aminopeptidase/L-asparaginase in complex with L-aspartate
关键词 keywords	isoaspartyl peptidase, asparaginase, Ntn-hydrolase, autoproteolysis, L-aspartate/calcium cluster, HYDROLASE; HYDROLASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

▼

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

2zal__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

2zal__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

2zal__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	24.27 Å
Rg（电子密度）	23.35 Å
总 Rg	24.18 Å
原子数	4328
残基数	586
排除体积	76915 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`2zal__assembly_1__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

▶

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

▶

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (8)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	L-asparaginase
分子量 formula_weight	17071.5 kDa
EC 编号 ec_number	3.4.19.5, 3.5.1.1
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,C
原子数 atom_count	4598

GKAVIAIHGGAGAISRAQMSLQQELRYIEALSAIVETGQKMLEAGESALDVVTEAVRLLEECPLFNAGIGAVFTRDETHELDACVMDGNTLKAGAVAGVSHLRNPVLAARLVMEQSPHVMMIGEGAENFAFARGMERVSPEIFSTSLRYEQLLAARKEGA

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	83333
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	L-asparaginase
分子量 formula_weight	13812.5 kDa
EC 编号 ec_number	3.4.19.5, 3.5.1.1
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,D

TVGAVALDLDGNLAAATSTGGMTNKLPGRVGDSPLVGAGCYANNASVAVSCTGTGEVFIRALAAYDIAALMDYGGLSLAEACERVVMEKLPALGGSGGLIAIDHEGNVALPFNTEGMYRAWGYAGDTPTTGIYREKG

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	83333
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	SODIUM ION
分子量 formula_weight	23.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	CALCIUM ION
分子量 formula_weight	40.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	5

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	ASPARTIC ACID
分子量 formula_weight	133.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	5

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	CHLORIDE ION
分子量 formula_weight	35.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 7 Entity 7 non-polymer

描述 description	2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL
分子量 formula_weight	122.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 8 Entity 8 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	248

▼

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	2zalB00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	60 — 4-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	20 — Glutamine Phosphoribosylpyrophosphate, subunit 1, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 — (Glycosyl)asparaginase

结构域编号 domain_id	2zalD00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	60 — 4-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	20 — Glutamine Phosphoribosylpyrophosphate, subunit 1, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 — (Glycosyl)asparaginase

▶

7. 引用文献 (9)

Crystal structure of isoaspartyl aminopeptidase in complex with L-aspartate

J.Biol.Chem. (2005)

PMID: 15946951 · DOI: 10.1074/jbc.M504501200 PRIMARY

Autoproteolytic activation of human aspartylglucosaminidase

Biochem.J. (2004)

PMID: 14616088 · DOI: 10.1042/BJ20031496

Structure of the isoaspartyl peptidase with L-asparaginase activity from Escherichia coli

Acta Crystallogr.,Sect.D (2004)

PMID: 15159592 · DOI: 10.1107/S0907444904003403

Crystallization and preliminary crystallographic studies of a new L-asparaginase encoded by the Escherichia coli genome

Acta Crystallogr.,Sect.D (2000)

PMID: 11053866 · DOI: 10.1107/S0907444900010076

Structural insights into the mechanism of intramolecular proteolysis

Cell(Cambridge,Mass.) (1999)

PMID: 10490104 · DOI: 10.1016/S0092-8674(00)80052-5

Crystal structure of glycosylasparaginase from Flavobacterium meningosepticum

Protein Sci. (1998)

PMID: 9541410

;Crystal structures of Flavobacterium glycosylasparaginase. An N-terminal nucleophile hydrolase activated by intramolecular proteolysis ;

J.Biol.Chem. (1998)

PMID: 9685368 · DOI: 10.1074/jbc.273.32.20205

A protein catalytic framework with an N-terminal nucleophile is capable of self-activation

Nature (1995)

PMID: 7477383 · DOI: 10.1038/378416a0

Three-dimensional structure of human lysosomal aspartylglucosaminidase

Nat.Struct.Biol. (1995)

PMID: 8846222 · DOI: 10.1038/nsb1295-1102

晶胞边长 a length_a	49.890 Å
晶胞边长 b length_b	77.280 Å
晶胞边长 c length_c	147.530 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.900 Å
最低分辨率 resolution_low	20.000 Å
R 因子 r_factor	0.1580
R_work r_work	0.1570
R_free r_free	0.1880

Crystal structure of E. coli isoaspartyl aminopeptidase/L-asparaginase in complex with L-aspartate

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

L-asparaginase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

2zal__assembly_1__model_1

2zal__assembly_1__model_1 | I(q)

2zal__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (8)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

实体 8 Entity 8 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

7. 引用文献 (9)

Crystal structure of E. coli isoaspartyl aminopeptidase/L-asparaginase in complex with L-aspartate

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

L-asparaginase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

2zal__assembly_1__model_1

2zal__assembly_1__model_1 | I(q)

2zal__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (8)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

实体 8 Entity 8 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

7. 引用文献 (9)