2zbp

Crystal structure of ribosomal protein L11 methyltransferase from Thermus thermophilus in complex with S-adenosyl-L-methionine

Method: X-RAY DIFFRACTION
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Ribosomal protein L11 methyltransferase

Thermus thermophilus

UniProt Q84BQ9

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白单体 单体 蛋白 1 S-ADENOSYLMETHIONINE × 1 water × 1 与蛋白数一致
2 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 2 S-ADENOSYLMETHIONINE × 2 water × 2 与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 PRMA_THET8
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–254; UniProt 1–254

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id2zbp
沉积日期 deposition_date2007-10-26
结构标题 titleCrystal structure of ribosomal protein L11 methyltransferase from Thermus thermophilus in complex with S-adenosyl-L-methionine
关键词 keywords;S-adenosyl-L-methionine, AdoMet, AdoMet-dependent methyltransferase fold, Structural Genomics, NPPSFA, National Project on Protein Structural and Functional Analyses, Cytoplasm, RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative, RSGI, TRANSFERASE ;; TRANSFERASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

2zbp__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

2zbp__assembly_1__model_1 | I(q)

10-2 10-1 105 106 107 q (1/Angstrom) I(q)
100 个绘图点;横轴和纵轴均采用对数尺度。

2zbp__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

新版 assembly/model P(r) 尚未计算 此处仅保留位置,不展示旧数据 r (Angstrom) P(r)
P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。
Rg(Guinier)23.47 Å
Rg(电子密度)23.37 Å
总 Rg23.83 Å
原子数1985
残基数254
排除体积35494 ų
最大 q0.500 Å⁻¹
Assembly Model 结构单元 聚集说明 状态 CRYSOL 操作
1 1 2zbp__assembly_1__model_1 monomeric (1) 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
2 1 2zbp__assembly_2__model_1 dimeric (2) 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

CATH v4.4 (3 domains)

结构域编号 domain_id2zbpA01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily1170 — Sun protein; domain 3
结构域编号 domain_id2zbpA02
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology5 — Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily1350 —
结构域编号 domain_id2zbpA03
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily150 — Vaccinia Virus protein VP39
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7. 引用文献 (1)