SAXSdb — 2zet

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Ras-related protein Rab-27B

Mus musculus

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Melanophilin × 1 （Q91V27） MAGNESIUM ION × 1 GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 ZINC ION × 2 SULFATE ION × 1 water × 2	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Melanophilin × 1 （Q91V27） MAGNESIUM ION × 1 GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 ZINC ION × 2 SULFATE ION × 1 water × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	RB27B_MOUSE
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 3–203； UniProt 1–201 作者链 B； PDB构建体 3–203； UniProt 1–201

Melanophilin

Mus musculus

UniProt Q91V27

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Ras-related protein Rab-27B × 1 （Q99P58） MAGNESIUM ION × 1 GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 ZINC ION × 2 SULFATE ION × 1 water × 2	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Ras-related protein Rab-27B × 1 （Q99P58） MAGNESIUM ION × 1 GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 ZINC ION × 2 SULFATE ION × 1 water × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	MELPH_MOUSE
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 8–153； UniProt 1–146 作者链 D； PDB构建体 8–153； UniProt 1–146

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	2zet
沉积日期 deposition_date	2007-12-17
结构标题 title	Crystal structure of the small GTPase Rab27B complexed with the Slp homology domain of Slac2-a/melanophilin
关键词 keywords	;COMPLEX, GTP-BINDING PROTEIN, GTPASE, G-PROTEIN, RAB, RAB27B, EFFECTOR, MELANOPHILIN, Slp homology domain, Acetylation, Lipoprotein, Membrane, Methylation, Nucleotide-binding, Prenylation, Coiled coil, Metal-binding, Zinc, Zinc-finger, Structural Genomics, NPPSFA, National Project on Protein Structural and Functional Analyses, RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative, RSGI, SIGNALING PROTEIN ;; SIGNALING PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

2zet__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

2zet__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

2zet__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	24.05 Å
Rg（电子密度）	23.29 Å
总 Rg	23.94 Å
原子数	2665
残基数	317
排除体积	47160 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`2zet__assembly_1__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`2zet__assembly_2__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Ras-related protein Rab-27B
分子量 formula_weight	23235.3 kDa
突变 mutation	Q78L
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	5297

GSMTDGDYDYLIKLLALGDSGVGKTTFLYRYTDNKFNPKFITTVGIDFREKRVVYDTQGADGASGKAFKVHLQLWDTAGLERFRSLTTAFFRDAMGFLLMFDLTSQQSFLNVRNWMSQLQANAYCENPDIVLIGNKADLPDQREVNERQARELAEKYGIPYFETSAATGQNVEKSVETLLDLIMKRMEKCVEKTQVPDTVNGG

来源 Source

来源生物 organism	Mus musculus
通用名 common_name	mouse
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Melanophilin
分子量 formula_weight	17722.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,D

GSSGSSGMGKRLDLSTLTDEEAEHVWAVVQRDFDLRRREEERLQGLKGKIQKESSKRELLSDTAHLNETHCARCLQPYRLLLNSRRQCLECSLFVCKSCSHAHPEEQGWLCDPCHLARVVKIGSLEWYYQHVRARFKRFGSAKVIRSLCGRLQ

来源 Source

来源生物 organism	Mus musculus
通用名 common_name	mouse
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
分子量 formula_weight	523.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	SULFATE ION
分子量 formula_weight	96.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 7 Entity 7 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	9

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_id	d2zeta_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.37 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
超家族 Superfamily superfamily	c.37.1 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
家族 Family family	c.37.1.8 — G proteins

结构域编号 domain_id	d2zetb_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.37 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
超家族 Superfamily superfamily	c.37.1 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
家族 Family family	c.37.1.8 — G proteins

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id	2zetA00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases

结构域编号 domain_id	2zetB00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases

结构域编号 domain_id	2zetC00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Herpes Virus-1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Zinc/RING finger domain, C3HC4 (zinc finger)

结构域编号 domain_id	2zetD00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Herpes Virus-1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Zinc/RING finger domain, C3HC4 (zinc finger)

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晶胞边长 a length_a	82.208 Å
晶胞边长 b length_b	82.208 Å
晶胞边长 c length_c	325.484 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	16

空间群 space_group	P 41 21 2
空间群编号 int_tables_number	92
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.000 Å
最低分辨率 resolution_low	45.280 Å
R 因子 r_factor	0.2470
R_work r_work	0.2470
R_free r_free	0.2960

Crystal structure of the small GTPase Rab27B complexed with the Slp homology domain of Slac2-a/melanophilin

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Ras-related protein Rab-27B

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Melanophilin

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

2zet__assembly_1__model_1

2zet__assembly_1__model_1 | I(q)

2zet__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

CATH v4.4 (4 domains)

7. 引用文献 (1)

Crystal structure of the small GTPase Rab27B complexed with the Slp homology domain of Slac2-a/melanophilin

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Ras-related protein Rab-27B

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Melanophilin

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

2zet__assembly_1__model_1

2zet__assembly_1__model_1 | I(q)

2zet__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

CATH v4.4 (4 domains)

7. 引用文献 (1)