SAXSdb — 2zjs

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Preprotein translocase SecY subunit

Thermus thermophilus

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Preprotein translocase SecE subunit × 1 （Q8KZP4） ZINC ION × 1	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	Preprotein translocase SecE subunit × 1 （Q8KZP4） Fab56 (heavy chain) × 1 Fab56 (light chain) × 1 ZINC ION × 2	与蛋白数一致
4	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	Preprotein translocase SecE subunit × 2 （Q8KZP4） ZINC ION × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q8KZP3_THETH
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 Y； PDB构建体 1–434； UniProt 1–434

Preprotein translocase SecE subunit

Thermus thermophilus

UniProt Q8KZP4

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Preprotein translocase SecY subunit × 1 （Q8KZP3） ZINC ION × 1	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	Preprotein translocase SecY subunit × 1 （Q8KZP3） Fab56 (heavy chain) × 1 Fab56 (light chain) × 1 ZINC ION × 2	与蛋白数一致
4	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	Preprotein translocase SecY subunit × 2 （Q8KZP3） ZINC ION × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q8KZP4_THETH
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 E； PDB构建体 1–60； UniProt 1–60

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	2zjs
沉积日期 deposition_date	2008-03-08
结构标题 title	Crystal Structure of SecYE translocon from Thermus thermophilus with a Fab fragment
关键词 keywords	;Translocon, Sec, Protein-conducting-channel, Membrane, Protein transport, Translocation, Transmembrane, Transport, PROTEIN TRANSPORT-IMMUNE SYSTEM COMPLEX ;; PROTEIN TRANSPORT/IMMUNE SYSTEM
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

2zjs__assembly_2__model_1

Assembly 2 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

2zjs__assembly_2__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

2zjs__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	25.78 Å
Rg（电子密度）	24.78 Å
总 Rg	25.64 Å
原子数	3335
残基数	434
排除体积	58785 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`2zjs__assembly_1__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`2zjs__assembly_2__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
3	1	`2zjs__assembly_3__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
4	1	`2zjs__assembly_4__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
5	1	`2zjs__assembly_5__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Preprotein translocase SecY subunit
分子量 formula_weight	47643.1 kDa
突变 mutation	L2V, R252G
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	Y
原子数 atom_count	6932

MVKAFWSALQIPELRQRVLFTLLVLAAYRLGAFIPTPGVDLDKIQEFLRTAQGGVFGIINLFSGGNFERFSIFALGIMPYITAAIIMQILVTVVPALEKLSKEGEEGRRIINQYTRIGGIALGAFQGFFLATAFLGAEGGRFLLPGWSPGPFFWFVVVVTQVAGIALLLWMAERITEYGIGNGTSLIIFAGIVVEWLPQILRTIGLIRTGEVNLVAFLFFLAFIVLAFAGMAAVQQAERRIPVQYARKVVGGRVYGGQATYIPIKLNAAGVIPIIFAAAILQIPIFLAAPFQDNPVLQGIANFFNPTRPSGLFIEVLLVILFTYVYTAVQFDPKRIAESLREYGGFIPGIRPGEPTVKFLEHIVSRLTLWGALFLGLVTLLPQIIQNLTGIHSIAFSGIGLLIVVGVALDTLRQVESQLMLRSYEGFLSRGRLR

来源 Source

来源生物 organism	Thermus thermophilus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	274
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Preprotein translocase SecE subunit
分子量 formula_weight	7072.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E

MFARLIRYFQEARAELARVTWPTREQVVEGTQAILLFTLAFMVILGLYDTVFRFLIGLLR

来源 Source

来源生物 organism	Thermus thermophilus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	274
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Fab56 (heavy chain)
分子量 formula_weight	23781.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	H

QVQLQQSGAELMKPGASVKISCKATGYTFSSYWIAWVKQRPGHGLEWIGEILPGSGSTNYNEKFKGKATFTADTSSNTAYMQLSSLTSEDSAVYYCARSPYYYGNWDYWGQGTTLTVSSAKTTPPSVYPLAPGSAAQTNSMVTLGCLVKGYFPEPVTVTWNSGSLSSGVHTFPAVLQSDLYTLSSSVTVPSSTWPSETVTCNVAHPASSTKVDKKIVPRDC

来源 Source

来源生物 organism	Mus musculus
通用名 common_name	mouse
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	Fab56 (light chain)
分子量 formula_weight	23736.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	L

DIQMTQTTSSLSASLGDRVTISCRASQDISNYLNWYQQKPDGTVKLLIYYTSRLHSGVPSRFSGSGSGTDYSLTISNLEQEDIATYFCQQGNTLPWTFGGGTKLEIKRADAAPTVSIFPPSSEQLTSGGASVVCFLNNFYPKDINVKWKIDGSERQNGVLNSWTDQDSKDSTYSMSSTLTLTKDEYERHNSYTCEATHKTSTSPIVKSFNRNEC

来源 Source

来源生物 organism	Mus musculus
通用名 common_name	mouse
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_id	d2zjsh1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family family	b.1.1.2 — C1 set domains (antibody constant domain-like)

结构域编号 domain_id	d2zjsh2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

CATH v4.4 (6 domains)

结构域编号 domain_id	2zjsE00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	5 — Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1030 — Preprotein translocase secy subunit

结构域编号 domain_id	2zjsH01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	2zjsH02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	2zjsL01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	2zjsL02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	2zjsY00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	3370 — Preprotein translocase SecY subunit
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — SecY subunit domain

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晶胞边长 a length_a	189.096 Å
晶胞边长 b length_b	103.073 Å
晶胞边长 c length_c	78.005 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	105.18 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	C 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.200 Å
最低分辨率 resolution_low	48.430 Å
R 因子 r_factor	0.2460
R_work r_work	0.2442
R_free r_free	0.2798

Crystal Structure of SecYE translocon from Thermus thermophilus with a Fab fragment

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Preprotein translocase SecY subunit

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Preprotein translocase SecE subunit

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

2zjs__assembly_2__model_1

2zjs__assembly_2__model_1 | I(q)

2zjs__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 5 Entity 5 non-polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

CATH v4.4 (6 domains)

7. 引用文献 (1)

Crystal Structure of SecYE translocon from Thermus thermophilus with a Fab fragment

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Preprotein translocase SecY subunit

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Preprotein translocase SecE subunit

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

2zjs__assembly_2__model_1

2zjs__assembly_2__model_1 | I(q)

2zjs__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 5 Entity 5 non-polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

CATH v4.4 (6 domains)

7. 引用文献 (1)