SAXSdb — 2zkm

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

1-phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate phosphodiesterase beta-2

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 X； UniProt 1–799	片段：residues 1-799 (PH-C2 domains)	CA CALCIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；291 K；16%(v/v) isopropanol, 2%(v/v) dioxane, 100mM Tris , pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, sitting drop, temperature 291K	分辨率 1.62 Å R-free 0.213

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 2ZKM	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
2FJU Activated Rac1 bound to its effector phospholipase C beta 2 提交 2006-01-03	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1–799（799 aa）片段：residues 1-799	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1 GSP 5'-GUANOSINE-DIPHOSPHATE-MONOTHIOPHOSPHATE × 1 CA CALCIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；291 K；8% PEG 3350, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K	分辨率 2.20 Å R-free 0.226

共 1 个其他 PDB 条目、1 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	PLCB2_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 X； PDB构建体 1–799； UniProt 1–799

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	2zkm
沉积日期 deposition_date	2008-03-26
结构标题 title	Crystal Structure of Phospholipase C Beta 2
关键词 keywords	;phospholipase C, phosphoinositide phospholipase, PLC-Beta-2, Calcium, Coiled coil, Hydrolase, Lipid degradation, Metal-binding, Transducer ;; HYDROLASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	28.51 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	27.59 Å
零角强度 I(0) i0	101567000.00
分子量 molecular_weight	81153.0 kDa
排除体积 excluded_volume	102380 Å³
包络体积 envelope_volume	123320 Å³
水化壳体积 shell_volume	36317 Å³
包络直径 envelope_diameter	89.6 Å
壳层 Rg shell_rg	35.71 Å
包络 Rg envelope_rg	27.84 Å
形状 Rg shape_rg	27.59 Å
总 Rg total_rg	28.39 Å
总原子数 total_atoms	5705
残基数 n_residues	708
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	88.4 Å
Rg (实空间) rg_real	28.40 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.37 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.0160e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.2600e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	28.44 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	101600000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9059
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	33.1 Å
偏度 Skewness skewness	0.231
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.516
角度范围 angular_range	— – 0.2800 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0001
最高正则化参数 α highest_alpha	21930000.0000
实空间数据点数 n_real_points	57
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.948; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 1.000; Smooth: 0.928

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	1-phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate phosphodiesterase beta-2
分子量 formula_weight	91033.9 kDa
EC 编号 ec_number	3.1.4.11
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	X
原子数 atom_count	6397

MSLLNPVLLPPKVKAYLSQGERFIKWDDETTVASPVILRVDPKGYYLYWTYQSKEMEFLDITSIRDTRFGKFAKMPKSQKLRDVFNMDFPDNSFLLKTLTVVSGPDMVDLTFHNFVSYKENVGKAWAEDVLALVKHPLTANASRSTFLDKILVKLKMQLNSEGKIPVKNFFQMFPADRKRVEAALSACHLPKGKNDAINPEDFPEPVYKSFLMSLCPRPEIDEIFTSYHAKAKPYMTKEHLTKFINQKQRDSRLNSLLFPPARPDQVQGLIDKYEPSGINAQRGQLSPEGMVWFLCGPENSVLAQDKLLLHHDMTQPLNHYFINSSHNTYLTAGQFSGLSSAEMYRQVLLSGCRCVELDCWKGKPPDEEPIITHGFTMTTDIFFKEAIEAIAESAFKTSPYPIILSFENHVDSPRQQAKMAEYCRTIFGDMLLTEPLEKFPLKPGVPLPSPEDLRGKILIKNKKNQFSGPTSSSKDTGGEAEGSSPPSAPAVWAGEEGTELEEEEVEEEEEEESGNLDEEEIKKMQSDEGTAGLEVTAYEEMSSLVNYIQPTKFVSFEFSAQKNRSYVISSFTELKAYDLLSKASVQFVDYNKRQMSRIYPKGTRMDSSNYMPQMFWNAGCQMVALNFQTMDLPMQQNMAVFEFNGQSGYLLKHEFMRRPDKQFNPFSVDRIDVVVATTLSITVISGQFLSERSVRTYVEVELFGLPGDPKRRYRTKLSPSTNSINPVWKEEPFVFEKILMPELASLRVAVMEEGNKFLGHRIIPINALNSGYHHLCLHSESNMPLTMPALFIFLEMKD

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Spodoptera frugiperda

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	CALCIUM ION
分子量 formula_weight	40.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 3 Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	692

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

结构域编号 domain_id	d2zkmx1
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.39 — EF Hand-like
超家族 Superfamily superfamily	a.39.1 — EF-hand
家族 Family family	a.39.1.7 — EF-hand modules in multidomain proteins

结构域编号 domain_id	d2zkmx2
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.7 — C2 domain-like
超家族 Superfamily superfamily	b.7.1 — C2 domain (Calcium/lipid-binding domain, CaLB)
家族 Family family	b.7.1.1 — PLC-like (P variant)

结构域编号 domain_id	d2zkmx3
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.55 — PH domain-like barrel
超家族 Superfamily superfamily	b.55.1 — PH domain-like
家族 Family family	b.55.1.1 — Pleckstrin-homology domain (PH domain)

结构域编号 domain_id	d2zkmx4
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.1 — TIM beta/alpha-barrel
超家族 Superfamily superfamily	c.1.18 — PLC-like phosphodiesterases
家族 Family family	c.1.18.1 — Mammalian PLC

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id	2zkmX01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	30 — Roll
拓扑 Topology topology	29 — PH-domain like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	240 —

结构域编号 domain_id	2zkmX02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	238 — Recoverin; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — EF-hand

结构域编号 domain_id	2zkmX03
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	20 — Alpha-Beta Barrel
拓扑 Topology topology	20 — TIM Barrel
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	190 — Phosphatidylinositol (PI) phosphodiesterase

结构域编号 domain_id	2zkmX04
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	150 — C2 domain

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8. 引用文献 (2)

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晶胞边长 a length_a	80.404 Å
晶胞边长 b length_b	86.379 Å
晶胞边长 c length_c	147.447 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.620 Å
最低分辨率 resolution_low	19.450 Å
R 因子 r_factor	0.1970
R_work r_work	0.1960
R_free r_free	0.2130

fit	/app/data/saxs_computation/zk/2zkm/2zkm.fit
pddf	/app/data/pr_computation/zk/2zkm/2zkm.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/zk/2zkm/2zkm.dat

Crystal Structure of Phospholipase C Beta 2

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

1-phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate phosphodiesterase beta-2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction