2zme

Integrated structural and functional model of the human ESCRT-II complex

Method: X-RAY DIFFRACTION
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Vacuolar-sorting protein SNF8

Homo sapiens

UniProt Q96H20

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 4 Vacuolar protein-sorting-associated protein 36 × 1 (Q86VN1) Vacuolar protein-sorting-associated protein 25 × 2 (Q9BRG1) water × 4 与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 SNF8_HUMAN
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–258; UniProt 1–258

Vacuolar protein-sorting-associated protein 36

Homo sapiens

UniProt Q86VN1

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 4 Vacuolar-sorting protein SNF8 × 1 (Q96H20) Vacuolar protein-sorting-associated protein 25 × 2 (Q9BRG1) water × 4 与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 VPS36_HUMAN
Isoform —
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 B; PDB构建体 1–238; UniProt 149–386

Vacuolar protein-sorting-associated protein 25

Homo sapiens

UniProt Q9BRG1

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 4 Vacuolar-sorting protein SNF8 × 1 (Q96H20) Vacuolar protein-sorting-associated protein 36 × 1 (Q86VN1) water × 4 与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 VPS25_HUMAN
Isoform —
PDB实体 3
链与序列区间 作者链 C; PDB构建体 1–102; UniProt 1–102 作者链 D; PDB构建体 1–102; UniProt 1–102

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id2zme
沉积日期 deposition_date2008-04-17
结构标题 titleIntegrated structural and functional model of the human ESCRT-II complex
关键词 keywordsESCRT, Sorting, MBV, vps, Nucleus, Protein transport, Transcription, Transcription regulation, Transport, Endosome, Lipid-binding; PROTEIN TRANSPORT
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

2zme__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

2zme__assembly_1__model_1 | I(q)

10-2 10-1 106 107 q (1/Angstrom) I(q)
100 个绘图点;横轴和纵轴均采用对数尺度。

2zme__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

新版 assembly/model P(r) 尚未计算 此处仅保留位置,不展示旧数据 r (Angstrom) P(r)
P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。
Rg(Guinier)30.67 Å
Rg(电子密度)30.01 Å
总 Rg30.75 Å
原子数5055
残基数628
排除体积91098 ų
最大 q0.500 Å⁻¹
Assembly Model 结构单元 聚集说明 状态 CRYSOL 操作
1 1 2zme__assembly_1__model_1 tetrameric (4) 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 9 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_idd2zmea1
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.4 — DNA/RNA-binding 3-helical bundle
超家族 Superfamily superfamilya.4.5 — 'Winged helix' DNA-binding domain
家族 Family familya.4.5.0 — automated matches
结构域编号 domain_idd2zmea2
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.4 — DNA/RNA-binding 3-helical bundle
超家族 Superfamily superfamilya.4.5 — 'Winged helix' DNA-binding domain
家族 Family familya.4.5.0 — automated matches

CATH v4.4 (7 domains)

结构域编号 domain_id2zmeA02
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology10 — Arc Repressor Mutant, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain
结构域编号 domain_id2zmeA03
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology10 — Arc Repressor Mutant, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain
结构域编号 domain_id2zmeB01
类 Class class6 — Special
架构 Architecture architecture10 — Helix non-globular
拓扑 Topology topology140 — Helix Hairpins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily260 —
结构域编号 domain_id2zmeB02
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology10 — Arc Repressor Mutant, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain
结构域编号 domain_id2zmeB03
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology10 — Arc Repressor Mutant, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain
结构域编号 domain_id2zmeC00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology10 — Arc Repressor Mutant, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily570 — "Winged helix" DNA-binding domain. Chain C. Domain 1
结构域编号 domain_id2zmeD00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology10 — Arc Repressor Mutant, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily570 — "Winged helix" DNA-binding domain. Chain C. Domain 1
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7. 引用文献 (1)