2zsu

Crystal structure of spermidine synthase from Pyrococcus horikoshii OT3, P1 form

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

spermidine synthase

Pyrococcus horikoshii

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 2	1-{4-[(3-aminopropyl)amino]butyl}guanidine × 1 water × 2	与蛋白数一致
2	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 2	1-{4-[(3-aminopropyl)amino]butyl}guanidine × 1 water × 2	与蛋白数一致
3	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 2	1-{4-[(3-aminopropyl)amino]butyl}guanidine × 1 water × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	SPEE_PYRHO
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–280； UniProt 1–280 作者链 B； PDB构建体 1–280； UniProt 1–280 作者链 C； PDB构建体 1–280； UniProt 1–280 作者链 D； PDB构建体 1–280； UniProt 1–280 作者链 E； PDB构建体 1–280； UniProt 1–280 作者链 F； PDB构建体 1–280； UniProt 1–280

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	2zsu
沉积日期 deposition_date	2008-09-17
结构标题 title	Crystal structure of spermidine synthase from Pyrococcus horikoshii OT3, P1 form
关键词 keywords	spermidine synthase, aminopropylagmatine, Polyamine biosynthesis, Spermidine biosynthesis, Transferase; TRANSFERASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

2zsu__assembly_2__model_1

Assembly 2 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

2zsu__assembly_2__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

2zsu__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	25.81 Å
Rg（电子密度）	24.62 Å
总 Rg	25.73 Å
原子数	4407
残基数	544
排除体积	79559 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`2zsu__assembly_1__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`2zsu__assembly_2__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
3	1	`2zsu__assembly_3__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	spermidine synthase
分子量 formula_weight	32010.8 kDa
EC 编号 ec_number	2.5.1.16
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	6

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D,E,F
原子数 atom_count	14310

MRDMEFIEWYPRGYGVAFKVKRKILEEQSEYQKIEVYETEGFGKLLAIDGTVQLVTEGEKSYHEPLVHPAMLAHPNPRRVLIIGGGDGGAIREVLKHEEVEEVIMVEIDKKVIEISAKYIGIDGGILEKMLSDKHEKGKLIIGDGVKFIEENSGFDVIIVDSTDPVGPAEMLFSEEFYKNAYRALNDPGIYVTQAGSVYLFTDEFLTAYRKMRKVFDKVYYYSFPVIGYASPWAFLVGVKGSIDFMKVDAEKGKKLGLEYYDPDKHETLFQMPRYIVQML

来源 Source

来源生物 organism	Pyrococcus horikoshii
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	53953
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	1-{4-[(3-aminopropyl)amino]butyl}guanidine
分子量 formula_weight	187.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

实体 3 Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	930

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 18 domains

SCOP 2.08 (6 domains)

结构域编号 domain_id	d2zsua_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.66 — S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferases
超家族 Superfamily superfamily	c.66.1 — S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferases
家族 Family family	c.66.1.17 — Spermidine synthase

结构域编号 domain_id	d2zsub_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.66 — S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferases
超家族 Superfamily superfamily	c.66.1 — S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferases
家族 Family family	c.66.1.17 — Spermidine synthase

结构域编号 domain_id	d2zsuc_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.66 — S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferases
超家族 Superfamily superfamily	c.66.1 — S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferases
家族 Family family	c.66.1.17 — Spermidine synthase

结构域编号 domain_id	d2zsud_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.66 — S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferases
超家族 Superfamily superfamily	c.66.1 — S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferases
家族 Family family	c.66.1.17 — Spermidine synthase

结构域编号 domain_id	d2zsue_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.66 — S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferases
超家族 Superfamily superfamily	c.66.1 — S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferases
家族 Family family	c.66.1.17 — Spermidine synthase

结构域编号 domain_id	d2zsuf_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.66 — S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferases
超家族 Superfamily superfamily	c.66.1 — S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferases
家族 Family family	c.66.1.17 — Spermidine synthase

CATH v4.4 (12 domains)

结构域编号 domain_id	2zsuA01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	30 — Roll
拓扑 Topology topology	140 — Spermidine Synthase; Chain: A, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Spermidine synthase, tetramerisation domain

结构域编号 domain_id	2zsuA02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	150 — Vaccinia Virus protein VP39

结构域编号 domain_id	2zsuB01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	30 — Roll
拓扑 Topology topology	140 — Spermidine Synthase; Chain: A, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Spermidine synthase, tetramerisation domain

结构域编号 domain_id	2zsuB02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	150 — Vaccinia Virus protein VP39

结构域编号 domain_id	2zsuC01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	30 — Roll
拓扑 Topology topology	140 — Spermidine Synthase; Chain: A, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Spermidine synthase, tetramerisation domain

结构域编号 domain_id	2zsuC02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	150 — Vaccinia Virus protein VP39

结构域编号 domain_id	2zsuD01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	30 — Roll
拓扑 Topology topology	140 — Spermidine Synthase; Chain: A, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Spermidine synthase, tetramerisation domain

结构域编号 domain_id	2zsuD02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	150 — Vaccinia Virus protein VP39

结构域编号 domain_id	2zsuE01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	30 — Roll
拓扑 Topology topology	140 — Spermidine Synthase; Chain: A, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Spermidine synthase, tetramerisation domain

结构域编号 domain_id	2zsuE02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	150 — Vaccinia Virus protein VP39

结构域编号 domain_id	2zsuF01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	30 — Roll
拓扑 Topology topology	140 — Spermidine Synthase; Chain: A, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Spermidine synthase, tetramerisation domain

结构域编号 domain_id	2zsuF02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	150 — Vaccinia Virus protein VP39

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晶胞边长 a length_a	67.617 Å
晶胞边长 b length_b	81.842 Å
晶胞边长 c length_c	96.653 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	99.81 °
晶胞夹角 β angle_beta	103.13 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	107.85 °
晶胞分子数 Z z_pdb	6

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.200 Å
最低分辨率 resolution_low	27.920 Å
R 因子 r_factor	0.2070
R_work r_work	0.2070
R_free r_free	0.2480

Crystal structure of spermidine synthase from Pyrococcus horikoshii OT3, P1 form

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

spermidine synthase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

2zsu__assembly_2__model_1

2zsu__assembly_2__model_1 | I(q)

2zsu__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 18 domains

SCOP 2.08 (6 domains)

CATH v4.4 (12 domains)

7. 引用文献 (1)

Crystal structure of spermidine synthase from Pyrococcus horikoshii OT3, P1 form

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

spermidine synthase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

2zsu__assembly_2__model_1

2zsu__assembly_2__model_1 | I(q)

2zsu__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 18 domains

SCOP 2.08 (6 domains)

CATH v4.4 (12 domains)

7. 引用文献 (1)