2zxe

Crystal structure of the sodium - potassium pump in the E2.2K+.Pi state

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Na, K-ATPase alpha subunit

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	其他组合	异源复合物	蛋白 3 其他聚合物 1	Na+,K+-ATPase beta subunit × 1 Phospholemman-like protein × 1 （Q70Q12） 2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 TETRAFLUOROMAGNESATE(2-) × 1 MAGNESIUM ION × 1 POTASSIUM ION × 3 CHOLESTEROL × 1 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 water × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q4H132_SQUAC
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–1028； UniProt 1–1028

Phospholemman-like protein

物种未注明

UniProt Q70Q12

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	其他组合	异源复合物	蛋白 3 其他聚合物 1	Na, K-ATPase alpha subunit × 1 （Q4H132） Na+,K+-ATPase beta subunit × 1 2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 TETRAFLUOROMAGNESATE(2-) × 1 MAGNESIUM ION × 1 POTASSIUM ION × 3 CHOLESTEROL × 1 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 water × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q70Q12_SQUAC
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 G； PDB构建体 1–74； UniProt 21–94

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	2zxe
沉积日期 deposition_date	2008-12-22
结构标题 title	Crystal structure of the sodium - potassium pump in the E2.2K+.Pi state
关键词 keywords	;membrane protein, ion pump, ATPase, K+ binding, Haloacid dehydrogenease superfamily, phosphate analogue, ATP-binding, Hydrolase, Ion transport, Nucleotide-binding, Phosphoprotein, HYDROLASE-TRANSPORT PROTEIN COMPLEX ;; HYDROLASE/TRANSPORT PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

2zxe__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

2zxe__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

2zxe__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	46.94 Å
Rg（电子密度）	47.10 Å
总 Rg	46.86 Å
原子数	10210
残基数	1296
排除体积	183490 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`2zxe__assembly_1__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (10)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Na, K-ATPase alpha subunit
分子量 formula_weight	113309.9 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	10340

MGKGTASDKYEPAATSENATKSKKKGKKDKIDKKRDLDELKKEVSMDDHKLSLDELHNKYGTDLTRGLTNARAKEILARDGPNSLTPPPTTPEWIKFCRQLFGGFSILLWIGAILCFLAYGIQAATEDEPANDNLYLGVVLSTVVIVTGCFSYYQEAKSSRIMDSFKNMVPQQALVIRDGEKSTINAEFVVAGDLVEVKGGDRIPADLRIISAHGCKVDNSSLTGESEPQTRSPEFSSENPLETRNIAFFSTNCVEGTARGVVVYTGDRTVMGRIATLASGLEVGRTPIAIEIEHFIHIITGVAVFLGVSFFILSLILGYSWLEAVIFLIGIIVANVPEGLLATVTVCLTLTAKRMARKNCLVKNLEAVETLGSTSTICSDKTGTLTQNRMTVAHMWFDNQIHEADTTENQSGAAFDKTSATWSALSRIAALCNRAVFQAGQDNVPILKRSVAGDASESALLKCIELCCGSVQGMRDRNPKIVEIPFNSTNKYQLSIHENEKSSESRYLLVMKGAPERILDRCSTILLNGAEEPLKEDMKEAFQNAYLELGGLGERVLGFCHFALPEDKYNEGYPFDADEPNFPTTDLCFVGLMAMIDPPRAAVPDAVGKCRSAGIKVIMVTGDHPITAKAIAKGVGIISEGNETIEDIAARLNIPIGQVNPRDAKACVVHGSDLKDLSTEVLDDILHYHTEIVFARTSPQQKLIIVEGCQRQGAIVAVTGDGVNDSPALKKADIGVAMGISGSDVSKQAADMILLDDNFASIVTGVEEGRLIFDNLKKSIAYTLTSNIPEITPFLVFIIGNVPLPLGTVTILCIDLGTDMVPAISLAYEQAESDIMKRQPRNPKTDKLVNERLISMAYGQIGMIQALGGFFSYFVILAENGFLPMDLIGKRVRWDDRWISDVEDSFGQQWTYEQRKIVEFTCHTSFFISIVVVQWADLIICKTRRNSIFQQGMKNKILIFGLFEETALAAFLSYCPGTDVALRMYPLKPSWWFCAFPYSLIIFLYDEMRRFIIRRSPGGWVEQETYY

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Na+,K+-ATPase beta subunit
分子量 formula_weight	35176.1 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

MARGKSKETDGGWKKFLWDSEKKEFLGRTGSSWFKIFLFYLIFYGCLAGIFIGTIQVLLLTLSDFEPKYQDRVAPPGLSHAPYAIKTEISFSISNPKSYESFVKSMHKLMDLYNESSQAGNSPFEDCSDTPADYIKRGDLDDSQGQKKACRFSRMWLKNCSGLDDTTYGYAEGKPCVVAKLNRIIGFYPKPLKNTTDLPEELQANYNQYVLPLRCAAKREEDREKIGSIEYFGLGGYAGFPLQYYPYYGKRLQKKYLQPLLAIQFTNLTQNMELRIECKVYGENIDYSEKDRFRGRFEVKIEVKS

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Phospholemman-like protein
分子量 formula_weight	8225.4 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	G

MDPEGPDNDERFTYDYYRLRVVGLIVAAVLCVIGIIILLAGKCRCKFNQNKRTRSNSGTATAQHLLQPGEATEC

实体 4 Entity 4 branched

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	424.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	TETRAFLUOROMAGNESATE(2-)
分子量 formula_weight	100.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 7 Entity 7 non-polymer

描述 description	POTASSIUM ION
分子量 formula_weight	39.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

实体 8 Entity 8 non-polymer

描述 description	CHOLESTEROL
分子量 formula_weight	386.7 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 9 Entity 9 non-polymer

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	221.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

实体 10 Entity 10 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	130

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 13 domains

SCOP 2.08 (7 domains)

结构域编号 domain_id	d2zxea1
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.220 — Metal cation-transporting ATPase, ATP-binding domain N
超家族 Superfamily superfamily	d.220.1 — Metal cation-transporting ATPase, ATP-binding domain N
家族 Family family	d.220.1.1 — Metal cation-transporting ATPase, ATP-binding domain N

结构域编号 domain_id	d2zxea2
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.108 — HAD-like
超家族 Superfamily superfamily	c.108.1 — HAD-like
家族 Family family	c.108.1.7 — Meta-cation ATPase, catalytic domain P

结构域编号 domain_id	d2zxea3
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.82 — Double-stranded beta-helix
超家族 Superfamily superfamily	b.82.7 — Metal cation-transporting ATPase, actuator domain A
家族 Family family	b.82.7.1 — Metal cation-transporting ATPase, actuator domain A

结构域编号 domain_id	d2zxea4
类 Class class	f — Membrane and cell surface proteins and peptides
折叠类型 Fold fold	f.33 — Metal cation-transporting ATPase, transmembrane domain
超家族 Superfamily superfamily	f.33.1 — Metal cation-transporting ATPase, transmembrane domain
家族 Family family	f.33.1.1 — Metal cation-transporting ATPase, transmembrane domain

结构域编号 domain_id	d2zxeb1
类 Class class	f — Membrane and cell surface proteins and peptides
折叠类型 Fold fold	f.23 — Single transmembrane helix
超家族 Superfamily superfamily	f.23.42 — Sodium/potassium-transporting ATPase, beta subunit transmembrane helix
家族 Family family	f.23.42.1 — Sodium/potassium-transporting ATPase, beta subunit transmembrane helix

结构域编号 domain_id	d2zxeb2
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.32 — Sodium/potassium-transporting ATPase, beta subunit extracellular domain
家族 Family family	b.1.32.1 — Sodium/potassium-transporting ATPase, beta subunit extracellular domain

结构域编号 domain_id	d2zxeg_
类 Class class	f — Membrane and cell surface proteins and peptides
折叠类型 Fold fold	f.23 — Single transmembrane helix
超家族 Superfamily superfamily	f.23.43 — ATP1G1/PLM/MAT8-like (FXYD-like)
家族 Family family	f.23.43.1 — ATP1G1/PLM/MAT8-like (FXYD-like)

CATH v4.4 (6 domains)

结构域编号 domain_id	2zxeA01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	70 — Distorted Sandwich
拓扑 Topology topology	150 — Calcium-transporting ATPase, cytoplasmic transduction domain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Calcium-transporting ATPase, cytoplasmic transduction domain A

结构域编号 domain_id	2zxeA02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	1110 — Calcium-transporting ATPase, transmembrane domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Calcium-transporting ATPase, transmembrane domain

结构域编号 domain_id	2zxeA03
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1000 — HAD superfamily/HAD-like

结构域编号 domain_id	2zxeA04
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	1110 — Calcium-transporting ATPase, cytoplasmic domain N
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Calcium-transporting ATPase, cytoplasmic domain N

结构域编号 domain_id	2zxeB01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	5 — Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	170 —

结构域编号 domain_id	2zxeB02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1660 — Na, k-atpase alpha subunit.

▶

晶胞边长 a length_a	223.815 Å
晶胞边长 b length_b	50.914 Å
晶胞边长 c length_c	163.786 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	105.12 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	C 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.400 Å
最低分辨率 resolution_low	15.000 Å
R 因子 r_factor	0.2477
R_work r_work	0.2464
R_free r_free	0.2712

Crystal structure of the sodium - potassium pump in the E2.2K+.Pi state

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Na, K-ATPase alpha subunit

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Phospholemman-like protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

2zxe__assembly_1__model_1

2zxe__assembly_1__model_1 | I(q)

2zxe__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (10)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 branched

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

实体 8 Entity 8 non-polymer

实体 9 Entity 9 non-polymer

实体 10 Entity 10 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 13 domains

SCOP 2.08 (7 domains)

CATH v4.4 (6 domains)

7. 引用文献 (1)

Crystal structure of the sodium - potassium pump in the E2.2K+.Pi state

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Na, K-ATPase alpha subunit

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Phospholemman-like protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

2zxe__assembly_1__model_1

2zxe__assembly_1__model_1 | I(q)

2zxe__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (10)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 branched

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

实体 8 Entity 8 non-polymer

实体 9 Entity 9 non-polymer

实体 10 Entity 10 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 13 domains

SCOP 2.08 (7 domains)

CATH v4.4 (6 domains)

7. 引用文献 (1)