SAXSdb — 2zxm

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Vitamin D3 receptor

Rattus norvegicus

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白单体	单体	蛋白 1	;(1R,3S,5Z)-5-[(2E)-2-[(1R,3aS,7aR)-1-[(2R,3S)-3-(2-hydroxyethyl)heptan-2-yl]-7a-methyl-2,3,3a,5,6,7-hexahydro-1H-inden-4-ylidene]ethylidene]-4-methylidene-cyclohexane-1,3-diol ; × 1 water × 1	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 1 × 1 （A1L0Z0） ;(1R,3S,5Z)-5-[(2E)-2-[(1R,3aS,7aR)-1-[(2R,3S)-3-(2-hydroxyethyl)heptan-2-yl]-7a-methyl-2,3,3a,5,6,7-hexahydro-1H-inden-4-ylidene]ethylidene]-4-methylidene-cyclohexane-1,3-diol ; × 1 water × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	VDR_RAT
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 11–271； UniProt 116–423

Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 1

物种未注明

UniProt A1L0Z0

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
2	蛋白单体	单体	蛋白 1	water × 1	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Vitamin D3 receptor × 1 （P13053） ;(1R,3S,5Z)-5-[(2E)-2-[(1R,3aS,7aR)-1-[(2R,3S)-3-(2-hydroxyethyl)heptan-2-yl]-7a-methyl-2,3,3a,5,6,7-hexahydro-1H-inden-4-ylidene]ethylidene]-4-methylidene-cyclohexane-1,3-diol ; × 1 water × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	MED1_XENTR
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 1–13； UniProt 624–636

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	2zxm
沉积日期 deposition_date	2009-01-04
结构标题 title	A New Class of Vitamin D Receptor Ligands that Induce Structural Rearrangement of the Ligand-binding Pocket
关键词 keywords	;Nuclear receptor-antagonist complex, TRANSCRIPTION, DNA-binding, Metal-binding, Nucleus, Phosphoprotein, Receptor, Transcription regulation, Zinc, Zinc-finger, Activator ;; TRANSCRIPTION
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

2zxm__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

2zxm__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

2zxm__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	19.14 Å
Rg（电子密度）	17.87 Å
总 Rg	18.89 Å
原子数	1955
残基数	240
排除体积	35179 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`2zxm__assembly_1__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`2zxm__assembly_2__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
3	1	`2zxm__assembly_3__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Vitamin D3 receptor
分子量 formula_weight	30595.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	2053

GSHMGSPNSPLKDSLRPKLSEEQQHIIAILLDAHHKTYDPTYADFRDFRPPVRMDGSTGSVTLDLSPLSMLPHLADLVSYSIQKVIGFAKMIPGFRDLTSDDQIVLLKSSAIEVIMLRSNQSFTMDDMSWDCGSQDYKYDVTDVSKAGHTLELIEPLIKFQVGLKKLNLHEEEHVLLMAICIVSPDRPGVQDAKLVEAIQDRLSNTLQTYIRCRHPPPGSHQLYAKMIQKLADLRSLNEEHSKQYRSLSFQPENSMKLTPLVLEVFGNEIS

来源 Source

来源生物 organism	Rattus norvegicus
通用名 common_name	Rat
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10116
宿主生物 host_organism	ESCHERICHIA COLI

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 1
分子量 formula_weight	1570.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

KNHPMLMNLLKDN

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	;(1R,3S,5Z)-5-[(2E)-2-[(1R,3aS,7aR)-1-[(2R,3S)-3-(2-hydroxyethyl)heptan-2-yl]-7a-methyl-2,3,3a,5,6,7-hexahydro-1H-inden-4-ylidene]ethylidene]-4-methylidene-cyclohexane-1,3-diol ;
分子量 formula_weight	430.7 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	7

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 1 domains

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id	2zxmA00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	565 — Retinoid X Receptor
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Retinoid X Receptor

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晶胞边长 a length_a	153.252 Å
晶胞边长 b length_b	43.424 Å
晶胞边长 c length_c	42.369 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	95.97 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	C 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.010 Å
最低分辨率 resolution_low	38.620 Å
R 因子 r_factor	0.2260
R_work r_work	0.2260
R_free r_free	0.2950

A New Class of Vitamin D Receptor Ligands that Induce Structural Rearrangement of the Ligand-binding Pocket

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Vitamin D3 receptor

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

2zxm__assembly_1__model_1

2zxm__assembly_1__model_1 | I(q)

2zxm__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 1 domains

CATH v4.4 (1 domains)

7. 引用文献 (1)

A New Class of Vitamin D Receptor Ligands that Induce Structural Rearrangement of the Ligand-binding Pocket

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Vitamin D3 receptor

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

2zxm__assembly_1__model_1

2zxm__assembly_1__model_1 | I(q)

2zxm__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 1 domains

CATH v4.4 (1 domains)

7. 引用文献 (1)