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2zxq

Crystal structure of endo-alpha-N-acetylgalactosaminidase from Bifidobacterium longum (EngBF)

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 121.0 Å Quality: GOOD
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Endo-alpha-N-acetylgalactosaminidase

Bifidobacterium longum

UniProt Q3T552

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 340–1694 片段：residues 340-1694 MN MANGANESE (II) ION × 4 MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 3 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.9；293 K；0.1M MES-NaOH, 3% PEG 20000, 25% MPD, 0.2M NaCl, 0.01M MnCl2, pH 6.9, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K 分辨率 2.00 Å R-free 0.196

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 2ZXQ Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
6SH9 EngBF DARPin Fusion 4b D12 提交 2019-08-06 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 340–1521（1182 aa）
未记录 MES 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 1 MN MANGANESE (II) ION × 4 MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；277.15 K；PEG 20,000 MPD MES sodium chloride manganese chloride
分辨率 2.40 Å R-free 0.193

共 1 个其他 PDB 条目、1 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 Q3T552_BIFLO
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 22–1376； UniProt 340–1694

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 2zxq

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 2zxq
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id2zxq
沉积日期 deposition_date2009-01-05
结构标题 titleCrystal structure of endo-alpha-N-acetylgalactosaminidase from Bifidobacterium longum (EngBF)
关键词 keywordsBroken TIM barrel, Glycosidase, Hydrolase; HYDROLASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier35.11 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron35.02 Å
零角强度 I(0) i0275020000.00
分子量 molecular_weight129200.0 kDa
排除体积 excluded_volume159440 ų
包络体积 envelope_volume195770 ų
水化壳体积 shell_volume46952 ų
包络直径 envelope_diameter129.3 Å
壳层 Rg shell_rg40.87 Å
包络 Rg envelope_rg35.61 Å
形状 Rg shape_rg34.97 Å
总 Rg total_rg35.55 Å
总原子数 total_atoms9098
残基数 n_residues1178
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax121.0 Å
Rg (实空间) rg_real35.26 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.20 Å
I(0) (实空间) i0_real2.7500e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error5.2750e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal35.16 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal275000000.0000
解质量估计 total_estimate0.8508
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary37.6 Å
偏度 Skewness skewness0.518
峰度 Kurtosis kurtosis-0.060
角度范围 angular_range— – 0.2250 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha66580000.0000
实空间数据点数 n_real_points46
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.789; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.957; Smooth: 0.732
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

CATH v4.4 (6 domains)

结构域编号 domain_id2zxqA01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture70 — Distorted Sandwich
拓扑 Topology topology98 — Beta-galactosidase; Chain A, domain 5
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 —
结构域编号 domain_id2zxqA02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture20 — Alpha-Beta Barrel
拓扑 Topology topology20 — TIM Barrel
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily80 — Glycosidases
结构域编号 domain_id2zxqA03
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily1180 — Golgi alpha-mannosidase II
结构域编号 domain_id2zxqA04
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily260 — Galactose-binding domain-like
结构域编号 domain_id2zxqA05
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily260 — Galactose-binding domain-like
结构域编号 domain_id2zxqA06
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology1270 — Substrate Binding Domain Of Dnak; Chain:A; Domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily70 — Designed single chain three-helix bundle
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8. 引用文献 (2)

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9. 文件与曲线 (10)