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2zzs

Crystal structure of cytochrome c554 from Vibrio parahaemolyticus strain RIMD2210633

Method: X-RAY DIFFRACTION
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Cytochrome c554

Vibrio parahaemolyticus

UniProt Q87MF5

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白单体 单体 蛋白 1 HEME C × 1 water × 1 与蛋白数一致
10 蛋白单体 单体 蛋白 1 HEME C × 1 water × 1 与蛋白数一致
11 蛋白单体 单体 蛋白 1 HEME C × 1 water × 1 与蛋白数一致
12 蛋白单体 单体 蛋白 1 HEME C × 1 water × 1 与蛋白数一致
13 蛋白单体 单体 蛋白 1 HEME C × 1 water × 1 与蛋白数一致
14 蛋白单体 单体 蛋白 1 HEME C × 1 water × 1 与蛋白数一致
15 蛋白单体 单体 蛋白 1 HEME C × 1 water × 1 与蛋白数一致
16 蛋白单体 单体 蛋白 1 HEME C × 1 GLYCEROL × 1 water × 1 与蛋白数一致
17 蛋白单体 单体 蛋白 1 HEME C × 1 water × 1 与蛋白数一致
18 蛋白单体 单体 蛋白 1 HEME C × 1 GLYCEROL × 1 water × 1 与蛋白数一致
19 蛋白单体 单体 蛋白 1 HEME C × 1 water × 1 与蛋白数一致
2 蛋白单体 单体 蛋白 1 HEME C × 1 water × 1 与蛋白数一致
20 蛋白单体 单体 蛋白 1 HEME C × 1 water × 1 与蛋白数一致
21 蛋白单体 单体 蛋白 1 HEME C × 1 water × 1 与蛋白数一致
22 蛋白单体 单体 蛋白 1 HEME C × 1 water × 1 与蛋白数一致
23 蛋白单体 单体 蛋白 1 HEME C × 1 water × 1 与蛋白数一致
24 蛋白单体 单体 蛋白 1 HEME C × 1 water × 1 与蛋白数一致
25 蛋白单体 单体 蛋白 1 HEME C × 1 water × 1 与蛋白数一致
26 蛋白单体 单体 蛋白 1 HEME C × 1 water × 1 与蛋白数一致
27 蛋白单体 单体 蛋白 1 HEME C × 1 water × 1 与蛋白数一致
28 蛋白单体 单体 蛋白 1 HEME C × 1 water × 1 与蛋白数一致
29 蛋白单体 单体 蛋白 1 HEME C × 1 water × 1 与蛋白数一致
3 蛋白单体 单体 蛋白 1 HEME C × 1 GLYCEROL × 1 water × 1 与蛋白数一致
30 蛋白单体 单体 蛋白 1 HEME C × 1 water × 1 与蛋白数一致
31 蛋白单体 单体 蛋白 1 HEME C × 1 water × 1 与蛋白数一致
32 蛋白单体 单体 蛋白 1 HEME C × 1 water × 1 与蛋白数一致
4 蛋白单体 单体 蛋白 1 HEME C × 1 water × 1 与蛋白数一致
5 蛋白单体 单体 蛋白 1 HEME C × 1 GLYCEROL × 1 water × 1 与蛋白数一致
6 蛋白单体 单体 蛋白 1 HEME C × 1 water × 1 与蛋白数一致
7 蛋白单体 单体 蛋白 1 HEME C × 1 water × 1 与蛋白数一致
8 蛋白单体 单体 蛋白 1 HEME C × 1 water × 1 与蛋白数一致
9 蛋白单体 单体 蛋白 1 HEME C × 1 water × 1 与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

单体
2zzs 2zzs 2zzs 2zzs 2zzs 2zzs 2zzs 2zzs 2zzs 2zzs 2zzs 2zzs

共 32 个 assembly，这里只显示前 12 个

同源二聚体

暂无

同源四聚体

暂无

其他同源多聚体

暂无

异源或核酸复合物

暂无

查看构建体与数据证据
UniProt名称 Q87MF5_VIBPA
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 1； PDB构建体 1–103； UniProt 1–103 作者链 2； PDB构建体 1–103； UniProt 1–103 作者链 3； PDB构建体 1–103； UniProt 1–103 作者链 4； PDB构建体 1–103； UniProt 1–103 作者链 5； PDB构建体 1–103； UniProt 1–103 作者链 6； PDB构建体 1–103； UniProt 1–103 作者链 A； PDB构建体 1–103； UniProt 1–103 作者链 B； PDB构建体 1–103； UniProt 1–103 作者链 C； PDB构建体 1–103； UniProt 1–103 作者链 D； PDB构建体 1–103； UniProt 1–103 作者链 E； PDB构建体 1–103； UniProt 1–103 作者链 F； PDB构建体 1–103； UniProt 1–103 作者链 G； PDB构建体 1–103； UniProt 1–103 作者链 H； PDB构建体 1–103； UniProt 1–103 作者链 I； PDB构建体 1–103； UniProt 1–103 作者链 J； PDB构建体 1–103； UniProt 1–103 作者链 K； PDB构建体 1–103； UniProt 1–103 作者链 L； PDB构建体 1–103； UniProt 1–103 作者链 M； PDB构建体 1–103； UniProt 1–103 作者链 N； PDB构建体 1–103； UniProt 1–103 作者链 O； PDB构建体 1–103； UniProt 1–103 作者链 P； PDB构建体 1–103； UniProt 1–103 作者链 Q； PDB构建体 1–103； UniProt 1–103 作者链 R； PDB构建体 1–103； UniProt 1–103 作者链 S； PDB构建体 1–103； UniProt 1–103 作者链 T； PDB构建体 1–103； UniProt 1–103 作者链 U； PDB构建体 1–103； UniProt 1–103 作者链 V； PDB构建体 1–103； UniProt 1–103 作者链 W； PDB构建体 1–103； UniProt 1–103 作者链 X； PDB构建体 1–103； UniProt 1–103 作者链 Y； PDB构建体 1–103； UniProt 1–103 作者链 Z； PDB构建体 1–103； UniProt 1–103

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id2zzs
沉积日期 deposition_date2009-02-24
结构标题 titleCrystal structure of cytochrome c554 from Vibrio parahaemolyticus strain RIMD2210633
关键词 keywordsc-type cytochrome, cytochrome c554, ELECTRON TRANSPORT; ELECTRON TRANSPORT
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

2zzs__assembly_19__model_1

Assembly 19 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

2zzs__assembly_19__model_1 | I(q)

10-2 10-1 105 106 q (1/Angstrom) I(q)
100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

2zzs__assembly_19__model_1 | P(r) · Pending

新版 assembly/model P(r) 尚未计算 此处仅保留位置，不展示旧数据 r (Angstrom) P(r)
P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。
Rg（Guinier）12.62 Å
Rg（电子密度）11.25 Å
总 Rg12.61 Å
原子数618
残基数81
排除体积10897 ų
最大 q0.500 Å⁻¹
Assembly Model 结构单元 聚集说明 状态 CRYSOL 操作
1 1 2zzs__assembly_1__model_1 monomeric （1） 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
2 1 2zzs__assembly_2__model_1 monomeric （1） 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
3 1 2zzs__assembly_3__model_1 monomeric （1） 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
4 1 2zzs__assembly_4__model_1 monomeric （1） 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
5 1 2zzs__assembly_5__model_1 monomeric （1） 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
6 1 2zzs__assembly_6__model_1 monomeric （1） 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
7 1 2zzs__assembly_7__model_1 monomeric （1） 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
8 1 2zzs__assembly_8__model_1 monomeric （1） 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
9 1 2zzs__assembly_9__model_1 monomeric （1） 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
10 1 2zzs__assembly_10__model_1 monomeric （1） 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
11 1 2zzs__assembly_11__model_1 monomeric （1） 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
12 1 2zzs__assembly_12__model_1 monomeric （1） 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
13 1 2zzs__assembly_13__model_1 monomeric （1） 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
14 1 2zzs__assembly_14__model_1 monomeric （1） 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
15 1 2zzs__assembly_15__model_1 monomeric （1） 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
16 1 2zzs__assembly_16__model_1 monomeric （1） 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
17 1 2zzs__assembly_17__model_1 monomeric （1） 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
18 1 2zzs__assembly_18__model_1 monomeric （1） 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
19 1 2zzs__assembly_19__model_1 monomeric （1） 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
20 1 2zzs__assembly_20__model_1 monomeric （1） 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
21 1 2zzs__assembly_21__model_1 monomeric （1） 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
22 1 2zzs__assembly_22__model_1 monomeric （1） 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
23 1 2zzs__assembly_23__model_1 monomeric （1） 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
24 1 2zzs__assembly_24__model_1 monomeric （1） 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
25 1 2zzs__assembly_25__model_1 monomeric （1） 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
26 1 2zzs__assembly_26__model_1 monomeric （1） 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
27 1 2zzs__assembly_27__model_1 monomeric （1） 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
28 1 2zzs__assembly_28__model_1 monomeric （1） 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
29 1 2zzs__assembly_29__model_1 monomeric （1） 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
30 1 2zzs__assembly_30__model_1 monomeric （1） 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
31 1 2zzs__assembly_31__model_1 monomeric （1） 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
32 1 2zzs__assembly_32__model_1 monomeric （1） 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 32 domains

CATH v4.4 (32 domains)

结构域编号 domain_id2zzs100
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology760 — Cytochrome Bc1 Complex; Chain D, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Cytochrome c-like domain
结构域编号 domain_id2zzs200
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology760 — Cytochrome Bc1 Complex; Chain D, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Cytochrome c-like domain
结构域编号 domain_id2zzs300
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology760 — Cytochrome Bc1 Complex; Chain D, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Cytochrome c-like domain
结构域编号 domain_id2zzs400
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology760 — Cytochrome Bc1 Complex; Chain D, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Cytochrome c-like domain
结构域编号 domain_id2zzs500
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology760 — Cytochrome Bc1 Complex; Chain D, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Cytochrome c-like domain
结构域编号 domain_id2zzs600
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology760 — Cytochrome Bc1 Complex; Chain D, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Cytochrome c-like domain
结构域编号 domain_id2zzsA00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology760 — Cytochrome Bc1 Complex; Chain D, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Cytochrome c-like domain
结构域编号 domain_id2zzsB00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology760 — Cytochrome Bc1 Complex; Chain D, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Cytochrome c-like domain
结构域编号 domain_id2zzsC00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology760 — Cytochrome Bc1 Complex; Chain D, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Cytochrome c-like domain
结构域编号 domain_id2zzsD00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology760 — Cytochrome Bc1 Complex; Chain D, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Cytochrome c-like domain
结构域编号 domain_id2zzsE00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology760 — Cytochrome Bc1 Complex; Chain D, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Cytochrome c-like domain
结构域编号 domain_id2zzsF00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology760 — Cytochrome Bc1 Complex; Chain D, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Cytochrome c-like domain
结构域编号 domain_id2zzsG00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology760 — Cytochrome Bc1 Complex; Chain D, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Cytochrome c-like domain
结构域编号 domain_id2zzsH00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology760 — Cytochrome Bc1 Complex; Chain D, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Cytochrome c-like domain
结构域编号 domain_id2zzsI00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology760 — Cytochrome Bc1 Complex; Chain D, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Cytochrome c-like domain
结构域编号 domain_id2zzsJ00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology760 — Cytochrome Bc1 Complex; Chain D, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Cytochrome c-like domain
结构域编号 domain_id2zzsK00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology760 — Cytochrome Bc1 Complex; Chain D, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Cytochrome c-like domain
结构域编号 domain_id2zzsL00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology760 — Cytochrome Bc1 Complex; Chain D, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Cytochrome c-like domain
结构域编号 domain_id2zzsM00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology760 — Cytochrome Bc1 Complex; Chain D, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Cytochrome c-like domain
结构域编号 domain_id2zzsN00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology760 — Cytochrome Bc1 Complex; Chain D, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Cytochrome c-like domain
结构域编号 domain_id2zzsO00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology760 — Cytochrome Bc1 Complex; Chain D, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Cytochrome c-like domain
结构域编号 domain_id2zzsP00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology760 — Cytochrome Bc1 Complex; Chain D, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Cytochrome c-like domain
结构域编号 domain_id2zzsQ00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology760 — Cytochrome Bc1 Complex; Chain D, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Cytochrome c-like domain
结构域编号 domain_id2zzsR00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology760 — Cytochrome Bc1 Complex; Chain D, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Cytochrome c-like domain
结构域编号 domain_id2zzsS00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology760 — Cytochrome Bc1 Complex; Chain D, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Cytochrome c-like domain
结构域编号 domain_id2zzsT00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology760 — Cytochrome Bc1 Complex; Chain D, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Cytochrome c-like domain
结构域编号 domain_id2zzsU00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology760 — Cytochrome Bc1 Complex; Chain D, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Cytochrome c-like domain
结构域编号 domain_id2zzsV00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology760 — Cytochrome Bc1 Complex; Chain D, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Cytochrome c-like domain
结构域编号 domain_id2zzsW00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology760 — Cytochrome Bc1 Complex; Chain D, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Cytochrome c-like domain
结构域编号 domain_id2zzsX00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology760 — Cytochrome Bc1 Complex; Chain D, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Cytochrome c-like domain
结构域编号 domain_id2zzsY00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology760 — Cytochrome Bc1 Complex; Chain D, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Cytochrome c-like domain
结构域编号 domain_id2zzsZ00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology760 — Cytochrome Bc1 Complex; Chain D, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Cytochrome c-like domain
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7. 引用文献 (1)