SAXSdb — 351c

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

CYTOCHROME C551

Pseudomonas aeruginosa

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 23–104	未记录	HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取环境条件	分辨率 1.60 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 351C	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1DVV SOLUTION STRUCTURE OF THE QUINTUPLE MUTANT OF CYTOCHROME C-551 FROM PSEUDOMONAS AERUGINOSA 提交 2000-01-22	突变/修饰不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 23–104（82 aa）	突变：F7A, V13M, F34Y, E43Y, V78I	HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 1	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 5；298 K；压力 1 NMR样品组成 1mM cytochrome c551(F7A/V13M/F34Y/E43Y/V78I) reduced with dithionite \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 1mM cytochrome c551(F7A/V13M/F34Y/E43Y/V78I) reduced with dithionite \| 100% D2O NMR样品组成 1mM cytochrome c551(F7A/V13M/F34Y/E43Y/V78I) U-15N reduced with dithionite \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 1mM cytochrome c551(F7A/V13M/F34Y/E43Y/V78I) U-15N,13C reduced with dithionite \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
2EXV Crystal structure of the F7A mutant of the cytochrome c551 from Pseudomonas aeruginosa 提交 2005-11-09	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 23–104（82 aa）	突变：F7A	HEC HEME C × 1 ACY ACETIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.5；294 K；26-30% PEG 4K, zinc acetate 0.2 M, sodium acetate 0.1 M, pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 294K	分辨率 1.86 Å R-free 0.233
2EXV Crystal structure of the F7A mutant of the cytochrome c551 from Pseudomonas aeruginosa 提交 2005-11-09	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 23–104（82 aa）	突变：F7A	HEC HEME C × 1 ACY ACETIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.5；294 K；26-30% PEG 4K, zinc acetate 0.2 M, sodium acetate 0.1 M, pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 294K	分辨率 1.86 Å R-free 0.233
2PAC SOLUTION STRUCTURE OF FE(II) CYTOCHROME C551 FROM PSEUDOMONAS AERUGINOSA AS DETERMINED BY TWO-DIMENSIONAL 1H NMR 提交 1993-05-05	配体/离子不同实验方法不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 23–104（82 aa）	未记录	HEC HEME C × 1	SOLUTION NMR mmCIF 未提供已读取条件	分辨率未提供
3X39 Domain-swapped dimer of Pseudomonas aeruginosa cytochrome c551 提交 2015-01-16	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 23–104（82 aa）片段：UNP residues 23-104	未记录	HEC HEME C × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；277 K；0.1M HEPES-NaOH buffer containing 1.4M sodium citrate tribasic dehydrate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 1.50 Å R-free 0.188
3X39 Domain-swapped dimer of Pseudomonas aeruginosa cytochrome c551 提交 2015-01-16	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 23–104（82 aa）片段：UNP residues 23-104	未记录	HEC HEME C × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；277 K；0.1M HEPES-NaOH buffer containing 1.4M sodium citrate tribasic dehydrate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 1.50 Å R-free 0.188
451C STRUCTURE OF CYTOCHROME C551 FROM P. AERUGINOSA REFINED AT 1.6 ANGSTROMS RESOLUTION AND COMPARISON OF THE TWO REDOX FORMS 提交 1981-07-20	当前字段一致	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 23–104（82 aa）	未记录	HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 1.60 Å
5XEC Heterodimer constructed from PA cyt c551-HT cyt c552 and HT cyt c552-PA cyt c551 chimeric proteins 提交 2017-04-04	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 23–42（20 aa）片段：UNP RESIDUES 23-42,UNP RESIDUES 37-98 链 C 43–104（62 aa）片段：UNP RESIDUES 19-36,UNP RESIDUES 43-104	未记录	HEC HEME C × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；277 K；100 mM Tris-HCl containing 200 mM sodium acetate, 30% w/v PEG 4000	分辨率 1.10 Å R-free 0.197
5XED Heterodimer constructed from M61A PA cyt c551-HT cyt c552 and HT cyt c552-PA cyt c551 chimeric proteins 提交 2017-04-04	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 23–42（20 aa）片段：UNP RESIDUES 23-42,UNP RESIDUES 37-98 链 C 43–104（62 aa）片段：UNP RESIDUES 19-36,UNP RESIDUES 43-104	突变：M61A	HEC HEME C × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；277 K；100 mM MES containing 25% w/v PEG 6000	分辨率 1.55 Å R-free 0.238

共 7 个其他 PDB 条目、9 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	CY551_PSEAE
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–82； UniProt 23–104

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	351c
沉积日期 deposition_date	1981-07-20
结构标题 title	STRUCTURE OF CYTOCHROME C551 FROM P. AERUGINOSA REFINED AT 1.6 ANGSTROMS RESOLUTION AND COMPARISON OF THE TWO REDOX FORMS
关键词 keywords	ELECTRON TRANSPORT; ELECTRON TRANSPORT
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	12.62 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	11.30 Å
零角强度 I(0) i0	1823800.00
分子量 molecular_weight	9310.0 kDa
排除体积 excluded_volume	11655 Å³
包络体积 envelope_volume	12124 Å³
水化壳体积 shell_volume	9196 Å³
包络直径 envelope_diameter	36.0 Å
壳层 Rg shell_rg	16.95 Å
包络 Rg envelope_rg	11.57 Å
形状 Rg shape_rg	11.27 Å
总 Rg total_rg	12.73 Å
总原子数 total_atoms	653
残基数 n_residues	82
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	38.3 Å
Rg (实空间) rg_real	12.52 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.19 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.8240e+06
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.9120e+04
Rg (倒空间) rg_reciprocal	12.52 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	1824000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8959
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	16.5 Å
偏度 Skewness skewness	0.030
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.382
角度范围 angular_range	— – 0.5000 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	395100.0000
实空间数据点数 n_real_points	80
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.897; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.975; Smooth: 0.977

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	CYTOCHROME C551
分子量 formula_weight	8704.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	720

EDPEVLFKNKGCVACHAIDTKMVGPAYKDVAAKFAGQAGAEAELAQRIKNGSQGVWGPIPMPPNAVSDDEAQTLAKWVLSQK

来源 Source

来源生物 organism	Pseudomonas aeruginosa
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	287

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE
分子量 formula_weight	616.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 3 Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	67

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_id	d351ca_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.3 — Cytochrome c
超家族 Superfamily superfamily	a.3.1 — Cytochrome c
家族 Family family	a.3.1.1 — monodomain cytochrome c

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id	351cA00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	760 — Cytochrome Bc1 Complex; Chain D, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Cytochrome c-like domain

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8. 引用文献 (3)

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晶胞边长 a length_a	29.500 Å
晶胞边长 b length_b	49.270 Å
晶胞边长 c length_c	49.640 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.600 Å
最低分辨率 resolution_low	— Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	0.1950
R_free r_free	—

fit	/app/data/saxs_computation/51/351c/351c.fit
pddf	/app/data/pr_computation/51/351c/351c.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/51/351c/351c.dat

STRUCTURE OF CYTOCHROME C551 FROM P. AERUGINOSA REFINED AT 1.6 ANGSTROMS RESOLUTION AND COMPARISON OF THE TWO REDOX FORMS

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

CYTOCHROME C551

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution