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3a01

Crystal structure of Aristaless and Clawless homeodomains bound to DNA

Method: X-RAY DIFFRACTION
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Homeodomain-containing protein

Drosophila melanogaster

UniProt Q9VD99

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白–DNA 异源复合物 蛋白 2 DNA 2 Homeobox protein aristaless × 1 （Q06453） 5'-D(*GP*GP*CP*TP*TP*AP*AP*TP*TP*AP*AP*TP*TP*GP*CP*GP*G)-3' × 1 5'-D(*CP*CP*GP*CP*AP*AP*TP*TP*AP*AP*TP*TP*AP*AP*GP*CP*C)-3' × 1 与全部聚合物一致
2 蛋白–DNA 异源复合物 蛋白 2 DNA 2 Homeobox protein aristaless × 1 （Q06453） 5'-D(*GP*GP*CP*TP*TP*AP*AP*TP*TP*AP*AP*TP*TP*GP*CP*GP*G)-3' × 1 5'-D(*CP*CP*GP*CP*AP*AP*TP*TP*AP*AP*TP*TP*AP*AP*GP*CP*C)-3' × 1 与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

单体

暂无

同源二聚体

暂无

同源四聚体

暂无

其他同源多聚体

暂无

异源或核酸复合物
3a01 3a01

共 2 个 assembly

查看构建体与数据证据
UniProt名称 Q9VD99_DROME
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 2–93； UniProt 170–261 作者链 E； PDB构建体 2–93； UniProt 170–261

Homeobox protein aristaless

Drosophila melanogaster

UniProt Q06453

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白–DNA 异源复合物 蛋白 2 DNA 2 Homeodomain-containing protein × 1 （Q9VD99） 5'-D(*GP*GP*CP*TP*TP*AP*AP*TP*TP*AP*AP*TP*TP*GP*CP*GP*G)-3' × 1 5'-D(*CP*CP*GP*CP*AP*AP*TP*TP*AP*AP*TP*TP*AP*AP*GP*CP*C)-3' × 1 与全部聚合物一致
2 蛋白–DNA 异源复合物 蛋白 2 DNA 2 Homeodomain-containing protein × 1 （Q9VD99） 5'-D(*GP*GP*CP*TP*TP*AP*AP*TP*TP*AP*AP*TP*TP*GP*CP*GP*G)-3' × 1 5'-D(*CP*CP*GP*CP*AP*AP*TP*TP*AP*AP*TP*TP*AP*AP*GP*CP*C)-3' × 1 与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

单体
3a02

共 1 个 assembly

同源二聚体

暂无

同源四聚体

暂无

其他同源多聚体

暂无

异源或核酸复合物
3a01 3a01 3lnq

共 3 个 assembly

查看构建体与数据证据
UniProt名称 AL_DROME
Isoform —
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 B； PDB构建体 1–67； UniProt 80–146 作者链 F； PDB构建体 1–67； UniProt 80–146

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id3a01
沉积日期 deposition_date2009-02-28
结构标题 titleCrystal structure of Aristaless and Clawless homeodomains bound to DNA
关键词 keywordsHOMEODOMAIN, PROTEIN-DNA COMPLEX, DNA-binding, Homeobox, Nucleus, Developmental protein, Gene Regulation-DNA COMPLEX; Gene Regulation/DNA
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

3a01__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

3a01__assembly_1__model_1 | I(q)

10-2 10-1 105 106 107 q (1/Angstrom) I(q)
100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

3a01__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

新版 assembly/model P(r) 尚未计算 此处仅保留位置，不展示旧数据 r (Angstrom) P(r)
P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。
Rg（Guinier）18.79 Å
Rg（电子密度）18.26 Å
总 Rg19.08 Å
原子数1859
残基数169
排除体积30784 ų
最大 q0.500 Å⁻¹
Assembly Model 结构单元 聚集说明 状态 CRYSOL 操作
1 1 3a01__assembly_1__model_1 tetrameric （4） 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
2 1 3a01__assembly_2__model_1 tetrameric （4） 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

结构域编号 domain_idd3a01a_
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.4 — DNA/RNA-binding 3-helical bundle
超家族 Superfamily superfamilya.4.1 — Homeodomain-like
家族 Family familya.4.1.1 — Homeodomain
结构域编号 domain_idd3a01b_
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.4 — DNA/RNA-binding 3-helical bundle
超家族 Superfamily superfamilya.4.1 — Homeodomain-like
家族 Family familya.4.1.1 — Homeodomain
结构域编号 domain_idd3a01e_
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.4 — DNA/RNA-binding 3-helical bundle
超家族 Superfamily superfamilya.4.1 — Homeodomain-like
家族 Family familya.4.1.1 — Homeodomain
结构域编号 domain_idd3a01f_
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.4 — DNA/RNA-binding 3-helical bundle
超家族 Superfamily superfamilya.4.1 — Homeodomain-like
家族 Family familya.4.1.1 — Homeodomain

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id3a01A00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology10 — Arc Repressor Mutant, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily60 — Homeodomain-like
结构域编号 domain_id3a01B00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology10 — Arc Repressor Mutant, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily60 — Homeodomain-like
结构域编号 domain_id3a01E00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology10 — Arc Repressor Mutant, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily60 — Homeodomain-like
结构域编号 domain_id3a01F00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology10 — Arc Repressor Mutant, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily60 — Homeodomain-like
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7. 引用文献 (1)