3a28

Crystal structure of L-2,3-butanediol dehydrogenase

Method: X-RAY DIFFRACTION

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

L-2.3-butanediol dehydrogenase

Brevibacterium saccharolyticum

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 4	NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE × 4 BETA-MERCAPTOETHANOL × 4 MAGNESIUM ION × 2 water × 4	与蛋白数一致
2	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 4	NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE × 4 BETA-MERCAPTOETHANOL × 4 MAGNESIUM ION × 2 water × 4	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q9ZNN8_CORGL
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–258； UniProt 1–258 作者链 B； PDB构建体 1–258； UniProt 1–258 作者链 C； PDB构建体 1–258； UniProt 1–258 作者链 D； PDB构建体 1–258； UniProt 1–258 作者链 E； PDB构建体 1–258； UniProt 1–258 作者链 F； PDB构建体 1–258； UniProt 1–258 作者链 G； PDB构建体 1–258； UniProt 1–258 作者链 H； PDB构建体 1–258； UniProt 1–258

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

▼

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	3a28
沉积日期 deposition_date	2009-05-02
结构标题 title	Crystal structure of L-2,3-butanediol dehydrogenase
关键词 keywords	chiral substrate recognition, Oxidoreductase; OXIDOREDUCTASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

▼

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

3a28__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

3a28__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

3a28__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	29.09 Å
Rg（电子密度）	27.87 Å
总 Rg	28.64 Å
原子数	7798
残基数	1028
排除体积	138870 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`3a28__assembly_1__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`3a28__assembly_2__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

▶

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

▶

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	L-2.3-butanediol dehydrogenase
分子量 formula_weight	27128.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	8

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,D,A,B,E,F,G,H
原子数 atom_count	17150

MSKVAMVTGGAQGIGRGISEKLAADGFDIAVADLPQQEEQAAETIKLIEAADQKAVFVGLDVTDKANFDSAIDEAAEKLGGFDVLVNNAGIAQIKPLLEVTEEDLKQIYSVNVFSVFFGIQAASRKFDELGVKGKIINAASIAAIQGFPILSAYSTTKFAVRGLTQAAAQELAPKGHTVNAYAPGIVGTGMWEQIDAELSKINGKPIGENFKEYSSSIALGRPSVPEDVAGLVSFLASENSNYVTGQVMLVDGGMLYN

来源 Source

来源生物 organism	Brevibacterium saccharolyticum
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1718
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE
分子量 formula_weight	663.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	8

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	BETA-MERCAPTOETHANOL
分子量 formula_weight	78.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	8

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 5 Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1554

▼

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 16 domains

SCOP 2.08 (8 domains)

结构域编号 domain_id	d3a28a_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.2 — NAD(P)-binding Rossmann-fold domains
超家族 Superfamily superfamily	c.2.1 — NAD(P)-binding Rossmann-fold domains
家族 Family family	c.2.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d3a28b_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.2 — NAD(P)-binding Rossmann-fold domains
超家族 Superfamily superfamily	c.2.1 — NAD(P)-binding Rossmann-fold domains
家族 Family family	c.2.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d3a28c_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.2 — NAD(P)-binding Rossmann-fold domains
超家族 Superfamily superfamily	c.2.1 — NAD(P)-binding Rossmann-fold domains
家族 Family family	c.2.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d3a28d_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.2 — NAD(P)-binding Rossmann-fold domains
超家族 Superfamily superfamily	c.2.1 — NAD(P)-binding Rossmann-fold domains
家族 Family family	c.2.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d3a28e_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.2 — NAD(P)-binding Rossmann-fold domains
超家族 Superfamily superfamily	c.2.1 — NAD(P)-binding Rossmann-fold domains
家族 Family family	c.2.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d3a28f_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.2 — NAD(P)-binding Rossmann-fold domains
超家族 Superfamily superfamily	c.2.1 — NAD(P)-binding Rossmann-fold domains
家族 Family family	c.2.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d3a28g_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.2 — NAD(P)-binding Rossmann-fold domains
超家族 Superfamily superfamily	c.2.1 — NAD(P)-binding Rossmann-fold domains
家族 Family family	c.2.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d3a28h_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.2 — NAD(P)-binding Rossmann-fold domains
超家族 Superfamily superfamily	c.2.1 — NAD(P)-binding Rossmann-fold domains
家族 Family family	c.2.1.0 — automated matches

CATH v4.4 (8 domains)

结构域编号 domain_id	3a28A00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	720 — NAD(P)-binding Rossmann-like Domain

结构域编号 domain_id	3a28B00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	720 — NAD(P)-binding Rossmann-like Domain

结构域编号 domain_id	3a28C00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	720 — NAD(P)-binding Rossmann-like Domain

结构域编号 domain_id	3a28D00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	720 — NAD(P)-binding Rossmann-like Domain

结构域编号 domain_id	3a28E00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	720 — NAD(P)-binding Rossmann-like Domain

结构域编号 domain_id	3a28F00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	720 — NAD(P)-binding Rossmann-like Domain

结构域编号 domain_id	3a28G00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	720 — NAD(P)-binding Rossmann-like Domain

结构域编号 domain_id	3a28H00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	720 — NAD(P)-binding Rossmann-like Domain

▶

晶胞边长 a length_a	60.800 Å
晶胞边长 b length_b	69.200 Å
晶胞边长 c length_c	127.400 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	96.10 °
晶胞夹角 β angle_beta	100.20 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	109.60 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.000 Å
最低分辨率 resolution_low	30.000 Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	0.1930
R_free r_free	0.2400

Crystal structure of L-2,3-butanediol dehydrogenase

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

L-2.3-butanediol dehydrogenase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3a28__assembly_1__model_1

3a28__assembly_1__model_1 | I(q)

3a28__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 16 domains

SCOP 2.08 (8 domains)

CATH v4.4 (8 domains)

7. 引用文献 (1)

Crystal structure of L-2,3-butanediol dehydrogenase

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

L-2.3-butanediol dehydrogenase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3a28__assembly_1__model_1

3a28__assembly_1__model_1 | I(q)

3a28__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 16 domains

SCOP 2.08 (8 domains)

CATH v4.4 (8 domains)

7. 引用文献 (1)