SAXSdb — 3a2f

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DNA polymerase

Pyrococcus furiosus

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	DNA polymerase sliding clamp × 1 （O73947） water × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	DPOL_PYRFU
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–775； UniProt 1–775

DNA polymerase sliding clamp

Pyrococcus furiosus

UniProt O73947

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	DNA polymerase × 1 （P61875） water × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	PCNA_PYRFU
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–248； UniProt 2–249

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	3a2f
沉积日期 deposition_date	2009-05-15
结构标题 title	Crystal Structure of Pyrococcus furiosus DNA polymerase/PCNA monomer mutant complex
关键词 keywords	;DNA replication, DNA-binding, DNA-directed DNA polymerase, Endonuclease, Hydrolase, Nuclease, Nucleotidyltransferase, Transferase, TRANSFERASE-REPLICATION COMPLEX ;; TRANSFERASE/REPLICATION
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

3a2f__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

3a2f__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

3a2f__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	43.04 Å
Rg（电子密度）	43.21 Å
总 Rg	43.45 Å
原子数	8128
残基数	1002
排除体积	146400 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`3a2f__assembly_1__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	DNA polymerase
分子量 formula_weight	90723.2 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.7.7
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	8254

MILDVDYITEEGKPVIRLFKKENGKFKIEHDRTFRPYIYALLRDDSKIEEVKKITGERHGKIVRIVDVEKVEKKFLGKPITVWKLYLEHPQDVPTIREKVREHPAVVDIFEYDIPFAKRYLIDKGLIPMEGEEELKILAFDIETLYHEGEEFGKGPIIMISYADENEAKVITWKNIDLPYVEVVSSEREMIKRFLRIIREKDPDIIVTYNGDSFDFPYLAKRAEKLGIKLTIGRDGSEPKMQRIGDMTAVEVKGRIHFDLYHVITRTINLPTYTLEAVYEAIFGKPKEKVYADEIAKAWESGENLERVAKYSMEDAKATYELGKEFLPMEIQLSRLVGQPLWDVSRSSTGNLVEWFLLRKAYERNEVAPNKPSEEEYQRRLRESYTGGFVKEPEKGLWENIVYLDFRALYPSIIITHNVSPDTLNLEGCKNYDIAPQVGHKFCKDIPGFIPSLLGHLLEERQKIKTKMKETQDPIEKILLDYRQKAIKLLANSFYGYYGYAKARWYCKECAESVTAWGRKYIELVWKELEEKFGFKVLYIDTDGLYATIPGGESEEIKKKALEFVKYINSKLPGLLELEYEGFYKRGFFVTKKRYAVIDEEGKVITRGLEIVRRDWSEIAKETQARVLETILKHGDVEEAVRIVKEVIQKLANYEIPPEKLAIYEQITRPLHEYKAIGPHVAVAKKLAAKGVKIKPGMVIGYIVLRGDGPISNRAILAEEYDPKKHKYDAEYYIENQVLPAVLRILEGFGYRKEDLRYQKTRQVGLTSWLNIKKS

来源 Source

来源生物 organism	Pyrococcus furiosus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	2261
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	DNA polymerase sliding clamp
分子量 formula_weight	28174.2 kDa
突变 mutation	M73L, D143A, D147A
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

PFEIVFEGAKEFAQLIDTASKLIDEAAFKVTEDGISMRAMDPSRVVLIDLNLPSSIFSKYEVVEPETIGVNLDHLKKILKRGKAKDTLILKKGEENFLEITIQGTATRTFRVPLIDVEEMEVDLPELPFTAKVVVLGEVLKAAVKAASLVSDSIKFIARENEFIMKAEGETQEVEIKLTLEDEGLLDIEVQEETKSAYGVSYLSDMVKGLGKADEVTIKFGNEMPMQMEYYIRDEGRLTFLLAPRVEE

来源 Source

来源生物 organism	Pyrococcus furiosus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	2261
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	126

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 9 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

结构域编号 domain_id	d3a2fa1
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.55 — Ribonuclease H-like motif
超家族 Superfamily superfamily	c.55.3 — Ribonuclease H-like
家族 Family family	c.55.3.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d3a2fa2
类 Class class	e — Multi-domain proteins (alpha and beta)
折叠类型 Fold fold	e.8 — DNA/RNA polymerases
超家族 Superfamily superfamily	e.8.1 — DNA/RNA polymerases
家族 Family family	e.8.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d3a2fb1
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.131 — DNA clamp
超家族 Superfamily superfamily	d.131.1 — DNA clamp
家族 Family family	d.131.1.2 — DNA polymerase processivity factor

结构域编号 domain_id	d3a2fb2
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.131 — DNA clamp
超家族 Superfamily superfamily	d.131.1 — DNA clamp
家族 Family family	d.131.1.2 — DNA polymerase processivity factor

CATH v4.4 (5 domains)

结构域编号 domain_id	3a2fA01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	342 — DNA Polymerase; Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — DNA Polymerase, chain B, domain 1

结构域编号 domain_id	3a2fA02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	420 — Nucleotidyltransferase; domain 5
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H

结构域编号 domain_id	3a2fA03
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	1600 — Palm domain of DNA polymerase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — B family DNA polymerase, palm domain

结构域编号 domain_id	3a2fA04
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	287 — Helix Hairpins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	690 — B family DNA polymerase, finger domain

结构域编号 domain_id	3a2fB00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	70 — Box
拓扑 Topology topology	10 — Proliferating Cell Nuclear Antigen
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 —

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晶胞边长 a length_a	77.354 Å
晶胞边长 b length_b	90.451 Å
晶胞边长 c length_c	186.211 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.670 Å
最低分辨率 resolution_low	46.550 Å
R 因子 r_factor	0.2410
R_work r_work	0.2410
R_free r_free	0.2840

Crystal Structure of Pyrococcus furiosus DNA polymerase/PCNA monomer mutant complex

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DNA polymerase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

DNA polymerase sliding clamp

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3a2f__assembly_1__model_1

3a2f__assembly_1__model_1 | I(q)

3a2f__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 9 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

CATH v4.4 (5 domains)

7. 引用文献 (1)

Crystal Structure of Pyrococcus furiosus DNA polymerase/PCNA monomer mutant complex

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DNA polymerase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

DNA polymerase sliding clamp

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3a2f__assembly_1__model_1

3a2f__assembly_1__model_1 | I(q)

3a2f__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 9 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

CATH v4.4 (5 domains)

7. 引用文献 (1)