SAXSdb — 3a2h

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Vitamin D3 receptor

Rattus norvegicus

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 1 peptide × 1 （Q15648） (1S,3R,5Z,7E,20S,23S)-1,3-dihydroxy-23,26-epoxy-9,10-secocholesta-5,7,10,25(27)-tetraen-26-one × 1 water × 2	与蛋白数一致
2	蛋白单体	单体	蛋白 1	(1S,3R,5Z,7E,20S,23S)-1,3-dihydroxy-23,26-epoxy-9,10-secocholesta-5,7,10,25(27)-tetraen-26-one × 1 water × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	VDR_RAT
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 5–53； UniProt 116–164 作者链 A； PDB构建体 54–265； UniProt 212–423

Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 1 peptide

物种未注明

UniProt Q15648

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Vitamin D3 receptor × 1 （P13053） (1S,3R,5Z,7E,20S,23S)-1,3-dihydroxy-23,26-epoxy-9,10-secocholesta-5,7,10,25(27)-tetraen-26-one × 1 water × 2	与蛋白数一致
3	蛋白单体	单体	蛋白 1	water × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	MED1_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–13； UniProt 640–652

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	3a2h
沉积日期 deposition_date	2009-05-20
结构标题 title	Crystal structure of the rat vitamin D receptor ligand binding domain complexed with TEI-9647 and a synthetic peptide containing the NR2 box of DRIP 205
关键词 keywords	;hormone/growth factor receptor, DNA-binding, Metal-binding, Nucleus, Phosphoprotein, Transcription, Transcription regulation, Zinc-finger, Activator, Receptor, HORMONE RECEPTOR ;; HORMONE RECEPTOR, TRANSCRIPTION
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

3a2h__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

3a2h__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

3a2h__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	19.17 Å
Rg（电子密度）	17.85 Å
总 Rg	18.90 Å
原子数	1996
残基数	246
排除体积	35910 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`3a2h__assembly_1__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`3a2h__assembly_2__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
3	1	`3a2h__assembly_3__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Vitamin D3 receptor
分子量 formula_weight	30055.5 kDa
突变 mutation	DEL(165-211) mutant
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	2042

GSHMLKDSLRPKLSEEQQHIIAILLDAHHKTYDPTYADFRDFRPPVRMDGSTGSVTLDLSPLSMLPHLADLVSYSIQKVIGFAKMIPGFRDLTSDDQIVLLKSSAIEVIMLRSNQSFTMDDMSWDCGSQDYKYDVTDVSKAGHTLELIEPLIKFQVGLKKLNLHEEEHVLLMAICIVSPDRPGVQDAKLVEAIQDRLSNTLQTYIRCRHPPPGSHQLYAKMIQKLADLRSLNEEHSKQYRSLSFQPENSMKLTPLVLEVFGNEIS

来源 Source

来源生物 organism	Rattus norvegicus
通用名 common_name	Rat
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10116
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 1 peptide
分子量 formula_weight	1570.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

KNHPMLMNLLKDN

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	(1S,3R,5Z,7E,20S,23S)-1,3-dihydroxy-23,26-epoxy-9,10-secocholesta-5,7,10,25(27)-tetraen-26-one
分子量 formula_weight	426.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	46

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_id	d3a2ha_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.123 — Nuclear receptor ligand-binding domain
超家族 Superfamily superfamily	a.123.1 — Nuclear receptor ligand-binding domain
家族 Family family	a.123.1.1 — Nuclear receptor ligand-binding domain

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id	3a2hA00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	565 — Retinoid X Receptor
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Retinoid X Receptor

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晶胞边长 a length_a	124.809 Å
晶胞边长 b length_b	45.349 Å
晶胞边长 c length_c	46.662 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	100.13 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	C 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.500 Å
最低分辨率 resolution_low	40.360 Å
R 因子 r_factor	0.2328
R_work r_work	0.2292
R_free r_free	0.3094

Crystal structure of the rat vitamin D receptor ligand binding domain complexed with TEI-9647 and a synthetic peptide containing the NR2 box of DRIP 205

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Vitamin D3 receptor

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 1 peptide

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3a2h__assembly_1__model_1

3a2h__assembly_1__model_1 | I(q)

3a2h__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

CATH v4.4 (1 domains)

7. 引用文献 (1)

Crystal structure of the rat vitamin D receptor ligand binding domain complexed with TEI-9647 and a synthetic peptide containing the NR2 box of DRIP 205

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Vitamin D3 receptor

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 1 peptide

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3a2h__assembly_1__model_1

3a2h__assembly_1__model_1 | I(q)

3a2h__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

CATH v4.4 (1 domains)

7. 引用文献 (1)