3a2v

Peroxiredoxin (C207S) from Aeropyrum pernix K1 complexed with hydrogen peroxide

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Probable peroxiredoxin

Aeropyrum pernix

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 10	PEROXIDE ION × 10 water × 10	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	TDXH_AERPE
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–249； UniProt 2–250 作者链 B； PDB构建体 1–249； UniProt 2–250 作者链 C； PDB构建体 1–249； UniProt 2–250 作者链 D； PDB构建体 1–249； UniProt 2–250 作者链 E； PDB构建体 1–249； UniProt 2–250 作者链 F； PDB构建体 1–249； UniProt 2–250 作者链 G； PDB构建体 1–249； UniProt 2–250 作者链 H； PDB构建体 1–249； UniProt 2–250 作者链 I； PDB构建体 1–249； UniProt 2–250 作者链 J； PDB构建体 1–249； UniProt 2–250

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	3a2v
沉积日期 deposition_date	2009-06-04
结构标题 title	Peroxiredoxin (C207S) from Aeropyrum pernix K1 complexed with hydrogen peroxide
关键词 keywords	peroxiredoxin, thioredoxin peroxidase, hydrogen peroxide, Antioxidant, Oxidoreductase, Redox-active center; OXIDOREDUCTASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

3a2v__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

3a2v__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

3a2v__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	51.43 Å
Rg（电子密度）	50.47 Å
总 Rg	50.72 Å
原子数	19639
残基数	2424
排除体积	349980 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`3a2v__assembly_1__model_1`	decameric （10）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Probable peroxiredoxin
分子量 formula_weight	28596.8 kDa
EC 编号 ec_number	1.11.1.15
突变 mutation	C207S
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	10

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D,E,F,G,H,I,J
原子数 atom_count	20999

PGSIPLIGERFPEMEVTTDHGVIKLPDHYVSQGKWFVLFSHPADFTPVCTTEFVSFARRYEDFQRLGVDLIGLSVDSVFSHIKWKEWIERHIGVRIPFPIIADPQGTVARRLGLLHAESATHTVRGVFIVDARGVIRTMLYYPMELGRLVDEILRIVKALKLGDSLKRAVPADWPNNEIIGEGLIVPPPTTEDQARARMESGQYRSLDWWFCWDTPASRDDVEEARRYLRRAAEKPAKLLYEEARTHLH

来源 Source

来源生物 organism	Aeropyrum pernix
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	272557
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	PEROXIDE ION
分子量 formula_weight	32.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	10

实体 3 Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	910

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 30 domains

SCOP 2.08 (10 domains)

结构域编号 domain_id	d3a2va_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.47 — Thioredoxin fold
超家族 Superfamily superfamily	c.47.1 — Thioredoxin-like
家族 Family family	c.47.1.10 — Glutathione peroxidase-like

结构域编号 domain_id	d3a2vb_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.47 — Thioredoxin fold
超家族 Superfamily superfamily	c.47.1 — Thioredoxin-like
家族 Family family	c.47.1.10 — Glutathione peroxidase-like

结构域编号 domain_id	d3a2vc_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.47 — Thioredoxin fold
超家族 Superfamily superfamily	c.47.1 — Thioredoxin-like
家族 Family family	c.47.1.10 — Glutathione peroxidase-like

结构域编号 domain_id	d3a2vd_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.47 — Thioredoxin fold
超家族 Superfamily superfamily	c.47.1 — Thioredoxin-like
家族 Family family	c.47.1.10 — Glutathione peroxidase-like

结构域编号 domain_id	d3a2ve_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.47 — Thioredoxin fold
超家族 Superfamily superfamily	c.47.1 — Thioredoxin-like
家族 Family family	c.47.1.10 — Glutathione peroxidase-like

结构域编号 domain_id	d3a2vf_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.47 — Thioredoxin fold
超家族 Superfamily superfamily	c.47.1 — Thioredoxin-like
家族 Family family	c.47.1.10 — Glutathione peroxidase-like

结构域编号 domain_id	d3a2vg_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.47 — Thioredoxin fold
超家族 Superfamily superfamily	c.47.1 — Thioredoxin-like
家族 Family family	c.47.1.10 — Glutathione peroxidase-like

结构域编号 domain_id	d3a2vh_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.47 — Thioredoxin fold
超家族 Superfamily superfamily	c.47.1 — Thioredoxin-like
家族 Family family	c.47.1.10 — Glutathione peroxidase-like

结构域编号 domain_id	d3a2vi_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.47 — Thioredoxin fold
超家族 Superfamily superfamily	c.47.1 — Thioredoxin-like
家族 Family family	c.47.1.10 — Glutathione peroxidase-like

结构域编号 domain_id	d3a2vj_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.47 — Thioredoxin fold
超家族 Superfamily superfamily	c.47.1 — Thioredoxin-like
家族 Family family	c.47.1.10 — Glutathione peroxidase-like

CATH v4.4 (20 domains)

结构域编号 domain_id	3a2vA01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	30 — Glutaredoxin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Glutaredoxin

结构域编号 domain_id	3a2vA02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	1020 — Antioxidant, Horf6; Chain A, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Antioxidant, Horf6; Chain A, domain2

结构域编号 domain_id	3a2vB01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	30 — Glutaredoxin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Glutaredoxin

结构域编号 domain_id	3a2vB02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	1020 — Antioxidant, Horf6; Chain A, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Antioxidant, Horf6; Chain A, domain2

结构域编号 domain_id	3a2vC01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	30 — Glutaredoxin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Glutaredoxin

结构域编号 domain_id	3a2vC02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	1020 — Antioxidant, Horf6; Chain A, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Antioxidant, Horf6; Chain A, domain2

结构域编号 domain_id	3a2vD01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	30 — Glutaredoxin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Glutaredoxin

结构域编号 domain_id	3a2vD02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	1020 — Antioxidant, Horf6; Chain A, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Antioxidant, Horf6; Chain A, domain2

结构域编号 domain_id	3a2vE01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	30 — Glutaredoxin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Glutaredoxin

结构域编号 domain_id	3a2vE02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	1020 — Antioxidant, Horf6; Chain A, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Antioxidant, Horf6; Chain A, domain2

结构域编号 domain_id	3a2vF01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	30 — Glutaredoxin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Glutaredoxin

结构域编号 domain_id	3a2vF02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	1020 — Antioxidant, Horf6; Chain A, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Antioxidant, Horf6; Chain A, domain2

结构域编号 domain_id	3a2vG01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	30 — Glutaredoxin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Glutaredoxin

结构域编号 domain_id	3a2vG02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	1020 — Antioxidant, Horf6; Chain A, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Antioxidant, Horf6; Chain A, domain2

结构域编号 domain_id	3a2vH01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	30 — Glutaredoxin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Glutaredoxin

结构域编号 domain_id	3a2vH02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	1020 — Antioxidant, Horf6; Chain A, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Antioxidant, Horf6; Chain A, domain2

结构域编号 domain_id	3a2vI01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	30 — Glutaredoxin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Glutaredoxin

结构域编号 domain_id	3a2vI02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	1020 — Antioxidant, Horf6; Chain A, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Antioxidant, Horf6; Chain A, domain2

结构域编号 domain_id	3a2vJ01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	30 — Glutaredoxin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Glutaredoxin

结构域编号 domain_id	3a2vJ02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	1020 — Antioxidant, Horf6; Chain A, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Antioxidant, Horf6; Chain A, domain2

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晶胞边长 a length_a	76.208 Å
晶胞边长 b length_b	103.110 Å
晶胞边长 c length_c	104.396 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	106.02 °
晶胞夹角 β angle_beta	104.91 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	92.97 °
晶胞分子数 Z z_pdb	10

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.650 Å
最低分辨率 resolution_low	39.250 Å
R 因子 r_factor	0.1954
R_work r_work	0.1940
R_free r_free	0.2229

Peroxiredoxin (C207S) from Aeropyrum pernix K1 complexed with hydrogen peroxide

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Probable peroxiredoxin

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3a2v__assembly_1__model_1

3a2v__assembly_1__model_1 | I(q)

3a2v__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 30 domains

SCOP 2.08 (10 domains)

CATH v4.4 (20 domains)

7. 引用文献 (1)

Peroxiredoxin (C207S) from Aeropyrum pernix K1 complexed with hydrogen peroxide

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Probable peroxiredoxin

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3a2v__assembly_1__model_1

3a2v__assembly_1__model_1 | I(q)

3a2v__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 30 domains

SCOP 2.08 (10 domains)

CATH v4.4 (20 domains)

7. 引用文献 (1)