Haemophilus influenzae
| Assembly | 物理组成 | 蛋白状态 | 分子拷贝数 | 共同组分 | 数据核对 |
|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 蛋白同源多聚体 | 同源多聚体 | 蛋白 2 | ;(2R,4S)-2-[(1R)-1-({(2R)-2-[(4-ethyl-2,3-dioxopiperazin-1-yl)amino]-2-phenylacetyl}amino)-2-oxoethyl]-5,5-dimethyl-1,3-thiazolidine-4-carboxylic acid ; × 2 water × 2 | 与蛋白数一致 |
| UniProt名称 | A8E0K8_HAEIN |
| Isoform | — |
| PDB实体 | 1 |
| 链与序列区间 | 作者链 A； PDB构建体 2–453； UniProt 28–479 作者链 B； PDB构建体 2–453； UniProt 28–479 |
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| 条目编号 entry_id | 3a3e |
| 沉积日期 deposition_date | 2009-06-12 |
| 结构标题 title | Crystal structure of penicillin binding protein 4 (dacB) from Haemophilus influenzae, complexed with novel beta-lactam (CMV) |
| 关键词 keywords | Penicillin Binding Protein 4, PBP4, dacB, HYDROLASE; HYDROLASE |
| 实验方法 method | X-RAY DIFFRACTION |
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Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)
| Rg（Guinier） | 30.90 Å |
| Rg（电子密度） | 30.00 Å |
| 总 Rg | 30.77 Å |
| 原子数 | 6779 |
| 残基数 | 871 |
| 排除体积 | 121720 ų |
| 最大 q | 0.500 Å⁻¹ |
| 结构域编号 domain_id | d3a3ea1 |
| 类 Class class | e — Multi-domain proteins (alpha and beta) |
| 折叠类型 Fold fold | e.3 — beta-lactamase/transpeptidase-like |
| 超家族 Superfamily superfamily | e.3.1 — beta-lactamase/transpeptidase-like |
| 家族 Family family | e.3.1.3 — Dac-like |
| 结构域编号 domain_id | d3a3ea2 |
| 类 Class class | l — Artifacts |
| 折叠类型 Fold fold | l.1 — Tags |
| 超家族 Superfamily superfamily | l.1.1 — Tags |
| 家族 Family family | l.1.1.1 — Tags |
| 结构域编号 domain_id | d3a3eb1 |
| 类 Class class | e — Multi-domain proteins (alpha and beta) |
| 折叠类型 Fold fold | e.3 — beta-lactamase/transpeptidase-like |
| 超家族 Superfamily superfamily | e.3.1 — beta-lactamase/transpeptidase-like |
| 家族 Family family | e.3.1.3 — Dac-like |
| 结构域编号 domain_id | d3a3eb2 |
| 类 Class class | l — Artifacts |
| 折叠类型 Fold fold | l.1 — Tags |
| 超家族 Superfamily superfamily | l.1.1 — Tags |
| 家族 Family family | l.1.1.1 — Tags |
| 结构域编号 domain_id | 3a3eA01 |
| 类 Class class | 3 — Alpha Beta |
| 架构 Architecture architecture | 40 — 3-Layer(aba) Sandwich |
| 拓扑 Topology topology | 710 — Beta-lactamase |
| 同源超家族 H-superfamily homologous superfamily | 10 — DD-peptidase/beta-lactamase superfamily |
| 结构域编号 domain_id | 3a3eA02 |
| 类 Class class | 3 — Alpha Beta |
| 架构 Architecture architecture | 50 — 3-Layer(bba) Sandwich |
| 拓扑 Topology topology | 80 — D-tyrosyl-trna(Tyr) Deacylase; Chain: A; |
| 同源超家族 H-superfamily homologous superfamily | 20 — D-Ala-D-Ala carboxypeptidase C, peptidase S13 |
| 结构域编号 domain_id | 3a3eB01 |
| 类 Class class | 3 — Alpha Beta |
| 架构 Architecture architecture | 40 — 3-Layer(aba) Sandwich |
| 拓扑 Topology topology | 710 — Beta-lactamase |
| 同源超家族 H-superfamily homologous superfamily | 10 — DD-peptidase/beta-lactamase superfamily |
| 结构域编号 domain_id | 3a3eB02 |
| 类 Class class | 3 — Alpha Beta |
| 架构 Architecture architecture | 50 — 3-Layer(bba) Sandwich |
| 拓扑 Topology topology | 80 — D-tyrosyl-trna(Tyr) Deacylase; Chain: A; |
| 同源超家族 H-superfamily homologous superfamily | 20 — D-Ala-D-Ala carboxypeptidase C, peptidase S13 |