SAXSdb — 3a40

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Vitamin D3 receptor

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白单体	单体	蛋白 1	(1S,2S,3R,5Z,7E,14beta,17alpha,23R)-23-(2-hydroxy-2-methylpropyl)-2-methyl-20,24-epoxy-9,10-secochola-5,7,10-triene-1,3-diol × 1 SULFATE ION × 2 water × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	VDR_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 X； PDB构建体 5–263； UniProt 118–427

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

▼

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	3a40
沉积日期 deposition_date	2009-06-25
结构标题 title	Crystal structure of the human VDR ligand binding domain bound to the synthetic agonist compound 2alpha-methyl-AMCR277B(C23R)
关键词 keywords	Transcription, Structural Genomics, SPINE2, Structural Proteomics in Europe 2, GENE REGULATION, SPINE-2; GENE REGULATION
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

▼

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

3a40__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

3a40__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

3a40__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	20.04 Å
Rg（电子密度）	18.74 Å
总 Rg	19.77 Å
原子数	2069
残基数	255
排除体积	37183 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`3a40__assembly_1__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

▶

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

▶

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Vitamin D3 receptor
分子量 formula_weight	29805.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	X
原子数 atom_count	2567

GSHMDSLRPKLSEEQQRIIAILLDAHHKTYDPTYSDFCQFRPPVRVNDGGGSVTLELSQLSMLPHLADLVSYSIQKVIGFAKMIPGFRDLTSEDQIVLLKSSAIEVIMLRSNESFTMDDMSWTCGNQDYKYRVSDVTKAGHSLELIEPLIKFQVGLKKLNLHEEEHVLLMAICIVSPDRPGVQDAALIEAIQDRLSNTLQTYIRCRHPPPGSHLLYAKMIQKLADLRSLNEEHSKQYRCLSFQPECSMKLTPLVLEVFGNEIS

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	(1S,2S,3R,5Z,7E,14beta,17alpha,23R)-23-(2-hydroxy-2-methylpropyl)-2-methyl-20,24-epoxy-9,10-secochola-5,7,10-triene-1,3-diol
分子量 formula_weight	458.7 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	SULFATE ION
分子量 formula_weight	96.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	458

▼

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_id	d3a40x_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.123 — Nuclear receptor ligand-binding domain
超家族 Superfamily superfamily	a.123.1 — Nuclear receptor ligand-binding domain
家族 Family family	a.123.1.1 — Nuclear receptor ligand-binding domain

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id	3a40X00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	565 — Retinoid X Receptor
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Retinoid X Receptor

▶

晶胞边长 a length_a	44.969 Å
晶胞边长 b length_b	51.496 Å
晶胞边长 c length_c	131.910 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.450 Å
最低分辨率 resolution_low	18.500 Å
R 因子 r_factor	0.1622
R_work r_work	0.1604
R_free r_free	0.1956

Crystal structure of the human VDR ligand binding domain bound to the synthetic agonist compound 2alpha-methyl-AMCR277B(C23R)

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Vitamin D3 receptor

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3a40__assembly_1__model_1

3a40__assembly_1__model_1 | I(q)

3a40__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

CATH v4.4 (1 domains)

7. 引用文献 (1)

Crystal structure of the human VDR ligand binding domain bound to the synthetic agonist compound 2alpha-methyl-AMCR277B(C23R)

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Vitamin D3 receptor

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3a40__assembly_1__model_1

3a40__assembly_1__model_1 | I(q)

3a40__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

CATH v4.4 (1 domains)

7. 引用文献 (1)