3a7a

Crystal structure of E. coli lipoate-protein ligase A in complex with octyl-amp and apoH-protein

Method: X-RAY DIFFRACTION
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Lipoate-protein ligase A

Escherichia coli

UniProt P32099

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 2 Glycine cleavage system H protein × 1 (P0A6T9) N-OCTANE × 1 ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 1 与蛋白数一致
2 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 2 Glycine cleavage system H protein × 1 (P0A6T9) N-OCTANE × 1 ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 1 与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 LPLA_ECOLI
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–337; UniProt 2–338 作者链 C; PDB构建体 1–337; UniProt 2–338

Glycine cleavage system H protein

Escherichia coli

UniProt P0A6T9

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 2 Lipoate-protein ligase A × 1 (P32099) N-OCTANE × 1 ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 1 与蛋白数一致
2 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 2 Lipoate-protein ligase A × 1 (P32099) N-OCTANE × 1 ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 1 与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 GCSH_ECOLI
Isoform —
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 B; PDB构建体 1–128; UniProt 2–129 作者链 D; PDB构建体 1–128; UniProt 2–129

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id3a7a
沉积日期 deposition_date2009-09-20
结构标题 titleCrystal structure of E. coli lipoate-protein ligase A in complex with octyl-amp and apoH-protein
关键词 keywordsADENIYLATE-FORMING ENZYME, ATP-binding, Nucleotide-binding, Transferase, Lipoyl, LIGASE; LIGASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

3a7a__assembly_2__model_1

Assembly 2 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

3a7a__assembly_2__model_1 | I(q)

10-2 10-1 106 107 q (1/Angstrom) I(q)
100 个绘图点;横轴和纵轴均采用对数尺度。

3a7a__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

新版 assembly/model P(r) 尚未计算 此处仅保留位置,不展示旧数据 r (Angstrom) P(r)
P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。
Rg(Guinier)25.38 Å
Rg(电子密度)24.73 Å
总 Rg25.45 Å
原子数3650
残基数464
排除体积64339 ų
最大 q0.500 Å⁻¹
Assembly Model 结构单元 聚集说明 状态 CRYSOL 操作
1 1 3a7a__assembly_1__model_1 dimeric (2) 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
2 1 3a7a__assembly_2__model_1 dimeric (2) 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 12 domains

SCOP 2.08 (6 domains)

结构域编号 domain_idd3a7aa1
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.104 — Class II aaRS and biotin synthetases
超家族 Superfamily superfamilyd.104.1 — Class II aaRS and biotin synthetases
家族 Family familyd.104.1.3 — LplA-like
结构域编号 domain_idd3a7aa2
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.224 — SufE/NifU
超家族 Superfamily superfamilyd.224.1 — SufE/NifU
家族 Family familyd.224.1.3 — SP1160 C-terminal domain-like
结构域编号 domain_idd3a7ab_
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.84 — Barrel-sandwich hybrid
超家族 Superfamily superfamilyb.84.1 — Single hybrid motif
家族 Family familyb.84.1.1 — Biotinyl/lipoyl-carrier proteins and domains
结构域编号 domain_idd3a7ac1
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.104 — Class II aaRS and biotin synthetases
超家族 Superfamily superfamilyd.104.1 — Class II aaRS and biotin synthetases
家族 Family familyd.104.1.3 — LplA-like
结构域编号 domain_idd3a7ac2
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.224 — SufE/NifU
超家族 Superfamily superfamilyd.224.1 — SufE/NifU
家族 Family familyd.224.1.3 — SP1160 C-terminal domain-like
结构域编号 domain_idd3a7ad_
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.84 — Barrel-sandwich hybrid
超家族 Superfamily superfamilyb.84.1 — Single hybrid motif
家族 Family familyb.84.1.1 — Biotinyl/lipoyl-carrier proteins and domains

CATH v4.4 (6 domains)

结构域编号 domain_id3a7aA01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology930 — BirA Bifunctional Protein; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Bira Bifunctional Protein; Domain 2
结构域编号 domain_id3a7aA02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology390 — Enolase-like; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily50 — CO dehydrogenase flavoprotein, C-terminal domain
结构域编号 domain_id3a7aB00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology50 — OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily100 — RNA polymerase II/Efflux pump adaptor protein, barrel-sandwich hybrid domain
结构域编号 domain_id3a7aC01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology930 — BirA Bifunctional Protein; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Bira Bifunctional Protein; Domain 2
结构域编号 domain_id3a7aC02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology390 — Enolase-like; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily50 — CO dehydrogenase flavoprotein, C-terminal domain
结构域编号 domain_id3a7aD00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology50 — OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily100 — RNA polymerase II/Efflux pump adaptor protein, barrel-sandwich hybrid domain
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7. 引用文献 (1)