3a8k

Crystal Structure of ETD97N-EHred complex

Method: X-RAY DIFFRACTION

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Aminomethyltransferase

Escherichia coli

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Glycine cleavage system H protein × 1 （P0A6T9） water × 2	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Glycine cleavage system H protein × 1 （P0A6T9） water × 2	与蛋白数一致
3	蛋白单体	单体	蛋白 1	water × 1	与蛋白数一致
4	蛋白单体	单体	蛋白 1	water × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	GCST_ECOLI
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–364； UniProt 1–364 作者链 B； PDB构建体 1–364； UniProt 1–364 作者链 C； PDB构建体 1–364； UniProt 1–364 作者链 D； PDB构建体 1–364； UniProt 1–364

Glycine cleavage system H protein

Escherichia coli

UniProt P0A6T9

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Aminomethyltransferase × 1 （P27248） water × 2	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Aminomethyltransferase × 1 （P27248） water × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	GCSH_ECOLI
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 E； PDB构建体 1–129； UniProt 1–129 作者链 F； PDB构建体 1–129； UniProt 1–129

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

▼

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	3a8k
沉积日期 deposition_date	2009-10-06
结构标题 title	Crystal Structure of ETD97N-EHred complex
关键词 keywords	Glycine Cleavage System, Aminotransferase, Transferase, Lipoyl, TRANSFERASE-TRANSPORT PROTEIN COMPLEX; TRANSFERASE/TRANSPORT PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

▼

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

3a8k__assembly_4__model_1

Assembly 4 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

3a8k__assembly_4__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

3a8k__assembly_4__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	22.07 Å
Rg（电子密度）	20.90 Å
总 Rg	21.72 Å
原子数	2809
残基数	362
排除体积	49805 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`3a8k__assembly_1__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`3a8k__assembly_2__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
3	1	`3a8k__assembly_3__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
4	1	`3a8k__assembly_4__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

▶

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

▶

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Aminomethyltransferase
分子量 formula_weight	40189.6 kDa
EC 编号 ec_number	2.1.2.10
突变 mutation	D97N
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D
原子数 atom_count	14698

MAQQTPLYEQHTLCGARMVDFHGWMMPLHYGSQIDEHHAVRTDAGMFDVSHMTIVDLRGSRTREFLRYLLANDVAKLTKSGKALYSGMLNASGGVIDNLIVYYFTEDFFRLVVNSATREKDLSWITQHAEPFGIEITVRDDLSMIAVQGPNAQAKAATLFNDAQRQAVEGMKPFFGVQAGDLFIATTGYTGEAGYEIALPNEKAADFWRALVEAGVKPCGLGARDTLRLEAGMNLYGQEMDETISPLAANMGWTIAWEPADRDFIGREALEVQREHGTEKLVGLVMTEKGVLRNELPVRFTDAQGNQHEGIITSGTFSPTLGYSIALARVPEGIGETAIVQIRNREMPVKVTKPVFVRNGKAVA

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	83333
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Glycine cleavage system H protein
分子量 formula_weight	14009.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E,F

MSNVPAELKYSKEHEWLRKEADGTYTVGITEHAQELLGDMVFVDLPEVGATVSAGDDCAVAESVKAASDIYAPVSGEIVAVNDALSDSPELVNSEPYAGGWIFKIKASDESELESLLDATAYEALLEDE

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	83333
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1495

▼

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 28 domains

SCOP 2.08 (10 domains)

结构域编号 domain_id	d3a8ka1
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.250 — Folate-binding domain
超家族 Superfamily superfamily	d.250.1 — Folate-binding domain
家族 Family family	d.250.1.1 — Aminomethyltransferase folate-binding domain

结构域编号 domain_id	d3a8ka2
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.44 — Elongation factor/aminomethyltransferase common domain
超家族 Superfamily superfamily	b.44.2 — Aminomethyltransferase beta-barrel domain
家族 Family family	b.44.2.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d3a8kb1
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.250 — Folate-binding domain
超家族 Superfamily superfamily	d.250.1 — Folate-binding domain
家族 Family family	d.250.1.1 — Aminomethyltransferase folate-binding domain

结构域编号 domain_id	d3a8kb2
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.44 — Elongation factor/aminomethyltransferase common domain
超家族 Superfamily superfamily	b.44.2 — Aminomethyltransferase beta-barrel domain
家族 Family family	b.44.2.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d3a8kc1
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.250 — Folate-binding domain
超家族 Superfamily superfamily	d.250.1 — Folate-binding domain
家族 Family family	d.250.1.1 — Aminomethyltransferase folate-binding domain

结构域编号 domain_id	d3a8kc2
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.44 — Elongation factor/aminomethyltransferase common domain
超家族 Superfamily superfamily	b.44.2 — Aminomethyltransferase beta-barrel domain
家族 Family family	b.44.2.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d3a8kd1
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.250 — Folate-binding domain
超家族 Superfamily superfamily	d.250.1 — Folate-binding domain
家族 Family family	d.250.1.1 — Aminomethyltransferase folate-binding domain

结构域编号 domain_id	d3a8kd2
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.44 — Elongation factor/aminomethyltransferase common domain
超家族 Superfamily superfamily	b.44.2 — Aminomethyltransferase beta-barrel domain
家族 Family family	b.44.2.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d3a8ke_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.84 — Barrel-sandwich hybrid
超家族 Superfamily superfamily	b.84.1 — Single hybrid motif
家族 Family family	b.84.1.1 — Biotinyl/lipoyl-carrier proteins and domains

结构域编号 domain_id	d3a8kf_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.84 — Barrel-sandwich hybrid
超家族 Superfamily superfamily	b.84.1 — Single hybrid motif
家族 Family family	b.84.1.1 — Biotinyl/lipoyl-carrier proteins and domains

CATH v4.4 (18 domains)

结构域编号 domain_id	3a8kA01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	1360 — Gyrase A; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	120 — Probable tRNA modification gtpase trme; domain 1

结构域编号 domain_id	3a8kA02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1400 — Aminomethyltransferase beta-barrel domains

结构域编号 domain_id	3a8kA03
类 Class class	4 — Few Secondary Structures
架构 Architecture architecture	10 — Irregular
拓扑 Topology topology	1250 — Aminomethyltransferase fragment
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Aminomethyltransferase fragment

结构域编号 domain_id	3a8kA04
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	30 — Elongation Factor Tu (Ef-tu); domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	110 — Aminomethyltransferase beta-barrel domains

结构域编号 domain_id	3a8kB01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	1360 — Gyrase A; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	120 — Probable tRNA modification gtpase trme; domain 1

结构域编号 domain_id	3a8kB02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1400 — Aminomethyltransferase beta-barrel domains

结构域编号 domain_id	3a8kB03
类 Class class	4 — Few Secondary Structures
架构 Architecture architecture	10 — Irregular
拓扑 Topology topology	1250 — Aminomethyltransferase fragment
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Aminomethyltransferase fragment

结构域编号 domain_id	3a8kB04
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	30 — Elongation Factor Tu (Ef-tu); domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	110 — Aminomethyltransferase beta-barrel domains

结构域编号 domain_id	3a8kC01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	1360 — Gyrase A; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	120 — Probable tRNA modification gtpase trme; domain 1

结构域编号 domain_id	3a8kC02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1400 — Aminomethyltransferase beta-barrel domains

结构域编号 domain_id	3a8kC03
类 Class class	4 — Few Secondary Structures
架构 Architecture architecture	10 — Irregular
拓扑 Topology topology	1250 — Aminomethyltransferase fragment
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Aminomethyltransferase fragment

结构域编号 domain_id	3a8kC04
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	30 — Elongation Factor Tu (Ef-tu); domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	110 — Aminomethyltransferase beta-barrel domains

结构域编号 domain_id	3a8kD01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	1360 — Gyrase A; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	120 — Probable tRNA modification gtpase trme; domain 1

结构域编号 domain_id	3a8kD02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1400 — Aminomethyltransferase beta-barrel domains

结构域编号 domain_id	3a8kD03
类 Class class	4 — Few Secondary Structures
架构 Architecture architecture	10 — Irregular
拓扑 Topology topology	1250 — Aminomethyltransferase fragment
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Aminomethyltransferase fragment

结构域编号 domain_id	3a8kD04
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	30 — Elongation Factor Tu (Ef-tu); domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	110 — Aminomethyltransferase beta-barrel domains

结构域编号 domain_id	3a8kE00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	50 — OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	100 — RNA polymerase II/Efflux pump adaptor protein, barrel-sandwich hybrid domain

结构域编号 domain_id	3a8kF00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	50 — OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	100 — RNA polymerase II/Efflux pump adaptor protein, barrel-sandwich hybrid domain

▶

晶胞边长 a length_a	54.122 Å
晶胞边长 b length_b	88.412 Å
晶胞边长 c length_c	97.863 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	91.56 °
晶胞夹角 β angle_beta	102.42 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	89.59 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.950 Å
最低分辨率 resolution_low	43.970 Å
R 因子 r_factor	0.1739
R_work r_work	0.1709
R_free r_free	0.2291

Crystal Structure of ETD97N-EHred complex

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Aminomethyltransferase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Glycine cleavage system H protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3a8k__assembly_4__model_1

3a8k__assembly_4__model_1 | I(q)

3a8k__assembly_4__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 28 domains

SCOP 2.08 (10 domains)

CATH v4.4 (18 domains)

7. 引用文献 (1)

Crystal Structure of ETD97N-EHred complex

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Aminomethyltransferase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Glycine cleavage system H protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3a8k__assembly_4__model_1

3a8k__assembly_4__model_1 | I(q)

3a8k__assembly_4__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 28 domains

SCOP 2.08 (10 domains)

CATH v4.4 (18 domains)

7. 引用文献 (1)