3ab2

Crystal structure of aspartate kinase from Corynebacterium glutamicum in complex with threonine

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Aspartokinase

Corynebacterium glutamicum

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 4	THREONINE × 4 water × 4	与蛋白数一致
2	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 4	THREONINE × 4 water × 4	与蛋白数一致
3	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 4	THREONINE × 3 water × 4	与蛋白数一致
4	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 4	THREONINE × 4 water × 4	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	AK_CORGL
Isoform	—
PDB实体	1, 2
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–421； UniProt 1–421 作者链 C； PDB构建体 1–421； UniProt 1–421 作者链 E； PDB构建体 1–421； UniProt 1–421 作者链 G； PDB构建体 1–421； UniProt 1–421 作者链 I； PDB构建体 1–421； UniProt 1–421 作者链 K； PDB构建体 1–421； UniProt 1–421 作者链 M； PDB构建体 1–421； UniProt 1–421 作者链 O； PDB构建体 1–421； UniProt 1–421 作者链 B； PDB构建体 2–172； UniProt 251–421 作者链 D； PDB构建体 2–172； UniProt 251–421 作者链 F； PDB构建体 2–172； UniProt 251–421 作者链 H； PDB构建体 2–172； UniProt 251–421 作者链 J； PDB构建体 2–172； UniProt 251–421 作者链 L； PDB构建体 2–172； UniProt 251–421 作者链 N； PDB构建体 2–172； UniProt 251–421 作者链 P； PDB构建体 2–172； UniProt 251–421

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	3ab2
沉积日期 deposition_date	2009-11-30
结构标题 title	Crystal structure of aspartate kinase from Corynebacterium glutamicum in complex with threonine
关键词 keywords	;aspartate kinase, concerted inhibition, Alternative initiation, Amino-acid biosynthesis, ATP-binding, Diaminopimelate biosynthesis, Kinase, Lysine biosynthesis, Nucleotide-binding, Transferase ;; TRANSFERASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

3ab2__assembly_2__model_1

Assembly 2 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

3ab2__assembly_2__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

3ab2__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	40.82 Å
Rg（电子密度）	41.02 Å
总 Rg	41.01 Å
原子数	7976
残基数	1076
排除体积	141790 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`3ab2__assembly_1__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`3ab2__assembly_2__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
3	1	`3ab2__assembly_3__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
4	1	`3ab2__assembly_4__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Aspartokinase
分子量 formula_weight	44798.5 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.2.4
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	8

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,C,E,G,I,K,M,O
原子数 atom_count	31975

MALVVQKYGGSSLESAERIRNVAERIVATKKAGNDVVVVCSAMGDTTDELLELAAAVNPVPPAREMDMLLTAGERISNALVAMAIESLGAEAQSFTGSQAGVLTTERHGNARIVDVTPGRVREALDEGKICIVAGFQGVNKETRDVTTLGRGGSDTTAVALAAALNADVCEIYSDVDGVYTADPRIVPNAQKLEKLSFEEMLELAAVGSKILVLRSVEYARAFNVPLRVRSSYSNDPGTLIAGSMEDIPVEEAVLTGVATDKSEAKVTVLGISDKPGEAAKVFRALADAEINIDMVLQNVSSVEDGTTDITFTCPRSDGRRAMEILKKLQVQGNWTNVLYDDQVGKVSLVGAGMKSHPGVTAEFMEALRDVNVNIELISTSEIRISVLIREDDLDAAARALHEQFQLGGEDEAVVYAGTGR

来源 Source

来源生物 organism	Corynebacterium glutamicum
通用名 common_name	Brevibacterium flavum
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1718
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Aspartokinase
分子量 formula_weight	19384.8 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.2.4
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	8

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,D,F,H,J,L,N,P

MEEAVLTGVATDKSEAKVTVLGISDKPGEAAKVFRALADAEINIDMVLQNVSSVEDGTTDITFTCPRSDGRRAMEILKKLQVQGNWTNVLYDDQVGKVSLVGAGMKSHPGVTAEFMEALRDVNVNIELISTSEIRISVLIREDDLDAAARALHEQFQLGGEDEAVVYAGTGRHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Corynebacterium glutamicum
通用名 common_name	Brevibacterium flavum
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1718
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	THREONINE
分子量 formula_weight	119.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	15

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	246

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 32 domains

CATH v4.4 (32 domains)

结构域编号 domain_id	3ab2A01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	1160 — Carbamate kinase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Acetylglutamate kinase-like

结构域编号 domain_id	3ab2A02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	2130 — VC0802-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — VC0802-like

结构域编号 domain_id	3ab2B01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	260 — ACT domain

结构域编号 domain_id	3ab2B02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	260 — ACT domain

结构域编号 domain_id	3ab2C01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	1160 — Carbamate kinase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Acetylglutamate kinase-like

结构域编号 domain_id	3ab2C02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	2130 — VC0802-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — VC0802-like

结构域编号 domain_id	3ab2D01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	260 — ACT domain

结构域编号 domain_id	3ab2D02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	260 — ACT domain

结构域编号 domain_id	3ab2E01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	1160 — Carbamate kinase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Acetylglutamate kinase-like

结构域编号 domain_id	3ab2E02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	2130 — VC0802-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — VC0802-like

结构域编号 domain_id	3ab2F01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	260 — ACT domain

结构域编号 domain_id	3ab2F02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	260 — ACT domain

结构域编号 domain_id	3ab2G01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	1160 — Carbamate kinase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Acetylglutamate kinase-like

结构域编号 domain_id	3ab2G02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	2130 — VC0802-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — VC0802-like

结构域编号 domain_id	3ab2H01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	260 — ACT domain

结构域编号 domain_id	3ab2H02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	260 — ACT domain

结构域编号 domain_id	3ab2I01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	1160 — Carbamate kinase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Acetylglutamate kinase-like

结构域编号 domain_id	3ab2I02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	2130 — VC0802-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — VC0802-like

结构域编号 domain_id	3ab2J01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	260 — ACT domain

结构域编号 domain_id	3ab2J02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	260 — ACT domain

结构域编号 domain_id	3ab2K01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	1160 — Carbamate kinase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Acetylglutamate kinase-like

结构域编号 domain_id	3ab2K02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	2130 — VC0802-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — VC0802-like

结构域编号 domain_id	3ab2L01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	260 — ACT domain

结构域编号 domain_id	3ab2L02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	260 — ACT domain

结构域编号 domain_id	3ab2M01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	1160 — Carbamate kinase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Acetylglutamate kinase-like

结构域编号 domain_id	3ab2M02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	2130 — VC0802-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — VC0802-like

结构域编号 domain_id	3ab2N01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	260 — ACT domain

结构域编号 domain_id	3ab2N02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	260 — ACT domain

结构域编号 domain_id	3ab2O01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	1160 — Carbamate kinase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Acetylglutamate kinase-like

结构域编号 domain_id	3ab2O02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	2130 — VC0802-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — VC0802-like

结构域编号 domain_id	3ab2P01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	260 — ACT domain

结构域编号 domain_id	3ab2P02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	260 — ACT domain

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晶胞边长 a length_a	101.833 Å
晶胞边长 b length_b	119.093 Å
晶胞边长 c length_c	124.384 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	71.85 °
晶胞夹角 β angle_beta	69.48 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	72.72 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.590 Å
最低分辨率 resolution_low	42.040 Å
R 因子 r_factor	0.2344
R_work r_work	0.2320
R_free r_free	0.2802

Crystal structure of aspartate kinase from Corynebacterium glutamicum in complex with threonine

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Aspartokinase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3ab2__assembly_2__model_1

3ab2__assembly_2__model_1 | I(q)

3ab2__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 32 domains

CATH v4.4 (32 domains)

7. 引用文献 (2)

Crystal structure of aspartate kinase from Corynebacterium glutamicum in complex with threonine

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Aspartokinase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3ab2__assembly_2__model_1

3ab2__assembly_2__model_1 | I(q)

3ab2__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 32 domains

CATH v4.4 (32 domains)

7. 引用文献 (2)