SAXSdb — 3abq

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Ethanolamine ammonia-lyase heavy chain

Escherichia coli

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 12	Ethanolamine ammonia-lyase light chain × 6 （P19636） (2S)-2-aminopropan-1-ol × 6 GLYCEROL × 24 COBALAMIN × 6 water × 12	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	Ethanolamine ammonia-lyase light chain × 2 （P19636） (2S)-2-aminopropan-1-ol × 2 GLYCEROL × 8 COBALAMIN × 2 water × 4	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	EUTB_ECOLI
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–453； UniProt 1–453 作者链 C； PDB构建体 1–453； UniProt 1–453

Ethanolamine ammonia-lyase light chain

Escherichia coli

UniProt P19636

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 12	Ethanolamine ammonia-lyase heavy chain × 6 （P0AEJ6） (2S)-2-aminopropan-1-ol × 6 GLYCEROL × 24 COBALAMIN × 6 water × 12	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	Ethanolamine ammonia-lyase heavy chain × 2 （P0AEJ6） (2S)-2-aminopropan-1-ol × 2 GLYCEROL × 8 COBALAMIN × 2 water × 4	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	EUTC_ECOLI
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 12–306； UniProt 1–295 作者链 D； PDB构建体 12–306； UniProt 1–295

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	3abq
沉积日期 deposition_date	2009-12-21
结构标题 title	Crystal structure of ethanolamine ammonia-lyase from Escherichia coli complexed with CN-Cbl and 2-amino-1-propanol
关键词 keywords	(beta/alpha)8 fold, Cobalt, Lyase, Cobalamin; LYASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

3abq__assembly_2__model_1

Assembly 2 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

3abq__assembly_2__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

3abq__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	33.16 Å
Rg（电子密度）	32.55 Å
总 Rg	33.16 Å
原子数	10975
残基数	1406
排除体积	195480 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`3abq__assembly_1__model_1`	dodecameric （12）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`3abq__assembly_2__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Ethanolamine ammonia-lyase heavy chain
分子量 formula_weight	49447.8 kDa
EC 编号 ec_number	4.3.1.7
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,C
原子数 atom_count	12057

MKLKTTLFGNVYQFKDVKEVLAKANELRSGDVLAGVAAASSQERVAAKQVLSEMTVADIRNNPVIAYEDDCVTRLIQDDVNETAYNQIKNWSISELREYVLSDETSVDDIAFTRKGLTSEVVAAVAKICSNADLIYGAKKMPVIKKANTTIGIPGTFSARLQPNDTRDDVQSIAAQIYEGLSFGVGDAVIGVNPVTDDVENLSRVLDTIYGVIDKFNIPTQGCVLAHVTTQIEAIRRGAPGGLIFQSICGSEKGLKEFGVELAMLDEARAVGAEFNRIAGENCLYFETGQGSALSAGANFGADQVTMEARNYGLARHYDPFIVNTVVGFIGPEYLYNDRQIIRAGLEDHFMGKLSGISMGCDCCYTNHADADQNLNENLMILLATAGCNYIMGMPLGDDIMLNYQTTAFHDTATVRQLLNLRPSPEFERWLESMGIMANGRLTKRAGDPSLFF

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	83333
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Ethanolamine ammonia-lyase light chain
分子量 formula_weight	33197.0 kDa
EC 编号 ec_number	4.3.1.7
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,D

MDQSSHHHHHHMDQKQIEEIVRSVMASMGQAAPAPSEAKCATTNCAAPVTSESCALDLGSAEAKAWIGVENPHRADVLTELRRSTVARVCTGRAGPRPRTQALLRFLADHSRSKDTVLKEVPEEWVKAQGLLEVRSEISDKNLYLTRPDMGRRLCAEAVEALKAQCVANPDVQVVISDGLSTDAITVNYEEILPPLMAGLKQAGLKVGTPFFVRYGRVKIEDQIGEILGAKVVILLVGERPGLGQSESLSCYAVYSPRMATTVEADRTCISNIHQGGTPPVEAAAVIVDLAKRMLEQKASGINMTR

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	83333
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	(2S)-2-aminopropan-1-ol
分子量 formula_weight	75.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	8

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	COBALAMIN
分子量 formula_weight	1330.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 6 Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1010

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 11 domains

CATH v4.4 (11 domains)

结构域编号 domain_id	3abqA01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	30 — Roll
拓扑 Topology topology	170 — Ribosomal Protein L24e; Chain: T;
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 — ethanolamine ammonia-lyase heavy chain domain like

结构域编号 domain_id	3abqA02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	220 — Annexin V; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	70 — lyase

结构域编号 domain_id	3abqA03
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	20 — Alpha-Beta Barrel
拓扑 Topology topology	20 — TIM Barrel
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	70 — Aldolase class I

结构域编号 domain_id	3abqB01
类 Class class	6 — Special
架构 Architecture architecture	10 — Helix non-globular
拓扑 Topology topology	140 — Helix Hairpins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	690 —

结构域编号 domain_id	3abqB02
类 Class class	6 — Special
架构 Architecture architecture	10 — Helix non-globular
拓扑 Topology topology	250 — Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	2060 —

结构域编号 domain_id	3abqB03
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	11240 — Ethanolamine ammonia-lyase light chain (EutC)

结构域编号 domain_id	3abqC01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	30 — Roll
拓扑 Topology topology	170 — Ribosomal Protein L24e; Chain: T;
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 — ethanolamine ammonia-lyase heavy chain domain like

结构域编号 domain_id	3abqC02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	220 — Annexin V; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	70 — lyase

结构域编号 domain_id	3abqC03
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	20 — Alpha-Beta Barrel
拓扑 Topology topology	20 — TIM Barrel
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	70 — Aldolase class I

结构域编号 domain_id	3abqD01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	30 — DNA Binding (I), subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	40 — Ethanolamine ammonia-lyase light chain (EutC), N-terminal domain

结构域编号 domain_id	3abqD02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	11240 — Ethanolamine ammonia-lyase light chain (EutC)

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晶胞边长 a length_a	241.870 Å
晶胞边长 b length_b	241.870 Å
晶胞边长 c length_c	76.290 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	12

空间群 space_group	P 63
空间群编号 int_tables_number	173
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.050 Å
最低分辨率 resolution_low	50.000 Å
R 因子 r_factor	0.2317
R_work r_work	0.2298
R_free r_free	0.2686

Crystal structure of ethanolamine ammonia-lyase from Escherichia coli complexed with CN-Cbl and 2-amino-1-propanol

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Ethanolamine ammonia-lyase heavy chain

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Ethanolamine ammonia-lyase light chain

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3abq__assembly_2__model_1

3abq__assembly_2__model_1 | I(q)

3abq__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 11 domains

CATH v4.4 (11 domains)

7. 引用文献 (1)

Crystal structure of ethanolamine ammonia-lyase from Escherichia coli complexed with CN-Cbl and 2-amino-1-propanol

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Ethanolamine ammonia-lyase heavy chain

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Ethanolamine ammonia-lyase light chain

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3abq__assembly_2__model_1

3abq__assembly_2__model_1 | I(q)

3abq__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 11 domains

CATH v4.4 (11 domains)

7. 引用文献 (1)