3aea

Crystal structure of porcine heart mitochondrial complex II bound with N-(3-Dimethylaminomethyl-phenyl)-2-trifluoromethyl-benzamide

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Succinate dehydrogenase [ubiquinone] flavoprotein subunit, mitochondrial

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	Succinate dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur subunit, mitochondrial × 1 （Q007T0） Succinate dehydrogenase cytochrome b560 subunit, mitochondrial × 1 （D0VWV4） Succinate dehydrogenase [ubiquinone] cytochrome b small subunit, mitochondrial × 1 （A5GZW8） FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE × 1 MALONATE ION × 1 FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 1 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 FE3-S4 CLUSTER × 1 PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 1 N-{3-[(dimethylamino)methyl]phenyl}-2-(trifluoromethyl)benzamide × 1 L-ALPHA-PHOSPHATIDYL-BETA-OLEOYL-GAMMA-PALMITOYL-PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	DHSA_PIG
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–622； UniProt 43–664

Succinate dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur subunit, mitochondrial

物种未注明

UniProt Q007T0

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	Succinate dehydrogenase [ubiquinone] flavoprotein subunit, mitochondrial × 1 （Q0QF01） Succinate dehydrogenase cytochrome b560 subunit, mitochondrial × 1 （D0VWV4） Succinate dehydrogenase [ubiquinone] cytochrome b small subunit, mitochondrial × 1 （A5GZW8） FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE × 1 MALONATE ION × 1 FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 1 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 FE3-S4 CLUSTER × 1 PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 1 N-{3-[(dimethylamino)methyl]phenyl}-2-(trifluoromethyl)benzamide × 1 L-ALPHA-PHOSPHATIDYL-BETA-OLEOYL-GAMMA-PALMITOYL-PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	DHSB_PIG
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–252； UniProt 29–280

Succinate dehydrogenase cytochrome b560 subunit, mitochondrial

物种未注明

UniProt D0VWV4

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	Succinate dehydrogenase [ubiquinone] flavoprotein subunit, mitochondrial × 1 （Q0QF01） Succinate dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur subunit, mitochondrial × 1 （Q007T0） Succinate dehydrogenase [ubiquinone] cytochrome b small subunit, mitochondrial × 1 （A5GZW8） FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE × 1 MALONATE ION × 1 FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 1 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 FE3-S4 CLUSTER × 1 PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 1 N-{3-[(dimethylamino)methyl]phenyl}-2-(trifluoromethyl)benzamide × 1 L-ALPHA-PHOSPHATIDYL-BETA-OLEOYL-GAMMA-PALMITOYL-PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	C560_PIG
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 1–140； UniProt 30–169

Succinate dehydrogenase [ubiquinone] cytochrome b small subunit, mitochondrial

物种未注明

UniProt A5GZW8

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	Succinate dehydrogenase [ubiquinone] flavoprotein subunit, mitochondrial × 1 （Q0QF01） Succinate dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur subunit, mitochondrial × 1 （Q007T0） Succinate dehydrogenase cytochrome b560 subunit, mitochondrial × 1 （D0VWV4） FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE × 1 MALONATE ION × 1 FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 1 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 FE3-S4 CLUSTER × 1 PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 1 N-{3-[(dimethylamino)methyl]phenyl}-2-(trifluoromethyl)benzamide × 1 L-ALPHA-PHOSPHATIDYL-BETA-OLEOYL-GAMMA-PALMITOYL-PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	DHSD_PIG
Isoform	—
PDB实体	4
链与序列区间	作者链 D； PDB构建体 1–103； UniProt 57–159

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	3aea
沉积日期 deposition_date	2010-02-04
结构标题 title	Crystal structure of porcine heart mitochondrial complex II bound with N-(3-Dimethylaminomethyl-phenyl)-2-trifluoromethyl-benzamide
关键词 keywords	;respiratory complex II, inhibitors, Electron transport, Iron, Iron-sulfur, Metal-binding, Mitochondrion, Mitochondrion inner membrane, Oxidoreductase, Transit peptide, Transport, Tricarboxylic acid cycle, Heme, Transmembrane, FAD-binding protein, OXIDOREDUCTASE-OXIDOREDUCTASE INHIBITOR complex ;; OXIDOREDUCTASE/OXIDOREDUCTASE INHIBITOR
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

3aea__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

3aea__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

3aea__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	32.74 Å
Rg（电子密度）	33.28 Å
总 Rg	33.51 Å
原子数	8669
残基数	1092
排除体积	154510 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`3aea__assembly_1__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (12)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Succinate dehydrogenase [ubiquinone] flavoprotein subunit, mitochondrial
分子量 formula_weight	68313.2 kDa
EC 编号 ec_number	1.3.5.1
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	8669

SSAKVSDAISTQYPVVDHEFDAVVVGAGGAGLRAAFGLSEAGFNTACVTKLFPTRSHTVAAQGGINAALGNMEEDNWRWHFYDTVKGSDWLGDQDAIHYMTEQAPASVVELENYGMPFSRTEDGKIYQRAFGGQSLKFGKGGQAHRCCCVADRTGHSLLHTLYGRSLRYDTSYFVEYFALDLLMENGECRGVIALCIEDGSIHRIRARNTVVATGGYGRTYFSCTSAHTSTGDGTAMVTRAGLPCQDLEFVQFHPTGIYGAGCLITEGCRGEGGILINSQGERFMERYAPVAKDLASRDVVSRSMTLEIREGRGCGPEKDHVYLQLHHLPPEQLAVRLPGISETAMIFAGVDVTKEPIPVLPTVHYNMGGIPTNYKGQVLRHVNGQDQVVPGLYACGEAACASVHGANRLGANSLLDLVVFGRACALSIAESCRPGDKVPSIKPNAGEESVMNLDKLRFANGTIRTSELRLSMQKSMQSHAAVFRVGSVLQEGCEKILRLYGDLQHLKTFDRGMVWNTDLVETLELQNLMLCALQTIYGAEARKESRGAHAREDFKERVDEYDYSKPIQGQQKKPFQEHWRKHTLSYVDVKTGKVSLEYRPVIDKTLNEADCATVPPAIRSY

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Succinate dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur subunit, mitochondrial
分子量 formula_weight	28764.2 kDa
EC 编号 ec_number	1.3.5.1
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

AQTAAATAPRIKKFAIYRWDPDKTGDKPHMQTYEIDLNNCGPMVLDALIKIKNEIDSTLTFRRSCREGICGSCAMNINGGNTLACTRRIDTNLDKVSKIYPLPHMYVIKDLVPDLSNFYAQYKSIEPYLKKKDESQEGKQQYLQSIEEREKLDGLYECILCACCSTSCPSYWWNGDKYLGPAVLMQAYRWMIDSRDDFTEERLAKLQDPFSLYRCHTIMNCTGTCPKGLNPGKAIAEIKKMMATYKEKKASA

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Succinate dehydrogenase cytochrome b560 subunit, mitochondrial
分子量 formula_weight	15304.1 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

LGTTAKEEMERFWNKNLGSNRPLSPHITIYRWSLPMAMSICHRGTGIALSAGVSLFGLSALLLPGNFESHLELVKSLCLGPTLIYTAKFGIVFPLMYHTWNGIRHLIWDLGKGLTIPQLTQSGVVVLILTVLSSVGLAAM

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	Succinate dehydrogenase [ubiquinone] cytochrome b small subunit, mitochondrial
分子量 formula_weight	10936.8 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D

ASSKAASLHWTGERVVSVLLLGLLPAAYLNPCSAMDYSLAAALTLHGHWGIGQVVTDYVRGDALQKAAKAGLLALSAFTFAGLCYFNYHDVGICKAVAMLWKL

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE
分子量 formula_weight	785.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	MALONATE ION
分子量 formula_weight	102.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 7 Entity 7 non-polymer

描述 description	FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER
分子量 formula_weight	175.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 8 Entity 8 non-polymer

描述 description	IRON/SULFUR CLUSTER
分子量 formula_weight	351.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 9 Entity 9 non-polymer

描述 description	FE3-S4 CLUSTER
分子量 formula_weight	295.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 10 Entity 10 non-polymer

描述 description	PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE
分子量 formula_weight	616.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 11 Entity 11 non-polymer

描述 description	N-{3-[(dimethylamino)methyl]phenyl}-2-(trifluoromethyl)benzamide
分子量 formula_weight	322.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 12 Entity 12 non-polymer

描述 description	L-ALPHA-PHOSPHATIDYL-BETA-OLEOYL-GAMMA-PALMITOYL-PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE
分子量 formula_weight	709.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 9 domains

CATH v4.4 (9 domains)

结构域编号 domain_id	3aeaA01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	50 — 3-Layer(bba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — FAD/NAD(P)-binding domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	60 — FAD/NAD(P)-binding domain

结构域编号 domain_id	3aeaA02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	700 — Flavocytochrome C3; Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Succinate dehydrogenase/fumarate reductase flavoprotein, catalytic domain

结构域编号 domain_id	3aeaA03
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	58 — Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	100 — Fumarate reductase/succinate dehydrogenase flavoprotein-like, C-terminal domain

结构域编号 domain_id	3aeaA04
类 Class class	4 — Few Secondary Structures
架构 Architecture architecture	10 — Irregular
拓扑 Topology topology	80 — Rhinovirus 14, subunit 4
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	40 — succinate dehydrogenase protein domain

结构域编号 domain_id	3aeaB01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	20 — Ubiquitin-like (UB roll)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 — Beta-grasp domain

结构域编号 domain_id	3aeaB02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	1060 — Fumarate Reductase Iron-sulfur Protein; Chain B, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Alpha-helical ferredoxin

结构域编号 domain_id	3aeaC01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	5 — Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	540 — Single helix bin

结构域编号 domain_id	3aeaC02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	1300 — 3 helical TM bundles of succinate and fumarate reductases
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Fumarate reductase/succinate dehydrogenase, transmembrane subunit

结构域编号 domain_id	3aeaD00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	1300 — 3 helical TM bundles of succinate and fumarate reductases
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Fumarate reductase/succinate dehydrogenase, transmembrane subunit

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晶胞边长 a length_a	71.505 Å
晶胞边长 b length_b	83.751 Å
晶胞边长 c length_c	294.959 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.390 Å
最低分辨率 resolution_low	43.770 Å
R 因子 r_factor	0.2390
R_work r_work	0.2360
R_free r_free	0.2860

Crystal structure of porcine heart mitochondrial complex II bound with N-(3-Dimethylaminomethyl-phenyl)-2-trifluoromethyl-benzamide

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Succinate dehydrogenase [ubiquinone] flavoprotein subunit, mitochondrial

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Succinate dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur subunit, mitochondrial

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Succinate dehydrogenase cytochrome b560 subunit, mitochondrial

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Succinate dehydrogenase [ubiquinone] cytochrome b small subunit, mitochondrial

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3aea__assembly_1__model_1

3aea__assembly_1__model_1 | I(q)

3aea__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (12)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

实体 8 Entity 8 non-polymer

实体 9 Entity 9 non-polymer

实体 10 Entity 10 non-polymer

实体 11 Entity 11 non-polymer

实体 12 Entity 12 non-polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 9 domains

CATH v4.4 (9 domains)

7. 引用文献 (1)