SAXSdb — 3aga

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Red chlorophyll catabolite reductase, chloroplastic

Arabidopsis thaliana

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 2	;3-{(2Z,3S,4S)-5-[(Z)-(4-ethenyl-3-methyl-5-oxo-1,5-dihydro-2H-pyrrol-2-ylidene)methyl]-2-[(5R)-2-[(3-ethyl-5-formyl-4-methyl-1H-pyrrol-2-yl)methyl]-5-(methoxycarbonyl)-3-methyl-4-oxo-4,5-dihydrocyclopenta[b]pyrrol-6(1H)-ylidene]-4-methyl-3,4-dihydro-2H-pyrrol-3-yl}propanoic acid ; × 2 SODIUM ION × 2 water × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	RCCR_ARATH
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 6–276； UniProt 49–319 作者链 B； PDB构建体 6–276； UniProt 49–319

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	3aga
沉积日期 deposition_date	2010-03-30
结构标题 title	Crystal structure of RCC-bound red chlorophyll catabolite reductase from Arabidopsis thaliana
关键词 keywords	chlorophyll degradation, enzyme-substrate complex, Chlorophyll catabolism, Chloroplast, NADP, Oxidoreductase, Transit peptide; OXIDOREDUCTASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

3aga__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

3aga__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

3aga__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	26.49 Å
Rg（电子密度）	25.25 Å
总 Rg	26.12 Å
原子数	4341
残基数	536
排除体积	77514 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`3aga__assembly_1__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Red chlorophyll catabolite reductase, chloroplastic
分子量 formula_weight	31395.8 kDa
EC 编号 ec_number	1.3.1.80
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	4368

GPLGSRRKFMEFPYVSPTRKQLMVDLMSTVENRLQSQLLPCNLPPDVRNFNNPNGSAEASLHIRSGDKSSPIDFVIGSWIHCKIPTGVSLNITSISGFLNSSTKAPNFVVELIQSSSKSLVLILDLPHRKDLVLNPDYLKEYYQDTALDSHRQSLLKLPEVNPYVSPSLFVRSAFSPTASMLKIDAEEEDKLEEILRDHVSPAAKEVLEVWLERCVKEEEEKIVVGEEERMELERRDKSFRRKSIEDDLDLQFPRMFGEEVSSRVVHAIKEAFGVL

来源 Source

来源生物 organism	Arabidopsis thaliana
通用名 common_name	mouse-ear cress, thale-cress
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	3702
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	;3-{(2Z,3S,4S)-5-[(Z)-(4-ethenyl-3-methyl-5-oxo-1,5-dihydro-2H-pyrrol-2-ylidene)methyl]-2-[(5R)-2-[(3-ethyl-5-formyl-4-methyl-1H-pyrrol-2-yl)methyl]-5-(methoxycarbonyl)-3-methyl-4-oxo-4,5-dihydrocyclopenta[b]pyrrol-6(1H)-ylidene]-4-methyl-3,4-dihydro-2H-pyrrol-3-yl}propanoic acid ;
分子量 formula_weight	626.7 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	SODIUM ION
分子量 formula_weight	23.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	27

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	3agaA00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	1500 — oxygen-dependent coproporphyrinogen oxidase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 —

结构域编号 domain_id	3agaB00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	1500 — oxygen-dependent coproporphyrinogen oxidase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 —

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晶胞边长 a length_a	45.500 Å
晶胞边长 b length_b	85.640 Å
晶胞边长 c length_c	133.300 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.600 Å
最低分辨率 resolution_low	19.960 Å
R 因子 r_factor	0.2300
R_work r_work	0.2280
R_free r_free	0.2990

Crystal structure of RCC-bound red chlorophyll catabolite reductase from Arabidopsis thaliana

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Red chlorophyll catabolite reductase, chloroplastic

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3aga__assembly_1__model_1

3aga__assembly_1__model_1 | I(q)

3aga__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

7. 引用文献 (1)

Crystal structure of RCC-bound red chlorophyll catabolite reductase from Arabidopsis thaliana

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Red chlorophyll catabolite reductase, chloroplastic

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3aga__assembly_1__model_1

3aga__assembly_1__model_1 | I(q)

3aga__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

7. 引用文献 (1)