SAXSdb — 3agw

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

G protein-activated inward rectifier potassium channel 2

Mus musculus

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 53–74 链 A； UniProt 200–381	片段：residues 53-74, 200-381	MG MAGNESIUM ION × 4 EOH ETHANOL × 8	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；277 K；7.5-12.5% EtOH, 0.1M Imidazole-HCl, 0.1M MgCl2, 0.003M spermine, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 2.20 Å R-free 0.236

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 3AGW	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
3VSQ Crystal Structure of the Cytoplasmic Domain of G-Protein-Gated Inward Rectifier Potassium Channel Kir3.2 E236R Mutant in the presence of ethanol 提交 2012-05-02	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 53–74（22 aa）片段：UNP residues 53-74, 200-381 链 A 200–381（182 aa）片段：UNP residues 53-74, 200-381	突变：E236R 突变：E236R	BME BETA-MERCAPTOETHANOL × 8 MG MAGNESIUM ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；15%(v/v) ethanol, 0.1M HEPE-NaOH, 0.2M MgCl2, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.00 Å R-free 0.259
4KFM Crystal structure of the G protein-gated inward rectifier K+ channel GIRK2 (Kir3.2) in complex with the beta-gamma G protein subunits 提交 2013-04-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric	链 A 52–380（329 aa）	未记录	PIO [(2R)-2-octanoyloxy-3-[oxidanyl-[(1R,2R,3S,4R,5R,6S)-2,3,6-tris(oxidanyl)-4,5-diphosphonooxy-cyclohexyl]oxy-phosphoryl]oxy-propyl] octanoate × 4 K POTASSIUM ION × 20 NA SODIUM ION × 4 LMT DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.8；293.15 K；600 mM NaK tartrate, 50 mM Na-ADA, pH 5.8, vapor diffusion, hanging drop, temperature 293.15K	分辨率 3.45 Å R-free 0.265

共 2 个其他 PDB 条目、2 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q8C4T8_MOUSE
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 5–26； UniProt 53–74 作者链 A； PDB构建体 27–208； UniProt 200–381

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	3agw
沉积日期 deposition_date	2010-04-08
结构标题 title	Crystal Structure of the Cytoplasmic Domain of G-Protein-Gated Inward Rectifier Potassium Channel Kir3.2 in the absence of Na+
关键词 keywords	cytoplasmic assembly, ion channel, beta-barrel, TRANSPORT PROTEIN; TRANSPORT PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	19.89 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	18.73 Å
零角强度 I(0) i0	9236090.00
分子量 molecular_weight	22388.0 kDa
排除体积 excluded_volume	28060 Å³
包络体积 envelope_volume	35053 Å³
水化壳体积 shell_volume	16323 Å³
包络直径 envelope_diameter	68.8 Å
壳层 Rg shell_rg	24.13 Å
包络 Rg envelope_rg	19.16 Å
形状 Rg shape_rg	18.71 Å
总 Rg total_rg	19.69 Å
总原子数 total_atoms	1575
残基数 n_residues	196
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	68.1 Å
Rg (实空间) rg_real	19.91 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.44 Å
I(0) (实空间) i0_real	9.2360e+06
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.2620e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	19.91 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	9236000.0000
解质量估计 total_estimate	0.6902
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	23.0 Å
偏度 Skewness skewness	0.389
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.177
角度范围 angular_range	— – 0.4000 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	1349000.0000
实空间数据点数 n_real_points	72
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.798; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.210; Positv: 1.000; Valcen: 0.948; Smooth: 0.998

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	G protein-activated inward rectifier potassium channel 2
分子量 formula_weight	23749.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	1720

GSHMRKIQRYVRKDGKCNVHHGNVREKRAETLVFSTHAVISMRDGKLCLMFRVGDLRNSHIVEASIRAKLIKSKQTSEGEFIPLNQTDINVGYYTGDDRLFLVSPLIISHEINQQSPFWEISKAQLPKEELEIVVILEGMVEATGMTCQARSSYITSEILWGYRFTPVLTLEDGFYEVDYNSFHETYETSTPSLSAKELAELANRAEL

来源 Source

来源生物 organism	Mus musculus
通用名 common_name	mouse
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	ETHANOL
分子量 formula_weight	46.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	140

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_id	d3agwa_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.18 — E set domains
家族 Family family	b.1.18.16 — Cytoplasmic domain of inward rectifier potassium channel

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id	3agwA00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1400 — G protein-activated inward rectifier potassium channel 1

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	81.943 Å
晶胞边长 b length_b	81.943 Å
晶胞边长 c length_c	172.769 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	16

空间群 space_group	I 4 2 2
空间群编号 int_tables_number	97
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.200 Å
最低分辨率 resolution_low	29.730 Å
R 因子 r_factor	0.1998
R_work r_work	0.1979
R_free r_free	0.2358

fit	/app/data/saxs_computation/ag/3agw/3agw.fit
pddf	/app/data/pr_computation/ag/3agw/3agw.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/ag/3agw/3agw.dat

Crystal Structure of the Cytoplasmic Domain of G-Protein-Gated Inward Rectifier Potassium Channel Kir3.2 in the absence of Na+

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

G protein-activated inward rectifier potassium channel 2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction