SAXSdb — 3al0

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Glutamyl-tRNA(Gln) amidotransferase subunit A

Thermotoga maritima

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	信息不足	异源复合物	蛋白 3 RNA 1	Aspartyl/glutamyl-tRNA(Asn/Gln) amidotransferase subunit B × 1 （Q9X100） Glutamyl-tRNA(Gln) amidotransferase subunit C,Linker,Glutamate--tRNA ligase 2 × 1 （Q9WY94,Q9X2I8） tRNAGln × 1 ZINC ION × 1 O5'-(L-GLUTAMYL-SULFAMOYL)-ADENOSINE × 1	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	GATA_THEMA
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–475； UniProt 1–475

Aspartyl/glutamyl-tRNA(Asn/Gln) amidotransferase subunit B

Thermotoga maritima

UniProt Q9X100

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	信息不足	异源复合物	蛋白 3 RNA 1	Glutamyl-tRNA(Gln) amidotransferase subunit A × 1 （Q9X0Z9） Glutamyl-tRNA(Gln) amidotransferase subunit C,Linker,Glutamate--tRNA ligase 2 × 1 （Q9WY94,Q9X2I8） tRNAGln × 1 ZINC ION × 1 O5'-(L-GLUTAMYL-SULFAMOYL)-ADENOSINE × 1	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	GATB_THEMA
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–482； UniProt 1–482

Glutamyl-tRNA(Gln) amidotransferase subunit C,Linker,Glutamate--tRNA ligase 2

Thermotoga maritima

UniProt Q9WY94

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	信息不足	异源复合物	蛋白 3 RNA 1	Glutamyl-tRNA(Gln) amidotransferase subunit A × 1 （Q9X0Z9） Aspartyl/glutamyl-tRNA(Asn/Gln) amidotransferase subunit B × 1 （Q9X100） tRNAGln × 1 ZINC ION × 1 O5'-(L-GLUTAMYL-SULFAMOYL)-ADENOSINE × 1	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	GATC_THEMA
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 3–97； UniProt 2–96

Glutamyl-tRNA(Gln) amidotransferase subunit C,Linker,Glutamate--tRNA ligase 2

Thermotoga maritima

UniProt Q9X2I8

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	信息不足	异源复合物	蛋白 3 RNA 1	Glutamyl-tRNA(Gln) amidotransferase subunit A × 1 （Q9X0Z9） Aspartyl/glutamyl-tRNA(Asn/Gln) amidotransferase subunit B × 1 （Q9X100） tRNAGln × 1 ZINC ION × 1 O5'-(L-GLUTAMYL-SULFAMOYL)-ADENOSINE × 1	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	SYE2_THEMA
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 106–592； UniProt 1–487

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	3al0
沉积日期 deposition_date	2010-07-19
结构标题 title	Crystal structure of the glutamine transamidosome from Thermotoga maritima in the glutamylation state.
关键词 keywords	Protein-rna complex, LIGASE-RNA complex; LIGASE/RNA
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

3al0__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

3al0__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

3al0__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	47.77 Å
Rg（电子密度）	49.20 Å
总 Rg	49.12 Å
原子数	13869
残基数	1592
排除体积	242100 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`3al0__assembly_1__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Glutamyl-tRNA(Gln) amidotransferase subunit A
分子量 formula_weight	52594.4 kDa
EC 编号 ec_number	6.3.5.7
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	13869

MIDLDFRKLTIEECLKLSEEEREKLPQLSLETIKRLDPHVKAFISVRENVSVEKKGKFWGIPVAIKDNILTLGMRTTCASRILENYESVFDATVVKKMKEAGFVVVGKANLDEFAMGSSTERSAFFPTRNPWDLERVPGGSSGGSAAAVSAGMVVAALGSDTGGSVRQPASLCGVVGYKPTYGLVSRYGLVAFASSLDQIGPITKTVRDAAILMEIISGRDENDATTVNRKVDFLSEIEEGVSGMKFAVPEEIYEHDIEEGVSERFEEALKLLERLGAKVERVKIPHIKYSVATYYVIAPAEASSNLARFDGVKYGLRIKEKGLREMYMKTRNVGFGEEVRRRIMIGTFTLSAAYYEAYFNKAMKVRRKISDELNEVLSQYDAILTPTSPVTAFKIGEIKDPLTYYLMDIFTIPANLAGLPAISVPFGFSNNLPVGVQVIGRRFADGKVFRIARAIEKNSPYNENGMFPLPEVKA

来源 Source

来源生物 organism	Thermotoga maritima
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	243274
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Aspartyl/glutamyl-tRNA(Asn/Gln) amidotransferase subunit B
分子量 formula_weight	55514.5 kDa
EC 编号 ec_number	6.3.5.-
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

MRYRPVIGLEIHVQLSTKTKAFCSCPADVFELPPNTAICPVCTGQPGALPVPNEEMIRFAVKTALALNCKIHKYSRFDRKNYFYPDLPKGYQISQYFYPIATEGFLEIDGDEGRKKVRIRRLHLEEDAGKLVHEGDSITRASYSLVDMNRCGVPLIEIVTEPDISSPREARVFMEKLRSIVRYLGVSTGDMEKGALRCDANISVVDTETGRQSNRVEVKNMNSFRFVERALEYEFERIVKAMERGEDVERETRGWDMATKITVSMRGKEEESDYRYFPEPDIPPVVLSDEYLEEVKKELPELPDEKAERFMREYGLPEYDAKVLTSSKELAEFFEECVKVVNRPKDLSNWIMTEVLRELNERNIEITESKLTPQHFADLFKLMDEGKISIKIAKEIFPEVFETGKMPSQIVEEKGLTQINDEKLIEELVKKAMEQNPKAVQDYKSGKKKAAGFFVGYVMRETKGKANPELTNRIIQKLLEGE

来源 Source

来源生物 organism	Thermotoga maritima
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	243274
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Glutamyl-tRNA(Gln) amidotransferase subunit C,Linker,Glutamate--tRNA ligase 2
分子量 formula_weight	69411.1 kDa
EC 编号 ec_number	6.3.5.-,6.1.1.17
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

MGIKVTKDLVLHLENLARLELSEDQRESLMKDFQEILDYVELLNEVDVEGVEPMYTPVEDSAKLRKGDPRFFEMRDLIKKNFPEEKDGHIKVPGIHRGSGSGSGSMFITGAFFDILEVGPKKIRRCFELVRVRFAPSPTGHLHVGGARTALFNWMFARKEGGKFILRIEDTDTERSSREYEQQILESLRWCGLDWDEGPDIGGDFGPYRQSERLEIYREYAEKLVEDKRAYYVVYDKEDPSKELFTTYEYPHEYKEKGHPVTIKFKVLPGKTSFEDLLKGYMEFDNSTLEDFIIMKSNGFPTYNFAVVVDDHLMRISHVFRGEDHLSNTPKQLMIYEAFGWEAPVFMHIPLILGSDRTPLSKRHGATSVEHFRREGILSRALMNYLALLGWRVEGDEIFTIEEKLQSFDPKDISNKGVIFDYQKLEWVNGKHMRRIDLEDLKREFIEWAKYAGKEIPSVDERYFSETLRICREKVNTLSQLYDIMYPFMNDDYEYEKDYVEKFLKREEAERVLEEAKKAFKDLNSWNMEEIEKTLRDLSEKGLASKKVVFQLIRGAVTGKLVTPGLFETIEVLGKERTLKRLERTLQFLKKT

来源 Source

来源生物 organism	Thermotoga maritima
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	243274
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	tRNAGln
分子量 formula_weight	23858.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polyribonucleotide
链编号 strand_id	E

UGGGAGGUCGUCUAACGGUAGGACGGCGGACUCUGGAUCCGCUGGUGGAGGUUCGAGUCCUCCCCUCCCAGCCA

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	O5'-(L-GLUTAMYL-SULFAMOYL)-ADENOSINE
分子量 formula_weight	475.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 7 domains

CATH v4.4 (7 domains)

结构域编号 domain_id	3al0A00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	1300 — Amidase signature (AS) enzymes
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Amidase signature (AS) domain

结构域编号 domain_id	3al0B03
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	10 — Arc Repressor Mutant, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	410 —

结构域编号 domain_id	3al0C02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	620 — HUPs

结构域编号 domain_id	3al0C03
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	800 — Glutamyl-tRNA Synthetase; domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Glutamyl-tRNA Synthetase; Domain 3

结构域编号 domain_id	3al0C04
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	1160 — Glutamyl-tRNA Synthetase; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Glutamyl-trna Synthetase; Domain 2

结构域编号 domain_id	3al0C05
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	8 — Helicase, Ruva Protein; domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	70 — Glutamate-tRNA synthetase, class I, anticodon-binding domain 1

结构域编号 domain_id	3al0C06
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	10 — Arc Repressor Mutant, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	350 —

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晶胞边长 a length_a	76.954 Å
晶胞边长 b length_b	125.661 Å
晶胞边长 c length_c	313.386 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 2 2 21
空间群编号 int_tables_number	17
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.368 Å
最低分辨率 resolution_low	48.669 Å
R 因子 r_factor	0.1989
R_work r_work	0.1952
R_free r_free	0.2691

Crystal structure of the glutamine transamidosome from Thermotoga maritima in the glutamylation state.

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Glutamyl-tRNA(Gln) amidotransferase subunit A

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Aspartyl/glutamyl-tRNA(Asn/Gln) amidotransferase subunit B

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Glutamyl-tRNA(Gln) amidotransferase subunit C,Linker,Glutamate--tRNA ligase 2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Glutamyl-tRNA(Gln) amidotransferase subunit C,Linker,Glutamate--tRNA ligase 2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3al0__assembly_1__model_1

3al0__assembly_1__model_1 | I(q)

3al0__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 7 domains

CATH v4.4 (7 domains)

7. 引用文献 (1)