3aoe

Crystal structure of hetero-hexameric glutamate dehydrogenase from Thermus thermophilus (Leu bound form)

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Glutamate dehydrogenase

Thermus thermophilus

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 6	Glutamate dehydrogenase × 4 （Q72IC0） LEUCINE × 6 water × 6	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q72IC1_THET2
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–424； UniProt 1–424 作者链 B； PDB构建体 1–424； UniProt 1–424

Glutamate dehydrogenase

Thermus thermophilus

UniProt Q72IC0

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 6	Glutamate dehydrogenase × 2 （Q72IC1） LEUCINE × 6 water × 6	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q72IC0_THET2
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 1–419； UniProt 1–419 作者链 D； PDB构建体 1–419； UniProt 1–419 作者链 E； PDB构建体 1–419； UniProt 1–419 作者链 F； PDB构建体 1–419； UniProt 1–419

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	3aoe
沉积日期 deposition_date	2010-09-27
结构标题 title	Crystal structure of hetero-hexameric glutamate dehydrogenase from Thermus thermophilus (Leu bound form)
关键词 keywords	Rossmann fold, glutamate dehydrogenase, dehydrogenase, NADH, OXIDOREDUCTASE; OXIDOREDUCTASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

3aoe__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

3aoe__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

3aoe__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	41.59 Å
Rg（电子密度）	40.87 Å
总 Rg	41.25 Å
原子数	19027
残基数	2512
排除体积	339380 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`3aoe__assembly_1__model_1`	hexameric （6）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Glutamate dehydrogenase
分子量 formula_weight	46168.5 kDa
EC 编号 ec_number	1.4.1.3
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	19355

MKSEPLSYLGKDGGPWEIFTEQVDRVVPYLGRLAPLAESLKRPKRVLIVDVPVRLDDGSVAYFEGYRVHHNTARGPAKGGVRYHPEVTLSEVMALAGWMTIKNAAVGLPYGGGKGGIRVDPRKLSPGELERLTRRYTSEIGILLGPDRDIPAPDVNTGEREMAWMMDTYSMNVGRTVPGVVTGKPIALGGSLGRRDATGRGVFITAAAAAEKIGLQVEGARVAIQGFGNVGNAAARAFHDHGARVVAVQDHTGTVYNEAGIDPYDLLRHVQEFGGVRGYPKAEPLPAADFWGLPVEFLVPAALEKQITEQNAWRIRARIVAEGANGPTTPAADDILLEKGVLVVPDVIANAGGVTVSYFEWVQDFNSYFWTEEEINARLERVLRNAFEAVWQVAQEKKIPLRTAAYVVAATRVLEARALRGLYP

来源 Source

来源生物 organism	Thermus thermophilus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	262724
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Glutamate dehydrogenase
分子量 formula_weight	44615.2 kDa
EC 编号 ec_number	1.4.1.3
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E,F,C,D

MPLKAYRPPEDPGLWDTYLEWLERALKVAGVHPTTLEYLAHPKRLVTLSLPVVMDDGKVRIFQGYRVVHDIARGPAKGGVRLDPGVTLGQTAGLAAWMTLKAAVYDLPFGGAAGGIAVDPKGLSPQELERLVRRYTAELVGLIGPDSDILGPDLGADQQVMAWIMDTYSMTVGSTVPGVVTGKPHALGGSEGRDDAAGLGALLVLEALAKRRGLDLRGARVVVQGLGQVGAAVALHAERLGMRVVAVATSMGGMYAPEGLDVAEVLSAYEATGSLPRLDLAPEEVFGLEAEVLVLAAREGALDGDRARQVQAQAVVEVANFGLNPEAEAYLLGKGALVVPDLLSGGGGLLASYLEWVQDLNMFFWSPEEVRERFETRVARVVDAVCRRAERGGLDLRMGALALALERLDEATRLRGVYP

来源 Source

来源生物 organism	Thermus thermophilus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	262724
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	LEUCINE
分子量 formula_weight	131.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	312

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 22 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

结构域编号 domain_id	d3aoea1
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.58 — Aminoacid dehydrogenase-like, N-terminal domain
超家族 Superfamily superfamily	c.58.1 — Aminoacid dehydrogenase-like, N-terminal domain
家族 Family family	c.58.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d3aoea2
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.2 — NAD(P)-binding Rossmann-fold domains
超家族 Superfamily superfamily	c.2.1 — NAD(P)-binding Rossmann-fold domains
家族 Family family	c.2.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d3aoeb1
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.58 — Aminoacid dehydrogenase-like, N-terminal domain
超家族 Superfamily superfamily	c.58.1 — Aminoacid dehydrogenase-like, N-terminal domain
家族 Family family	c.58.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d3aoeb2
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.2 — NAD(P)-binding Rossmann-fold domains
超家族 Superfamily superfamily	c.2.1 — NAD(P)-binding Rossmann-fold domains
家族 Family family	c.2.1.0 — automated matches

CATH v4.4 (18 domains)

结构域编号 domain_id	3aoeA01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	8 — Helicase, Ruva Protein; domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1210 —

结构域编号 domain_id	3aoeA02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10860 — Leucine Dehydrogenase, chain A, domain 1

结构域编号 domain_id	3aoeA03
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	720 — NAD(P)-binding Rossmann-like Domain

结构域编号 domain_id	3aoeB01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	8 — Helicase, Ruva Protein; domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1210 —

结构域编号 domain_id	3aoeB02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10860 — Leucine Dehydrogenase, chain A, domain 1

结构域编号 domain_id	3aoeB03
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	720 — NAD(P)-binding Rossmann-like Domain

结构域编号 domain_id	3aoeC01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	8 — Helicase, Ruva Protein; domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1210 —

结构域编号 domain_id	3aoeC02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10860 — Leucine Dehydrogenase, chain A, domain 1

结构域编号 domain_id	3aoeC03
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	720 — NAD(P)-binding Rossmann-like Domain

结构域编号 domain_id	3aoeD01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	8 — Helicase, Ruva Protein; domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1210 —

结构域编号 domain_id	3aoeD02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10860 — Leucine Dehydrogenase, chain A, domain 1

结构域编号 domain_id	3aoeD03
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	720 — NAD(P)-binding Rossmann-like Domain

结构域编号 domain_id	3aoeE01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	8 — Helicase, Ruva Protein; domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1210 —

结构域编号 domain_id	3aoeE02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10860 — Leucine Dehydrogenase, chain A, domain 1

结构域编号 domain_id	3aoeE03
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	720 — NAD(P)-binding Rossmann-like Domain

结构域编号 domain_id	3aoeF01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	8 — Helicase, Ruva Protein; domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1210 —

结构域编号 domain_id	3aoeF02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10860 — Leucine Dehydrogenase, chain A, domain 1

结构域编号 domain_id	3aoeF03
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	720 — NAD(P)-binding Rossmann-like Domain

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晶胞边长 a length_a	121.986 Å
晶胞边长 b length_b	146.093 Å
晶胞边长 c length_c	158.284 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	16

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.600 Å
最低分辨率 resolution_low	30.220 Å
R 因子 r_factor	0.1959
R_work r_work	0.1926
R_free r_free	0.2596

Crystal structure of hetero-hexameric glutamate dehydrogenase from Thermus thermophilus (Leu bound form)

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Glutamate dehydrogenase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Glutamate dehydrogenase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3aoe__assembly_1__model_1

3aoe__assembly_1__model_1 | I(q)

3aoe__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 22 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

CATH v4.4 (18 domains)

7. 引用文献 (1)

Crystal structure of hetero-hexameric glutamate dehydrogenase from Thermus thermophilus (Leu bound form)

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Glutamate dehydrogenase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Glutamate dehydrogenase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3aoe__assembly_1__model_1

3aoe__assembly_1__model_1 | I(q)

3aoe__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 22 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

CATH v4.4 (18 domains)

7. 引用文献 (1)