SAXSdb — 3aq0

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Geranyl diphosphate synthase

Arabidopsis thaliana

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 2	MAGNESIUM ION × 2 FARNESYL DIPHOSPHATE × 2 3-methylbut-3-enylsulfanyl(phosphonooxy)phosphinic acid × 1 PYROPHOSPHATE × 1 DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 water × 2	与蛋白数一致
2	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 2	MAGNESIUM ION × 2 FARNESYL DIPHOSPHATE × 1 PYROPHOSPHATE × 2 DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 water × 2	与蛋白数一致
3	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 2	MAGNESIUM ION × 2 FARNESYL DIPHOSPHATE × 1 PYROPHOSPHATE × 2 water × 2	与蛋白数一致
4	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 2	MAGNESIUM ION × 2 FARNESYL DIPHOSPHATE × 2 3-methylbut-3-enylsulfanyl(phosphonooxy)phosphinic acid × 1 PYROPHOSPHATE × 1 water × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q9FT89_ARATH
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 2–348； UniProt 76–422 作者链 B； PDB构建体 2–348； UniProt 76–422 作者链 C； PDB构建体 2–348； UniProt 76–422 作者链 D； PDB构建体 2–348； UniProt 76–422 作者链 E； PDB构建体 2–348； UniProt 76–422 作者链 F； PDB构建体 2–348； UniProt 76–422 作者链 G； PDB构建体 2–348； UniProt 76–422 作者链 H； PDB构建体 2–348； UniProt 76–422

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	3aq0
沉积日期 deposition_date	2010-10-24
结构标题 title	Ligand-bound form of Arabidopsis medium/long-chain length prenyl pyrophosphate synthase (surface polar residue mutant)
关键词 keywords	prenyltransferase, All alpha-helices fold, chroloplast, TRANSFERASE, isoprenoid biosynthetic process; TRANSFERASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

3aq0__assembly_3__model_1

Assembly 3 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

3aq0__assembly_3__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

3aq0__assembly_3__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	29.10 Å
Rg（电子密度）	28.37 Å
总 Rg	29.00 Å
原子数	4890
残基数	635
排除体积	87534 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`3aq0__assembly_1__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`3aq0__assembly_2__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
3	1	`3aq0__assembly_3__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
4	1	`3aq0__assembly_4__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Geranyl diphosphate synthase
分子量 formula_weight	37844.3 kDa
EC 编号 ec_number	2.5.1.30
突变 mutation	E178A,Q179A,E281A,K282A
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	8

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D,E,F,G,H
原子数 atom_count	20426

GSLVEEELDPFSLVADELSLLSNKLREMVLAEVPKLASAAEYFFKRGVQGKQFRSTILLLMATALDVRVPEALIGESTDIVTSELRVRQRGIAEITEMIHVASLLHDDVLDDADTRRGVGSLNVVMGNKMSVLAGDFLLSRACGALAALKNTEVVALLATAVEHLVTGETMEITSSTAARYSMDYYMQKTYYKTASLISNSCKAVAVLTGQTAEVAVLAFEYGRNLGLAFQLIDDILDFTGTSASLGKGSLSDIRHGVITAPILFAMEEFPQLREVVDQVAADPRNVDIALEYLGKSKGIQRARELAMEHANLAAAAIGSLPETDNEDVKRSRRALIDLTHRVITRNK

来源 Source

来源生物 organism	Arabidopsis thaliana
通用名 common_name	thale-cress
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	3702
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	8

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	FARNESYL DIPHOSPHATE
分子量 formula_weight	382.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	3-methylbut-3-enylsulfanyl(phosphonooxy)phosphinic acid
分子量 formula_weight	262.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	PYROPHOSPHATE
分子量 formula_weight	178.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	DI(HYDROXYETHYL)ETHER
分子量 formula_weight	106.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 7 Entity 7 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	695

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

CATH v4.4 (8 domains)

结构域编号 domain_id	3aq0A00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	600 — Farnesyl Diphosphate Synthase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Farnesyl Diphosphate Synthase

结构域编号 domain_id	3aq0B00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	600 — Farnesyl Diphosphate Synthase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Farnesyl Diphosphate Synthase

结构域编号 domain_id	3aq0C00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	600 — Farnesyl Diphosphate Synthase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Farnesyl Diphosphate Synthase

结构域编号 domain_id	3aq0D00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	600 — Farnesyl Diphosphate Synthase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Farnesyl Diphosphate Synthase

结构域编号 domain_id	3aq0E00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	600 — Farnesyl Diphosphate Synthase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Farnesyl Diphosphate Synthase

结构域编号 domain_id	3aq0F00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	600 — Farnesyl Diphosphate Synthase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Farnesyl Diphosphate Synthase

结构域编号 domain_id	3aq0G00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	600 — Farnesyl Diphosphate Synthase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Farnesyl Diphosphate Synthase

结构域编号 domain_id	3aq0H00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	600 — Farnesyl Diphosphate Synthase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Farnesyl Diphosphate Synthase

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晶胞边长 a length_a	115.961 Å
晶胞边长 b length_b	115.961 Å
晶胞边长 c length_c	385.874 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	48

空间群 space_group	P 61
空间群编号 int_tables_number	169
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.650 Å
最低分辨率 resolution_low	30.000 Å
R 因子 r_factor	0.2247
R_work r_work	0.2220
R_free r_free	0.2740

Ligand-bound form of Arabidopsis medium/long-chain length prenyl pyrophosphate synthase (surface polar residue mutant)

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Geranyl diphosphate synthase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3aq0__assembly_3__model_1

3aq0__assembly_3__model_1 | I(q)

3aq0__assembly_3__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

CATH v4.4 (8 domains)

7. 引用文献 (1)

Ligand-bound form of Arabidopsis medium/long-chain length prenyl pyrophosphate synthase (surface polar residue mutant)

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Geranyl diphosphate synthase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3aq0__assembly_3__model_1

3aq0__assembly_3__model_1 | I(q)

3aq0__assembly_3__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

CATH v4.4 (8 domains)

7. 引用文献 (1)