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3asw

Structural and biochemical characterization of ClfB:ligand interactions

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 85.0 Å Quality: GOOD
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Clumping factor B

Staphylococcus aureus

UniProt Q7A382

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 212–531 片段：N2 N3 domain (UNP RESIDUES 212-531) 突变：D444E Tail region derived peptide × 1 （P13645） X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION；pH 8；298 K；0.9M sodium citrate, 90mM imidazole pH 8.0 , VAPOR DIFFUSION, temperature 298K 分辨率 2.60 Å R-free 0.219

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 3ASW Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
3AT0 Structural and biochemical characterization of ClfB:ligand interactions 提交 2010-12-23 构建体不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 212–541（330 aa） 片段：N2 N3 domain (UNP RESIDUES 212-541)
突变：D444E 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 8；298 K；0.9M sodium citrate, 90mM imidazole pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, temperature 298K
分辨率 2.50 Å R-free 0.207
3AU0 Structural and biochemical characterization of ClfB:ligand interactions 提交 2011-01-28 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 203–541（339 aa） 片段：N2 and N3 domain (UNP RESIDUES 203-541)
突变：D444E MG MAGNESIUM ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；293 K；0.7M sodium formate, 1.44M sodium citrate, VAPOR DIFFUSION, temperature 293K
分辨率 2.45 Å R-free 0.279

共 2 个其他 PDB 条目、2 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 CLFB_STAAN
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 9–328； UniProt 212–531

Tail region derived peptide

物种未注明

UniProt P13645

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白拷贝数一致 链 B； UniProt 473–487 未记录 Clumping factor B × 1 （Q7A382） X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION；pH 8；298 K；0.9M sodium citrate, 90mM imidazole pH 8.0 , VAPOR DIFFUSION, temperature 298K 分辨率 2.60 Å R-free 0.219

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 3ASW Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
4F1Z Crystal structures reveal the multi-ligand binding mechanism of the Staphylococcus aureus ClfB 提交 2012-05-07 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 Q 473–486（14 aa） 片段：tail region, UNP residues 473-486
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；291 K；0.1M sodium citrate tribasic dehydrate, 20% 2-propanol, 20% PEG 4000, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
分辨率 2.30 Å R-free 0.251
4ZRY Crystal structure of the heterocomplex between coil 2B domains of human intermediate filament proteins keratin 1 (KRT1) and keratin 10 (KRT10) 提交 2015-05-12 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 337–456（120 aa） 片段：coil 2B domain (UNP residues 337-456)
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；298.15 K；0.1 M HEPES, 2.0 M ammonium formate
分辨率 3.30 Å R-free 0.277
4ZRY Crystal structure of the heterocomplex between coil 2B domains of human intermediate filament proteins keratin 1 (KRT1) and keratin 10 (KRT10) 提交 2015-05-12 构建体不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 337–456（120 aa） 片段：coil 2B domain (UNP residues 337-456)
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；298.15 K；0.1 M HEPES, 2.0 M ammonium formate
分辨率 3.30 Å R-free 0.277
6E2J Crystal structure of the heterocomplex between human keratin 1 coil 1B containing S233L mutation and wild-type human keratin 10 coil 1B 提交 2018-07-11 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 B 195–296（102 aa）
未记录 SO4 SULFATE ION × 8 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；298 K；0.1 M Tris, 1.5 M ammonium sulfate, 12% glycerol
分辨率 2.39 Å R-free 0.294
6E2J Crystal structure of the heterocomplex between human keratin 1 coil 1B containing S233L mutation and wild-type human keratin 10 coil 1B 提交 2018-07-11 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric
链 B 195–296（102 aa）
未记录 SO4 SULFATE ION × 16 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；298 K；0.1 M Tris, 1.5 M ammonium sulfate, 12% glycerol
分辨率 2.39 Å R-free 0.294
6EC0 Crystal structure of the wild-type heterocomplex between coil 1B domains of human intermediate filament proteins keratin 1 (KRT1) and keratin 10 (KRT10) 提交 2018-08-07 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 B 195–296（102 aa）
未记录 CD CADMIUM ION × 8 CO COBALT (II) ION × 4 NI NICKEL (II) ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；298 K；11% PEG 3350, 0.1 M HEPES, 5 mM cobalt chloride, 5 mM cadmium chloride, 5 mM magnesium chloride, 5 mM nickel chloride
分辨率 2.98 Å R-free 0.300
6UUI Crystal structure of the heterocomplex between coil 2B domains of wild-type keratin 1 (KRT1) and keratin 10 (KRT10) containing mutation Cys401Ala 提交 2019-10-30 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 X 337–456（120 aa） 片段：2B domain
突变：C401A BOG octyl beta-D-glucopyranoside × 1 GOL GLYCEROL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.4；285.15 K；Ammonium phosphate dibasic, Tris, N-octyl-B-D-glucoside
分辨率 2.07 Å R-free 0.277

共 5 个其他 PDB 条目、7 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 K1C10_HUMAN
Isoform —
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 B； PDB构建体 1–15； UniProt 473–487

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 3asw

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 3asw
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id3asw
沉积日期 deposition_date2010-12-22
结构标题 titleStructural and biochemical characterization of ClfB:ligand interactions
关键词 keywordsIgG like, Adhesin, Cytokeratin, CELL ADHESION; CELL ADHESION
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier23.30 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron22.76 Å
零角强度 I(0) i023108100.00
分子量 molecular_weight35623.0 kDa
排除体积 excluded_volume44012 ų
包络体积 envelope_volume52424 ų
水化壳体积 shell_volume20479 ų
包络直径 envelope_diameter87.2 Å
壳层 Rg shell_rg28.39 Å
包络 Rg envelope_rg23.07 Å
形状 Rg shape_rg22.75 Å
总 Rg total_rg23.47 Å
总原子数 total_atoms2519
残基数 n_residues331
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax85.0 Å
Rg (实空间) rg_real23.50 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.72 Å
I(0) (实空间) i0_real2.3110e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error3.5850e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal23.45 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal23110000.0000
解质量估计 total_estimate0.8085
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary23.5 Å
偏度 Skewness skewness0.606
峰度 Kurtosis kurtosis-0.001
角度范围 angular_range— – 0.3400 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha4163000.0000
实空间数据点数 n_real_points66
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.617; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.746; Smooth: 0.909
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id3aswA01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily1280 —
结构域编号 domain_id3aswA02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily1290 —
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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)