3axy

Structure of Florigen Activation Complex Consisting of Rice Florigen Hd3a, 14-3-3 Protein GF14 and Rice FD Homolog OsFD1

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Protein HEADING DATE 3A

Oryza sativa Japonica Group

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 6	14-3-3-like protein GF14-C × 2 （Q6ZKC0） Rice FD homolog OsFD1 × 2 water × 6	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 6	14-3-3-like protein GF14-C × 2 （Q6ZKC0） Rice FD homolog OsFD1 × 2 water × 6	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	HD3A_ORYSJ
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 6–170； UniProt 6–170 作者链 B； PDB构建体 6–170； UniProt 6–170 作者链 G； PDB构建体 6–170； UniProt 6–170 作者链 H； PDB构建体 6–170； UniProt 6–170

14-3-3-like protein GF14-C

Oryza sativa Japonica Group

UniProt Q6ZKC0

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 6	Protein HEADING DATE 3A × 2 （Q93WI9） Rice FD homolog OsFD1 × 2 water × 6	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 6	Protein HEADING DATE 3A × 2 （Q93WI9） Rice FD homolog OsFD1 × 2 water × 6	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	14333_ORYSJ
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 6–240； UniProt 1–235 作者链 D； PDB构建体 6–240； UniProt 1–235 作者链 I； PDB构建体 6–240； UniProt 1–235 作者链 J； PDB构建体 6–240； UniProt 1–235

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	3axy
沉积日期 deposition_date	2011-04-19
结构标题 title	Structure of Florigen Activation Complex Consisting of Rice Florigen Hd3a, 14-3-3 Protein GF14 and Rice FD Homolog OsFD1
关键词 keywords	;Phosphatidylethanolamine-binding Protein, 14-3-3 Protein, bZip protein, Floral Induction, Transcriptional Activator, Signaling Protein, DNA Binding, Phosphorylation, Nucleus, SIGNALING PROTEIN-PROTEIN BINDING complex ;; SIGNALING PROTEIN/PROTEIN BINDING
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

3axy__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

3axy__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

3axy__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	36.17 Å
Rg（电子密度）	35.25 Å
总 Rg	35.75 Å
原子数	6494
残基数	814
排除体积	115470 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`3axy__assembly_1__model_1`	hexameric （6）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`3axy__assembly_2__model_1`	hexameric （6）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Protein HEADING DATE 3A
分子量 formula_weight	18982.4 kDa
突变 mutation	C43L,C109S,C166S
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,G,H
原子数 atom_count	13751

GPGHMRDRDPLVVGRVVGDVLDAFVRSTNLKVTYGSKTVSNGLELKPSMVTHQPRVEVGGNDMRTFYTLVMVDPDAPSPSDPNLREYLHWLVTDIPGTTAASFGQEVMSYESPRPTMGIHRLVFVLFQQLGRQTVYAPGWRQNFNTKDFAELYNLGSPVAAVYFNSQREA

来源 Source

来源生物 organism	Oryza sativa Japonica Group
通用名 common_name	Japanese rice
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	39947
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	14-3-3-like protein GF14-C
分子量 formula_weight	27151.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,D,I,J

GPLGSMSREENVYMAKLAEQAERYEEMVEYMEKVAKTVDVEELTVEERNLLSVAYKNVIGARRASWRIVSSIEQKEEGRGNEEHVTLIKEYRGKIEAELSKICDGILKLLDSHLVPSSTAAESKVFYLKMKGDYHRYLAEFKTGAERKEAAESTMVAYKAAQDIALADLAPTHPIRLGLALNFSVFYYEILNSPDKACNLAKQAFDEAISELDTLGEESYKDSTLIMQLLRDNLTLWTSD

来源 Source

来源生物 organism	Oryza sativa Japonica Group
通用名 common_name	Japanese rice
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	39947
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Rice FD homolog OsFD1
分子量 formula_weight	1111.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E,F,K,L

LQRVLSAPF

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	777

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 12 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

结构域编号 domain_id	d3axyc_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.118 — alpha-alpha superhelix
超家族 Superfamily superfamily	a.118.7 — 14-3-3 protein
家族 Family family	a.118.7.1 — 14-3-3 protein

结构域编号 domain_id	d3axyd_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.118 — alpha-alpha superhelix
超家族 Superfamily superfamily	a.118.7 — 14-3-3 protein
家族 Family family	a.118.7.1 — 14-3-3 protein

结构域编号 domain_id	d3axyi_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.118 — alpha-alpha superhelix
超家族 Superfamily superfamily	a.118.7 — 14-3-3 protein
家族 Family family	a.118.7.1 — 14-3-3 protein

结构域编号 domain_id	d3axyj_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.118 — alpha-alpha superhelix
超家族 Superfamily superfamily	a.118.7 — 14-3-3 protein
家族 Family family	a.118.7.1 — 14-3-3 protein

CATH v4.4 (8 domains)

结构域编号 domain_id	3axyA00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	280 — Phosphatidylethanolamine-binding Protein
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — PEBP-like

结构域编号 domain_id	3axyB00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	280 — Phosphatidylethanolamine-binding Protein
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — PEBP-like

结构域编号 domain_id	3axyC00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	190 — Delta-Endotoxin; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — 14-3-3 domain

结构域编号 domain_id	3axyD00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	190 — Delta-Endotoxin; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — 14-3-3 domain

结构域编号 domain_id	3axyG00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	280 — Phosphatidylethanolamine-binding Protein
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — PEBP-like

结构域编号 domain_id	3axyH00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	280 — Phosphatidylethanolamine-binding Protein
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — PEBP-like

结构域编号 domain_id	3axyI00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	190 — Delta-Endotoxin; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — 14-3-3 domain

结构域编号 domain_id	3axyJ00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	190 — Delta-Endotoxin; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — 14-3-3 domain

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晶胞边长 a length_a	76.735 Å
晶胞边长 b length_b	96.647 Å
晶胞边长 c length_c	99.510 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	68.23 °
晶胞夹角 β angle_beta	87.90 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	77.94 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.400 Å
最低分辨率 resolution_low	50.000 Å
R 因子 r_factor	0.2308
R_work r_work	0.2273
R_free r_free	0.2763

Structure of Florigen Activation Complex Consisting of Rice Florigen Hd3a, 14-3-3 Protein GF14 and Rice FD Homolog OsFD1

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Protein HEADING DATE 3A

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

14-3-3-like protein GF14-C

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3axy__assembly_1__model_1

3axy__assembly_1__model_1 | I(q)

3axy__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 12 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

CATH v4.4 (8 domains)

7. 引用文献 (1)

Structure of Florigen Activation Complex Consisting of Rice Florigen Hd3a, 14-3-3 Protein GF14 and Rice FD Homolog OsFD1

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Protein HEADING DATE 3A

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

14-3-3-like protein GF14-C

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3axy__assembly_1__model_1

3axy__assembly_1__model_1 | I(q)

3axy__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 12 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

CATH v4.4 (8 domains)

7. 引用文献 (1)