3b4s

Crystal structure of a LuxT domain from Vibrio parahaemolyticus RIMD 2210633

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Protein LuxT

Vibrio parahaemolyticus RIMD 2210633

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 6	无其他共同聚合物	与蛋白数一致
2	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 6	无其他共同聚合物	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q87J33_VIBPA
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 4–94； UniProt 63–153 作者链 B； PDB构建体 4–94； UniProt 63–153 作者链 C； PDB构建体 4–94； UniProt 63–153 作者链 D； PDB构建体 4–94； UniProt 63–153 作者链 E； PDB构建体 4–94； UniProt 63–153 作者链 F； PDB构建体 4–94； UniProt 63–153 作者链 G； PDB构建体 4–94； UniProt 63–153 作者链 H； PDB构建体 4–94； UniProt 63–153

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	3b4s
沉积日期 deposition_date	2007-10-24
结构标题 title	Crystal structure of a LuxT domain from Vibrio parahaemolyticus RIMD 2210633
关键词 keywords	;APC91483.1, LuxT domain, Vibrio parahaemolyticus RIMD 2210633, structural genomics, PSI-2, Protein Structure Initiative, Midwest Center for Structural Genomics, MCSG, UNKNOWN FUNCTION ;; STRUCTURAL GENOMICS, UNKNOWN FUNCTION
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

3b4s__assembly_2__model_1

Assembly 2 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

3b4s__assembly_2__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

3b4s__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	26.08 Å
Rg（电子密度）	25.11 Å
总 Rg	25.90 Å
原子数	4421
残基数	526
排除体积	79313 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`3b4s__assembly_1__model_1`	hexameric （6）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`3b4s__assembly_2__model_1`	hexameric （6）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (1)

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 16 domains

CATH v4.4 (16 domains)

结构域编号 domain_id	3b4sA01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	287 — Helix Hairpins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	790 — luxt domain from vibrio parahaemolyticus

结构域编号 domain_id	3b4sA02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	5 — Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	830 — luxt domain from vibrio parahaemolyticus

结构域编号 domain_id	3b4sB01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	287 — Helix Hairpins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	790 — luxt domain from vibrio parahaemolyticus

结构域编号 domain_id	3b4sB02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	5 — Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	830 — luxt domain from vibrio parahaemolyticus

结构域编号 domain_id	3b4sC01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	287 — Helix Hairpins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	790 — luxt domain from vibrio parahaemolyticus

结构域编号 domain_id	3b4sC02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	5 — Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	830 — luxt domain from vibrio parahaemolyticus

结构域编号 domain_id	3b4sD01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	287 — Helix Hairpins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	790 — luxt domain from vibrio parahaemolyticus

结构域编号 domain_id	3b4sD02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	5 — Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	830 — luxt domain from vibrio parahaemolyticus

结构域编号 domain_id	3b4sE01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	287 — Helix Hairpins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	790 — luxt domain from vibrio parahaemolyticus

结构域编号 domain_id	3b4sE02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	5 — Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	830 — luxt domain from vibrio parahaemolyticus

结构域编号 domain_id	3b4sF01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	287 — Helix Hairpins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	790 — luxt domain from vibrio parahaemolyticus

结构域编号 domain_id	3b4sF02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	5 — Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	830 — luxt domain from vibrio parahaemolyticus

结构域编号 domain_id	3b4sG01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	287 — Helix Hairpins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	790 — luxt domain from vibrio parahaemolyticus

结构域编号 domain_id	3b4sG02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	5 — Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	830 — luxt domain from vibrio parahaemolyticus

结构域编号 domain_id	3b4sH01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	287 — Helix Hairpins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	790 — luxt domain from vibrio parahaemolyticus

结构域编号 domain_id	3b4sH02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	5 — Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	830 — luxt domain from vibrio parahaemolyticus

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晶胞边长 a length_a	147.438 Å
晶胞边长 b length_b	147.438 Å
晶胞边长 c length_c	382.487 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	144

空间群 space_group	H 3 2
空间群编号 int_tables_number	155
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.100 Å
最低分辨率 resolution_low	48.220 Å
R 因子 r_factor	0.1924
R_work r_work	0.1902
R_free r_free	0.2322

描述 description	Protein LuxT
分子量 formula_weight	10917.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	8

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D,E,F,G,H
原子数 atom_count	5906

Crystal structure of a LuxT domain from Vibrio parahaemolyticus RIMD 2210633

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Protein LuxT

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3b4s__assembly_2__model_1

3b4s__assembly_2__model_1 | I(q)

3b4s__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (1)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 16 domains

CATH v4.4 (16 domains)

7. 引用文献 (1)

来源生物 organism	Vibrio parahaemolyticus RIMD 2210633
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	223926
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21

Crystal structure of a LuxT domain from Vibrio parahaemolyticus RIMD 2210633

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Protein LuxT

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3b4s__assembly_2__model_1

3b4s__assembly_2__model_1 | I(q)

3b4s__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (1)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 16 domains

CATH v4.4 (16 domains)

7. 引用文献 (1)