SAXSdb — 3b52

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Carbon monoxide dehydrogenase 2

Carboxydothermus hydrogenoformans Z-2901

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 2	FE (II) ION × 2 IRON/SULFUR CLUSTER × 2 FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 2 FE(3)-NI(1)-S(4) CLUSTER × 2 CARBON DIOXIDE × 2 water × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	COOS2_CARHZ
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 X； PDB构建体 24–656； UniProt 4–636

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	3b52
沉积日期 deposition_date	2007-10-25
结构标题 title	Ni,Fe-CODH-600 mV state + CO2
关键词 keywords	cluster C, 4Fe-4S, Cytoplasm, Iron, Iron-sulfur, Membrane, Metal-binding, Nickel, Oxidoreductase; OXIDOREDUCTASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

3b52__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

3b52__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

3b52__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	31.55 Å
Rg（电子密度）	31.10 Å
总 Rg	31.37 Å
原子数	9354
残基数	1266
排除体积	167830 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`3b52__assembly_1__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Carbon monoxide dehydrogenase 2
分子量 formula_weight	69191.9 kDa
EC 编号 ec_number	1.2.99.2
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	X
原子数 atom_count	5658

MGSSHHHHHHSSGLVPRGSHMARQNLKSTDRAVQQMLDKAKREGIQTVWDRYEAMKPQCGFGETGLCCRHCLQGPCRINPFGDEPKVGICGATAEVIVARGLDRSIAAGAAGHSGHAKHLAHTLKKAVQGKAASYMIKDRTKLHSIAKRLGIPTEGQKDEDIALEVAKAALADFHEKDTPVLWVTTVLPPSRVKVLSAHGLIPAGIDHEIAEIMHRTSMGCDADAQNLLLGGLRCSLADLAGCYMGTDLADILFGTPAPVVTESNLGVLKADAVNVAVHGHNPVLSDIIVSVSKEMENEARAAGATGINVVGICCTGNEVLMRHGIPACTHSVSQEMAMITGALDAMILDYQCIQPSVATIAECTGTTVITTMEMSKITGATHVNFAEEAAVENAKQILRLAIDTFKRRKGKPVEIPNIKTKVVAGFSTEAIINALSKLNANDPLKPLIDNVVNGNIRGVCLFAGCNNVKVPQDQNFTTIARKLLKQNVLVVATGCGAGALMRHGFMDPANVDELCGDGLKAVLTAIGEANGLGGPLPPVLHMGSCVDNSRAVALVAALANRLGVDLDRLPVVASAAEAMHEKAVAIGTWAVTIGLPTHIGVLPPITGSLPVTQILTSSVKDITGGYFIVELDPETAADKLLAAINERRAGLGLPW

来源 Source

来源生物 organism	Carboxydothermus hydrogenoformans Z-2901
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	246194
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	FE (II) ION
分子量 formula_weight	55.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	IRON/SULFUR CLUSTER
分子量 formula_weight	351.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER
分子量 formula_weight	175.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	FE(3)-NI(1)-S(4) CLUSTER
分子量 formula_weight	354.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	CARBON DIOXIDE
分子量 formula_weight	44.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 7 Entity 7 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	882

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_id	d3b52x_
类 Class class	e — Multi-domain proteins (alpha and beta)
折叠类型 Fold fold	e.26 — Prismane protein-like
超家族 Superfamily superfamily	e.26.1 — Prismane protein-like
家族 Family family	e.26.1.2 — Carbon monoxide dehydrogenase

CATH v4.4 (3 domains)

结构域编号 domain_id	3b52X01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	1270 — Substrate Binding Domain Of Dnak; Chain:A; Domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 —

结构域编号 domain_id	3b52X02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	2030 —

结构域编号 domain_id	3b52X03
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	2030 —

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晶胞边长 a length_a	111.520 Å
晶胞边长 b length_b	74.570 Å
晶胞边长 c length_c	70.710 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	111.30 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	C 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.500 Å
最低分辨率 resolution_low	26.670 Å
R 因子 r_factor	0.1540
R_work r_work	0.1530
R_free r_free	0.1820

Ni,Fe-CODH-600 mV state + CO2

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Carbon monoxide dehydrogenase 2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3b52__assembly_1__model_1

3b52__assembly_1__model_1 | I(q)

3b52__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

CATH v4.4 (3 domains)

7. 引用文献 (1)

Ni,Fe-CODH-600 mV state + CO2

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Carbon monoxide dehydrogenase 2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3b52__assembly_1__model_1

3b52__assembly_1__model_1 | I(q)

3b52__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

CATH v4.4 (3 domains)

7. 引用文献 (1)