SAXSdb — 3b8x

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Pyridoxamine 5-phosphate-dependent dehydrase

Escherichia coli

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 2	SODIUM ION × 8 ;[(2R,3S,4R,5R)-5-(2-amino-6-oxo-1,6-dihydro-9H-purin-9-yl)-3,4-dihydroxytetrahydrofuran-2-yl]methyl (2R,3S,4S,5S,6R)-3,4-dihydroxy-5-[({3-hydroxy-2-methyl-5-[(phosphonooxy)methyl]pyridin-4-yl}methyl)amino]-6-methyltetrahydro-2H-pyran-2-yl dihydrogen diphosphate ; × 2 1,2-ETHANEDIOL × 3 water × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q9F118_ECOLX
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 3–390； UniProt 1–388 作者链 B； PDB构建体 3–390； UniProt 1–388

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	3b8x
沉积日期 deposition_date	2007-11-02
结构标题 title	Crystal structure of GDP-4-keto-6-deoxymannose-3-dehydratase (ColD) H188N mutant with bound GDP-perosamine
关键词 keywords	aspartate aminotransferase, colitose, perosamine, o-antigen, PLP, pyridoxal phosphate, TRANSFERASE; TRANSFERASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

3b8x__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

3b8x__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

3b8x__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	27.73 Å
Rg（电子密度）	26.88 Å
总 Rg	27.61 Å
原子数	6324
残基数	774
排除体积	113170 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`3b8x__assembly_1__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Pyridoxamine 5-phosphate-dependent dehydrase
分子量 formula_weight	44328.4 kDa
突变 mutation	H188N
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	7020

GHMINYPLASSTWDDLEYKAIQSVLDSKMFTMGEYVKQYETQFAKTFGSKYAVMVSSGSTANLLMIAALFFTKKPRLKKGDEIIVPAVSWSTTYYPLQQYGLRVKFVDIDINTLNIDIESLKEAVTDSTKAILTVNLLGNPNNFDEINKIIGGRDIILLEDNCESMGATFNNKCAGTFGLMGTFSSFYSNHIATMEGGCIVTDDEEIYHILLCIRAHGWTRNLPKKNKVTGVKSDDQFEESFKFVLPGYNVRPLEMSGAIGIEQLKKLPRFISVRRKNAEYFLDKFKDHPYLDVQQETGESSWFGFSFIIKKDSGVIRKQLVENLNSAGIECRPIVTGNFLKNTDVLKYFDYTVHNNVDNAEYLDKNGLFVGNHQIELFDEIDYLREVLK

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	244320
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	SODIUM ION
分子量 formula_weight	23.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	8

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	;[(2R,3S,4R,5R)-5-(2-amino-6-oxo-1,6-dihydro-9H-purin-9-yl)-3,4-dihydroxytetrahydrofuran-2-yl]methyl (2R,3S,4S,5S,6R)-3,4-dihydroxy-5-[({3-hydroxy-2-methyl-5-[(phosphonooxy)methyl]pyridin-4-yl}methyl)amino]-6-methyltetrahydro-2H-pyran-2-yl dihydrogen diphosphate ;
分子量 formula_weight	819.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	1,2-ETHANEDIOL
分子量 formula_weight	62.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

实体 5 Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	665

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_id	d3b8xa_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.67 — PLP-dependent transferase-like
超家族 Superfamily superfamily	c.67.1 — PLP-dependent transferases
家族 Family family	c.67.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d3b8xb_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.67 — PLP-dependent transferase-like
超家族 Superfamily superfamily	c.67.1 — PLP-dependent transferases
家族 Family family	c.67.1.0 — automated matches

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id	3b8xA01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	640 — Aspartate Aminotransferase; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Type I PLP-dependent aspartate aminotransferase-like (Major domain)

结构域编号 domain_id	3b8xA02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	1150 — Aspartate Aminotransferase, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Aspartate Aminotransferase, domain 1

结构域编号 domain_id	3b8xB01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	640 — Aspartate Aminotransferase; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Type I PLP-dependent aspartate aminotransferase-like (Major domain)

结构域编号 domain_id	3b8xB02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	1150 — Aspartate Aminotransferase, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Aspartate Aminotransferase, domain 1

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晶胞边长 a length_a	62.411 Å
晶胞边长 b length_b	98.123 Å
晶胞边长 c length_c	119.940 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.700 Å
最低分辨率 resolution_low	30.000 Å
R 因子 r_factor	0.1770
R_work r_work	0.1730
R_free r_free	0.2600

Crystal structure of GDP-4-keto-6-deoxymannose-3-dehydratase (ColD) H188N mutant with bound GDP-perosamine

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Pyridoxamine 5-phosphate-dependent dehydrase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3b8x__assembly_1__model_1

3b8x__assembly_1__model_1 | I(q)

3b8x__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

CATH v4.4 (4 domains)

7. 引用文献 (1)

Crystal structure of GDP-4-keto-6-deoxymannose-3-dehydratase (ColD) H188N mutant with bound GDP-perosamine

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Pyridoxamine 5-phosphate-dependent dehydrase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3b8x__assembly_1__model_1

3b8x__assembly_1__model_1 | I(q)

3b8x__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

CATH v4.4 (4 domains)

7. 引用文献 (1)