SAXSdb — 3b8y

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Endo-pectate lyase

Erwinia chrysanthemi

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	其他组合	单体	蛋白 1 其他聚合物 1	;alpha-D-galactopyranuronic acid-(1-4)-alpha-D-galactopyranuronic acid-(1-4)-alpha-D-galactopyranuronic acid-(1-4)-alpha-D-galactopyranuronic acid ; × 1 water × 1	与蛋白数一致
2	其他组合	单体	蛋白 1 其他聚合物 1	;alpha-D-galactopyranuronic acid-(1-4)-alpha-D-galactopyranuronic acid-(1-4)-alpha-D-galactopyranuronic acid-(1-4)-alpha-D-galactopyranuronic acid ; × 1 CALCIUM ION × 1 ZINC ION × 1 water × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	O50325_ERWCH
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–344； UniProt 1–344 作者链 B； PDB构建体 1–344； UniProt 1–344

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	3b8y
沉积日期 deposition_date	2007-11-02
结构标题 title	Crystal Structure of Pectate Lyase PelI from Erwinia chrysanthemi in complex with tetragalacturonic acid
关键词 keywords	Pectate Lyase, Pectin, Galacturonic Acid, Erwinia chrysanthemi, right-handed parallel beta helix fold, LYASE; LYASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

3b8y__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

3b8y__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

3b8y__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	20.40 Å
Rg（电子密度）	19.38 Å
总 Rg	20.19 Å
原子数	2334
残基数	304
排除体积	40871 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`3b8y__assembly_1__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`3b8y__assembly_2__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Endo-pectate lyase
分子量 formula_weight	36795.1 kDa
EC 编号 ec_number	4.2.2.2
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	4771

MFKYVIPLCALTLAAPSFAAQTTLMLSQKSDVNYLGWSTDESKVARQEVYRGTTSNPDLRERIAVLDAETRTFKDADTNSGLNYWYWVDVVSENQAQVVSNAVTTAPNAGPLRAAKASSECKPGATFENRTVDCGGVTIGTSCPNDSDKQKPLIILKNATVKNLRISASGGADGIHCDSGNCTIENVIWEDICEDAATNNGKTMTIVGGIAHNAKDGYGGKPDKVLQHNSKNSTTVVKGNFTLTGEHGKLWRSCGDCSNNGGPRFLTVTSATVNGTIDSIAGVNRNYGDVATISGLKIKNYKEGKPPVCEEFKGVVKGQGSTEKYGEKWDTTNCKVSRSGVSKL

来源 Source

来源生物 organism	Erwinia chrysanthemi
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	556
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 2 Entity 2 branched

描述 description	;alpha-D-galactopyranuronic acid-(1-4)-alpha-D-galactopyranuronic acid-(1-4)-alpha-D-galactopyranuronic acid-(1-4)-alpha-D-galactopyranuronic acid ;
分子量 formula_weight	722.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	CALCIUM ION
分子量 formula_weight	40.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 5 Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	171

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id	3b8yA01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	3b8yA02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	160 — 3 Solenoid
拓扑 Topology topology	20 — Pectate Lyase C-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Single-stranded right-handed beta-helix, Pectin lyase-like

结构域编号 domain_id	3b8yB01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	3b8yB02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	160 — 3 Solenoid
拓扑 Topology topology	20 — Pectate Lyase C-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Single-stranded right-handed beta-helix, Pectin lyase-like

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晶胞边长 a length_a	61.150 Å
晶胞边长 b length_b	68.680 Å
晶胞边长 c length_c	73.360 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	113.98 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.300 Å
最低分辨率 resolution_low	19.370 Å
R 因子 r_factor	0.1980
R_work r_work	0.1980
R_free r_free	0.2530

Crystal Structure of Pectate Lyase PelI from Erwinia chrysanthemi in complex with tetragalacturonic acid

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Endo-pectate lyase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3b8y__assembly_1__model_1

3b8y__assembly_1__model_1 | I(q)

3b8y__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 branched

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

CATH v4.4 (4 domains)

7. 引用文献 (1)

Crystal Structure of Pectate Lyase PelI from Erwinia chrysanthemi in complex with tetragalacturonic acid

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Endo-pectate lyase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3b8y__assembly_1__model_1

3b8y__assembly_1__model_1 | I(q)

3b8y__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 branched

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

CATH v4.4 (4 domains)

7. 引用文献 (1)