3ba3

Crystal structure of Pyridoxamine 5'-phosphate oxidase-like protein (NP_783940.1) from Lactobacillus plantarum at 1.55 A resolution

Method: X-RAY DIFFRACTION
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

;Pyridoxamine 5'-phosphate oxidase-like protein ;

Lactobacillus plantarum WCFS1

UniProt Q890D6

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 2 SULFATE ION × 2 1,2-ETHANEDIOL × 10 water × 2 与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 Q890D6_LACPL
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 2–145; UniProt 1–144 作者链 B; PDB构建体 2–145; UniProt 1–144

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id3ba3
沉积日期 deposition_date2007-11-07
结构标题 titleCrystal structure of Pyridoxamine 5'-phosphate oxidase-like protein (NP_783940.1) from Lactobacillus plantarum at 1.55 A resolution
关键词 keywords;NP_783940.1, Pyridoxamine 5'-phosphate oxidase-like protein, Structural Genomics, Joint Center for Structural Genomics, JCSG, Protein Structure Initiative, PSI-2, OXIDOREDUCTASE ;; OXIDOREDUCTASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

3ba3__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

3ba3__assembly_1__model_1 | I(q)

10-2 10-1 105 106 107 q (1/Angstrom) I(q)
100 个绘图点;横轴和纵轴均采用对数尺度。

3ba3__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

新版 assembly/model P(r) 尚未计算 此处仅保留位置,不展示旧数据 r (Angstrom) P(r)
P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。
Rg(Guinier)20.37 Å
Rg(电子密度)19.13 Å
总 Rg20.16 Å
原子数2278
残基数283
排除体积40906 ų
最大 q0.500 Å⁻¹
Assembly Model 结构单元 聚集说明 状态 CRYSOL 操作
1 1 3ba3__assembly_1__model_1 dimeric (2) 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id3ba3A00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture30 — Roll
拓扑 Topology topology110 — Pnp Oxidase; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Electron Transport, Fmn-binding Protein; Chain A
结构域编号 domain_id3ba3B00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture30 — Roll
拓扑 Topology topology110 — Pnp Oxidase; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Electron Transport, Fmn-binding Protein; Chain A
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7. 引用文献 (1)