SAXSdb — 3bec

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Penicillin-binding protein 5

Escherichia coli

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白单体	单体	蛋白 1	GLYCEROL × 4 (2R)-2-[(R)-{[(6S)-6-amino-6-carboxyhexanoyl]amino}(carboxy)methyl]-5-methyl-3,6-dihydro-2H-1,3-thiazine-4-carboxylic acid × 1 water × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	DACA_ECOLI
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–357； UniProt 30–386

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	3bec
沉积日期 deposition_date	2007-11-16
结构标题 title	Crystal structure of E. coli penicillin-binding protein 5 in complex with a peptide-mimetic cephalosporin
关键词 keywords	;PEPTIDOGLYCAN SYNTHESIS, PENICILLIN-BINDING PROTEIN, DD-CARBOXYPEPTIDASE, HYDROLASE, DESIGNED CEPHALOSPORIN, Cell shape, Cell wall biogenesis/degradation, Inner membrane, Membrane, Protease ;; HYDROLASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

3bec__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

3bec__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

3bec__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	24.04 Å
Rg（电子密度）	23.51 Å
总 Rg	24.07 Å
原子数	2750
残基数	352
排除体积	49014 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`3bec__assembly_1__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Penicillin-binding protein 5
分子量 formula_weight	39841.1 kDa
EC 编号 ec_number	3.4.16.4, 3.5.2.6
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	3035

DDLNIKTMIPGVPQIDAESYILIDYNSGKVLAEQNADVRRDPASLTKMMTSYVIGQAMKAGKFKETDLVTIGNDAWATGNPVFKGSSLMFLKPGMQVPVSQLIRGINLQSGNDACVAMADFAAGSQDAFVGLMNSYVNALGLKNTHFQTVHGLDADGQYSSARDMALIGQALIRDVPNEYSIYKEKEFTFNGIRQLNRNGLLWDNSLNVDGIKTGHTDKAGYNLVASATEGQMRLISAVMGGRTFKGREAESKKLLTWGFRFFETVNPLKVGKEFASEPVWFGDSDRASLGVDKDVYLTIPRGRMKDLKASYVLNSSELHAPLQKNQVVGTINFQLDGKTIEQRPLVVLQEIPEGNFGDPVID

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	(2R)-2-[(R)-{[(6S)-6-amino-6-carboxyhexanoyl]amino}(carboxy)methyl]-5-methyl-3,6-dihydro-2H-1,3-thiazine-4-carboxylic acid
分子量 formula_weight	389.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	260

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_id	d3beca1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.105 — Penicillin-binding protein associated domain
超家族 Superfamily superfamily	b.105.1 — Penicillin-binding protein associated domain
家族 Family family	b.105.1.1 — PBP5 C-terminal domain-like

结构域编号 domain_id	d3beca2
类 Class class	e — Multi-domain proteins (alpha and beta)
折叠类型 Fold fold	e.3 — beta-lactamase/transpeptidase-like
超家族 Superfamily superfamily	e.3.1 — beta-lactamase/transpeptidase-like
家族 Family family	e.3.1.1 — beta-Lactamase/D-ala carboxypeptidase

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	3becA01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	710 — Beta-lactamase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — DD-peptidase/beta-lactamase superfamily

结构域编号 domain_id	3becA02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	410 — Peptidoglycan synthesis regulatory factor (PBP3), Domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — D-Ala-D-Ala carboxypeptidase, C-terminal domain

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晶胞边长 a length_a	109.500 Å
晶胞边长 b length_b	50.500 Å
晶胞边长 c length_c	85.400 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	121.10 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	C 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.600 Å
最低分辨率 resolution_low	40.820 Å
R 因子 r_factor	0.1933
R_work r_work	0.1921
R_free r_free	0.2147

Crystal structure of E. coli penicillin-binding protein 5 in complex with a peptide-mimetic cephalosporin

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Penicillin-binding protein 5

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3bec__assembly_1__model_1

3bec__assembly_1__model_1 | I(q)

3bec__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

CATH v4.4 (2 domains)

7. 引用文献 (1)

Crystal structure of E. coli penicillin-binding protein 5 in complex with a peptide-mimetic cephalosporin

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Penicillin-binding protein 5

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3bec__assembly_1__model_1

3bec__assembly_1__model_1 | I(q)

3bec__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

CATH v4.4 (2 domains)

7. 引用文献 (1)