SAXSdb — 3beu

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Trypsin

Streptomyces griseus

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 2	SULFATE ION × 11 BENZAMIDINE × 4 SODIUM ION × 2 CALCIUM ION × 2 water × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	TRYP_STRGR
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–224； UniProt 37–259 作者链 B； PDB构建体 1–224； UniProt 37–259

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	3beu
沉积日期 deposition_date	2007-11-20
结构标题 title	Na+-Dependent Allostery Mediates Coagulation Factor Protease Active Site Selectivity
关键词 keywords	beta sheets, serine protease, Hydrolase, Zymogen; HYDROLASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

3beu__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

3beu__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

3beu__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	22.34 Å
Rg（电子密度）	21.56 Å
总 Rg	22.34 Å
原子数	3395
残基数	448
排除体积	59788 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`3beu__assembly_1__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Trypsin
分子量 formula_weight	23539.5 kDa
EC 编号 ec_number	3.4.21.4
突变 mutation	Y94F, N95T,G96K, T97E, A171S, Y172S, G173S, N174F, E175I, E180M, G186K,G187Q, V188E, I208V, Y217E, P222K, Y224K, P225Y
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	4054

VVGGTRAAQGEFPFMVRLSMGCGGALYAQDIVLTAAHCVSGSGNNTSITATGGVVDLQSSSAVKVRSTKVLQAPGFTKETYGKDWALIKLAQPINQPTLKIATTTAYNQGTFTVAGWGANREGGSQQRYLLKANVPFVSDAACRSSSSFILVANEMICAGYDTKQEDTCQGDSGGPMFRKDNADEWVQVGIVSWGEGCARKGKYGVYTEVSTFASAIASAARTL

来源 Source

来源生物 organism	Streptomyces griseus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1911
宿主生物 host_organism	Bacillus subtilis

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	SULFATE ION
分子量 formula_weight	96.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	11

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	BENZAMIDINE
分子量 formula_weight	120.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	SODIUM ION
分子量 formula_weight	23.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	CALCIUM ION
分子量 formula_weight	40.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 6 Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	605

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_id	d3beua_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.47 — Trypsin-like serine proteases
超家族 Superfamily superfamily	b.47.1 — Trypsin-like serine proteases
家族 Family family	b.47.1.1 — Prokaryotic proteases

结构域编号 domain_id	d3beub_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.47 — Trypsin-like serine proteases
超家族 Superfamily superfamily	b.47.1 — Trypsin-like serine proteases
家族 Family family	b.47.1.1 — Prokaryotic proteases

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id	3beuA01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	10 — Thrombin, subunit H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Trypsin-like serine proteases

结构域编号 domain_id	3beuA02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	10 — Thrombin, subunit H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Trypsin-like serine proteases

结构域编号 domain_id	3beuB01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	10 — Thrombin, subunit H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Trypsin-like serine proteases

结构域编号 domain_id	3beuB02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	10 — Thrombin, subunit H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Trypsin-like serine proteases

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晶胞边长 a length_a	41.786 Å
晶胞边长 b length_b	72.433 Å
晶胞边长 c length_c	122.492 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.050 Å
最低分辨率 resolution_low	10.000 Å
R 因子 r_factor	0.1209
R_work r_work	0.1195
R_free r_free	0.1462

Na+-Dependent Allostery Mediates Coagulation Factor Protease Active Site Selectivity

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Trypsin

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3beu__assembly_1__model_1

3beu__assembly_1__model_1 | I(q)

3beu__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

CATH v4.4 (4 domains)

7. 引用文献 (1)

Na+-Dependent Allostery Mediates Coagulation Factor Protease Active Site Selectivity

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Trypsin

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3beu__assembly_1__model_1

3beu__assembly_1__model_1 | I(q)

3beu__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

CATH v4.4 (4 domains)

7. 引用文献 (1)